作為補償，順治皇帝讓寵信太監吳良輔替自己在憫忠寺出家為僧，名義上自己還是出家了。
二
然而，民間盛傳順治皇帝真的出家了，還言之鑿鑿地說順治皇帝是在五台山出的家。原因是董鄂妃的去世讓他悲痛欲絕，加上對塵世絕望，所以就舍棄龍椅出家了。理由則有很多。首先，順治皇帝在茆溪森為他剃度之後的兩個多月後就被宮廷宣布駕崩，病因沒有公布；其次，順治皇帝的陵墓中沒有順治皇帝的屍首，而隻有一個骨灰壇；第三，繼位的康熙皇帝成年後頻繁駕臨五台山，令人生疑；第四，順治皇帝的“遺詔”無情地自我批評，幾乎自我否定了，讓人懷疑不是順治的本意。和之前的“緋聞”傳說一樣，順治出家的傳說也很盛，成為清朝一大疑案。
同樣，認為順治出家的理由沒有一條是直接的、有力的證據。即便所有理由合起來，也不能證明“順治出家”這個事實。
根據《清世祖實錄》的記載，順治十八年（公元1661年）正月初一，順治皇帝免去群臣的新年朝賀禮儀。當日，皇帝本應該祭祀太廟，結果卻派官員前往代為行禮。皇上又出什麼事情了呢？第二天（正月初二），《實錄》正式記載順治身體不適。也就在這天，順治讓寵信的太監吳良輔作為替身，出家當了和尚。
初四，朝廷正式宣布皇帝患病。初五，紫禁城各宮門所懸的門神、對聯全部撤去。
初六，順治傳諭，本應皇帝參加的大享殿（祈年殿）禮儀，改派官員代祀，令禮部列出代祀官員的名單。皇上身體不適不能去太廟祭祀，還可以說得通，可連近在宮中的大享殿也去不了了，說明順治的病情已經相當嚴重了。同日，皇帝傳諭赦免京城內十惡死罪以外的一切罪犯。根據《清聖祖實錄》（康熙的實錄）補正，在初六日順治皇帝召原任學士麻勒吉、學士王熙到養心殿，奉旨在乾清門撰擬“遺詔”。
這也從另一麵證明了順治知道自己時日不多了。
正月初七淩晨，順治皇帝在養心殿駕崩，年僅24歲。
宮廷沒有公布病因。當時宮中傳諭全國“毋炒豆，毋點燈，毋潑水”。這是民間為避痘講究的迷信做法，人們推測順治皇帝是得了“天花”。可以相信，順治皇帝的確是病逝的。也許是因為病逝時間和剃度時間過於接近，加上太監吳良輔頂著順治的名號出家，才給人“順治出家”的錯覺。
而現存的順治皇帝《遺詔》，黃紙墨跡，保存完好。在大臣代擬、順治認可的遺詔中，順治皇帝作了深深的自責，包括熱衷漢族文化習俗、沒有對太後盡孝、與親友隔閡等，還承認自己在董鄂妃死後“喪祭典禮，過從優厚，不能以禮止情”。順治皇帝自責的內容，和孝莊太後對順治帝的不滿驚奇地吻合。有人據此認為遺詔是假造的。
實際上，感情細膩的順治皇帝經常自我反省、自我批評。這是皇帝很難得的品質。而順治就經常把自然災害、社會動亂歸於自己的“政教不修，經綸無術”，屢次下詔自責。順治十六年（公元1659年）正月，朝廷正式統一全國，順治皇帝竟然拒絕大臣祝賀，認為沒有必要慶祝戰爭結束。一年後，順治皇帝在祭告天地、宗廟時，對執政的17年做過簡單的總結。整個總結都在自譴自責中度過，還下令官員不要給自己上慶賀表章。所以，順治皇帝在遺詔中的自我批評，也在情理之中。
曆史學家黎東方在《細說清朝》中對順治的係列疑案作了一個結論：“順治的確有出家的意思，而且剃了頭，但是未曾能夠真的當了和尚，便死於天花。”
順治皇帝的大殯，是按照佛教禮節進行的。玉林琇等和尚親臨葬禮；順治屍體被火化，茆溪森和尚親自為順治遺體秉炬火化。就這樣，清朝入關的第一位皇帝，匆匆走完了並不如意、讓民間疑雲重重的一生。