當時，跟著兩宮太後先行回京的載垣、端華得知太後、奕等人在單獨議事，就闖進宮來，喊道：“太後不應召見外臣！”
奕見狀，根本就不回應，厲聲宣布將載垣、端華等人革職拿問，嚴行議罪。載垣等被奕黨羽拿下後，還大喊：“我輩未入，詔從何來？”
作為集團首腦的肅順當時還在京郊，夜宿修正。奕踢開房門，把睡夢中的肅順綁進了京城。最後肅順被斬首，其他大臣或被廢為庶人發配邊遠惡土，或革職永不敘用。奕和慈禧合作，把對手鏟除得幹幹淨淨。因為政變發生在1861年辛酉年，得名為“辛酉政變”。
鹹豐十一年十一月初一（公元1861年12月2日），清朝第一次“垂簾聽政”儀式在紫禁城養心殿舉行。養心殿正中間碩大的龍椅上坐著年僅六齡、茫然無知的小皇帝載淳；小皇帝身後是一架八扇黃色紗屏，屏後並坐著年輕的慈安和慈禧太後；小皇帝的禦案左側站著恭親王奕，他以議政王、領班軍機大臣的身份接遞朝臣奏疏，呈予禦覽，並發表自己意見。
在台上的這四個人，小皇帝載淳是擺設，慈安溫順懦弱與世無爭，真正決策天下的是慈禧太後和奕這對權力搭檔。
辛酉政變的成功，奕有一大半功勞。事後在權力布局的時候，奕自然少不了要插手核心決策，但以什麼名號來進行，大家都頗費腦筋。慈禧太後決定授予奕“議政王”的頭銜，另有深意。奕的角色類似於入關之時的“攝政王”多爾袞，但多爾袞的擅權專斷已經把“攝政王”三個字變成了一個忌諱的名詞。慈禧又否決了朝臣提議的“輔政王”頭銜。“攝政”也好，“輔政”也好，都有讓出部分決策權的意思。慈禧不願意，隻希望奕提供意見建議，所以定名為“議政王”。延伸起來想，政治決策、人事變動都由太後決定，奕可不是隻有“建議”和“議論”的權力嗎？
載淳剛即位的時候，肅順等人擬定了一個年號：祺祥。如今，慈禧以“同治”年號代替。她心目中的“同治”可不是太後與親王共同治理天下，而是強調太後和皇帝母子共同治理天下的意思。當然，“同治”年號給奕及其黨羽的心理暗示是兩宮太後很謙虛地要和大臣們共同治理江山。這是他們自己想錯了，慈禧不負責，也不解釋。
這年，奕30歲，慈禧27歲，慈安26歲。
二
慈禧太後和奕的合作，取得了不錯的成績。他們在政治蜜月期內動作不斷，建立總理衙門、撲滅太平天國、開展洋務運動、支持漢族官僚、官派出國留學，等等。曾國藩在給弟弟曾國荃的信中評價：“兩宮太後及恭邸力求激濁揚清，賞罰嚴明。”
起初，叔嫂倆關係非常好。慈禧對奕恩寵有加，有意籠絡。
比如同治初年，慈禧太後把奕的大女兒接進宮中教養，接著就晉封她為榮壽固倫公主。按照製度，親王的女兒最多封郡主，隻有皇帝女兒才能封公主。慈禧向奕示好，結果讓年僅11歲的奕女兒成了清朝唯一一個親王生的公主。朝會或者議政的時候，奕率領軍機大臣、六部九卿進見，然後就站在那裏侃侃而談。慈禧見他站著議政很辛苦，常常在太監進茶的時候吩咐：“給六爺茶！”奕也欣然領受。有一次，奕站在禦案旁議政了很長時間，說得口幹舌燥，竟然順手拿起桌子上小皇帝載淳的茶喝了起來。這可是“大不敬”的行為。奕很快發現不對了，趕緊放回原處，然後裝作若無其事的樣子繼續議政。慈禧太後也不糾結這些禮節問題。可等到兩人關係不好的時候，奕在細節上的疏忽就成了他飛揚跋扈的“罪證”。
奕和慈禧關係惡化的原因是兩個人都是進取心和抱負很強的人。慈禧要用奕之才來幫助自己治國；奕卻想借慈禧之力來施展抱負，中間肯定存在分歧。慢慢的，兩人在一些政務上產生了分歧，奕大聲辯論，堅持己見。況且，奕主政時間長了，也有禮節疏忽的地方。比如有的時候沒聽清楚慈禧的話，讓慈禧重複，等等。隨著統治越來越鞏固，內憂外患漸漸消除，慈禧決心“敲打敲打”奕。
同治四年（公元1865年）3月，揣摩到慈禧意思的蔡壽祺上疏彈劾奕貪墨、驕盈、攬權、徇私等情形。慈禧馬上借機讓大家“議議”。大學士倭仁、周祖培等齊集內閣，召蔡壽祺詢問。事關重大，大家就奏折所言，一條一條地查證。結果，蔡壽祺拿不出所奏各條的證據，僅僅說“傳聞”奕在給某某人升官時接受了賄賂。於是，大臣們基本判斷蔡壽祺是風聞言事，純屬誣告。可大臣們的判斷不重要，重要的是慈禧“先入為主”的意願。她根本不看大臣們的回奏，而是拿出了一份早已擬好的處理意見，交給幾個大學士處理。