於是就有大臣彈奏珍嬪賣官鬻爵了，還有人把消息捅到了慈禧太後那裏。此時的慈禧剛剛“歸政”光緒沒多久，對光緒掌權不放心，現在醜聞爆發，慈禧也爆發了。她當眾拷問珍嬪，從其住處搜獲記有賣官收入的賬本。之前，慈禧對珍嬪已經沒有了好感，現在賣官一事讓慈禧厭惡起了珍嬪這個恃寵揮霍、幹涉朝政的後妃。據說，性情倔強的珍嬪和慈禧發生了激烈的言語衝撞。慈禧說她幹預朝政，她就反唇相譏，說就慈禧“沒有”幹政。慈禧勃然大怒，將珍嬪“褫衣廷杖”，也就是扒去衣服當眾杖打。這次懲罰很重，珍嬪先是“人事不省，六脈沉伏不見，抽搐氣閉、牙關緊急”，後來“周身筋脈顫動、痰中帶血”，經過二十多天臥床休息和治療才痊愈。
這是光緒二十年（公元1894年）10月月底的事情。之前珍嬪因為慈禧六十大壽已經升為珍妃，沒當幾天就被慈禧太後降為貴人，姐姐瑾妃也受連累，被降為貴人。珍妃手下的太監數十人，有的被發配充軍，有的被秘密處死，有的被立斃杖下，就連伺候珍妃的宮女也被驅逐出宮。
經過這件事後，慈禧與珍妃的關係決裂了。珍妃在後宮的日子很難過，經常受到慈禧的責罵。德錫在晚清宮中擔任侍衛，回憶說，在這種情況下珍妃曾經懷過孩子。但是就在珍妃懷孕大約三個月的時候，她與慈禧之間的關係變得更加不好了，還產生了比較大的衝突。
珍妃頂撞了慈禧，於是慈禧就派人打了珍妃，光緒一看情況不好，馬上給慈禧跪下，並且告訴慈禧，珍妃已經懷孕了。這讓慈禧接受不了。因為當年慈禧把隆裕嫁給光緒的時候，她的期望值是非常高的，據說還在懿旨中講明：他們的兒子就是將來皇位的繼承人。慈禧希望以此“把大清皇帝的血統與自己家族葉赫那拉氏緊緊聯係在一起”。後來，慈禧通過一些手段讓珍妃流產了。婆媳兩人的關係就更差了。
1898年，戊戌變法失敗後，光緒皇帝被幽禁於中南海瀛台；珍妃也被幽閉於宮西二長街百子門內牢院。很多人認為珍妃被打入冷宮，是因為她支持光緒維新變法，與擅權專政的慈禧太後產生了直接矛盾。珍妃有個弟弟叫誌錡，在戊戌變法期間和維新派關係密切，也有“嚐偵宮中密事，輸告新黨”的記載。但說珍妃在遭到慈禧懲處的情況下依然參與變法，則缺乏證據。很可能是慈禧鎮壓了維新變法之後，順帶著把討厭的珍妃打入了冷宮。
二
1900年，八國聯軍兵臨北京城下。慈禧攜帶光緒倉促西逃。臨行前，紫禁城樂壽堂前的井蓋被打開，珍妃掉到井裏死了，時年26歲。這就是“珍妃落井事件”。
在細節上，珍妃落井疑問重重。首先，凶手是誰？有人說是李蓮英推珍妃入井，有人說是太監崔玉貴推的，有人說是珍妃被逼自己跳入井中的。多數人認為不管誰是直接凶手，慈禧肯定是幕後的黑手。
不過德錫為自己的姑姑慈禧辯解說：“（慈禧和珍妃關係不好）但是隔閡歸隔閡，老太後要殺珍妃的心卻沒有。”他覺得這是一樁突發事件。
第二，珍妃為什麼會被推入井中殺掉，難道僅僅是慈禧先前對她的惡感，還是另有原因？清宮末代大太監小德張過繼的孫子張仲忱在《我的祖父小德張》中說慈禧挾光緒西逃之時，珍妃正患天花，病臥在床。珍妃懇求放歸娘家養病。但這與宮中禮製不合，慈禧遂逼迫珍妃投井自盡。這又是一個珍妃掉井的版本。
第三，珍妃臨死前有什麼言行？許多材料提到珍妃反對慈禧裹脅光緒西逃，認為西方對光緒皇帝友善，能夠接受光緒皇帝。在國破之際，光緒皇帝應該留在北京主持殘局。這恰恰打中了慈禧的軟肋：西方接受光緒不接受我慈禧，我留光緒在北京不是自棄權力，讓光緒掌權嗎？這可能導致慈禧下定決心要處死珍妃。那麼，珍妃在死前有無抗辯，有沒有提議光緒帝留在北京收拾殘局？
最後，光緒皇帝有無在場呢？
我們先來看看隆裕皇後是怎麼說的。民間流傳隆裕皇後和珍妃的關係很不好。因為珍妃得寵，也因為珍妃很聰明，把宮裏的典禮禮節學得很好，而隆裕皇後卻老出錯，結果許多宮中典禮隻好由珍妃代替皇後來主持。這些都引起了隆裕皇後的忌恨。
隆裕說：“很多人都說是我嫉妒告她黑狀，所以老太後派人把她推到井裏去了。其實事情是這樣的：當時與八國聯軍戰敗後，洋人軍隊打到了北京。於是在完全沒有取勝希望的情況下，老太後西行。