劉、蔣等遂取得此事的勝利，惟是日事出非常，形勢亦至岌岌。事後數日間，劉部猶嚴為戒備，城門崗衛增加，其駐兵處，地段路口，檢查行人，盤詰出入，以致群情駭惑，謠言時生。一星期後，魏、郭兩混成旅皆改編就緒，謠言乃息。據傳李、包被押後，魏鴻發與郭安學曾為懇求，劉言“不能違馮督辦命令，必須交軍法審辦，已派定押送人員，即將解往包頭”等語。又有說，事變四、五日後，黃得貴來省，劉於接見時，曾派員帶領黃到李長清囚禁處看視，為其平憤。黃見李已押，隻略加責備，李對之愧泣，黃並為代懇於劉鬱芬，請稍予寬待，除去其手銬以便飯食，劉未允。督署人員並以此疑黃，建議留黃察看，黃未再訪何人，即日馳回阿幹鎮。又督署前街有一飯館，當李、包等被押後署中叫館裏夥計每日早晚送幾個人的飯食，交衛兵帶入，日日寫條領錢。約過了八九日，飯館夥計照送早飯至署，經衛兵止住說“此後不要了”等等。至李、包等被處死的情形，其時一般傳說均係活埋，事後年餘，有劉部前譯電員邢廷吉調在青海樂都縣署供職（時甘、寧、青尚未分省），曾對縣署同事密談。據說李、包等被擒後，係公開管押，李長清押在督署軍法處院後一小室內，牆壁釘有大繩，將李縛在繩上，置一個木登，隻能倚牆而坐，不得臥睡。雙手套拷，足釘鐵鐐，派有副官一人帶數兵監守，李飲食由其持喂，大小便背負於外，不容少許行動，晝夜如此，李早已疲憊不堪，奄奄一息。某日夜邢在署後花園譯電室內，見此副官背負李長清來前，遇副指揮蔣鴻遇帶荷槍士兵十數人，提著馬燈亦由側麵走來，聽聞李長清說話，言事已如此，聽憑處理，隻家中尚有老母，懇求不要連累，容其生活下去。隨聞蔣令向後園走去，邢的住室距北麵城牆不遠，日間已見士兵多人，在城邊拂雲樓下偏東處，挖掘了極深土坑。是時他本人暗往附近處看視，見李長清己被數兵用繩勒項絞死，丟在土坑。見包玉祥與華連升也綁在坑邊，眾兵將李屍丟在坑內，有人說，尚在喘氣，隨用石頭磚塊打下。這時包玉祥聲音尚強，大罵你們用的這樣野蠻手段，是什麼國法？蔣鴻遇在旁，喝令士兵說，你們還不揍嗎？眾兵共用槍托，同包玉祥、華連升頭背亂打倒地，一並拋在坑中，還用磚頭打下，然後鏟土掩埋，邢的追述如此。
一九三一年（民國二十年），馬鴻賓任甘肅省政府主席時，李、包家屬請得允許，在原督署後花園尋掘屍骨未得。直至一九三七年（民國二十六年）抗日戰爭時期，省政府在後花園城牆下修建防空地下室時，於十一月十二日挖出屍骨三具，並有鐐銬等物。經李長清之兄李芝軒認出其弟頷骨所鑲金牙及所穿狐皮背心碎片，確信無疑。
因三人骨片混雜，無法辨認，乃遷出合葬一塚。
至劉鬱芬改編李部，任魏鴻發、郭安學為兩個混成旅旅長，亦係利用甘軍舊人，借緩和暫時的緊張氣氛，以為過度之局。嗣後兩月，先以馮氏電令，調郭安學一旅赴綏遠。旋於劉部第二師內調少數官兵合並郭旅，增編為國民軍第十二師，以蔣鴻遇為師長。蔣於次年三月初，秘密離蘭，率師北返綏遠，並以郭旅參加南口戰爭。
嗣後蔣改任綏遠都統，一年後又率其本師援陝入豫。所有郭旅官兵，展轉察、綏、陝、豫間，不少流落外省。其後，郭亦被免去旅長職，隻本人與原旅部參謀長嶽忠率極少數官佐衛兵，返回甘肅。魏鴻發一旅，皆屬李長清統率下的陸洪濤舊部，李、包被誘殺後，下級軍官及士兵，多數潛逃，非李係的各營連排官兵亦不斷出走，多投駐狄道（今臨洮）的宋有才旅及隴東張兆鉀部。如編入魏旅的騎兵一營，在新委營長李德栓就職後（李陝西人），連長徐連升、王長勝二人，即與全營士兵，乘夜攜帶全營槍馬，走投隴東。嗣見郭旅調駐綏遠，各營下級軍官及士兵，開小差的很多。魏鴻發任旅長職未及三月，調為西北邊防督辦公署的顧問。另委劉師團長安樹德接任旅長。幾經汰易，除團長劉元凱暫留外，其餘中下級軍官，幾全由劉部軍人委充，舊兵亦所存無幾，另募新兵補充，原來的這個旅無形解散。是時劉鬱芬所部國民軍第二師舊兵，半調赴綏，兵額不足，乃派出大批人員，往全省各縣招募壯丁入伍。又中下級軍官缺額，亟需補充，先成立軍官教導團，短期訓練連級以下現職軍官。嗣又加辦軍士教導，通令各縣以培育學兵為名，限期選送小學畢業之青年學生入團訓練，借以補充軍士，由劉自任團長，以旅長張維璽為副團長。旋將教導團長一職，由旅長孫良誠擔任，團長梁冠英繼任孫良誠遺職。自是省會所駐者皆為國民軍部隊矣。