董鄂妃死後，順治的心也隨之而去，於是遂拋去帝位，削發為僧。《清史演義》、《清代野史大觀》等書中均有關於順治帝因董鄂妃去世而削發出家的故事，詩人吳梅村也有暗示順治帝出家的詩句。還有傳說康熙親政後，曾經以進香為借口，多次到五台山看望順治，希望順治能回到宮中，但是順治不為所動。康熙帝有詩哀悼：“又到清涼境，岩卷複垂。芳心愧自省，瘦骨久鳴悲。膏語隨芳節，寒霜惜大時。文殊色相在，唯願鬼神知。”語氣十分悲慟。又傳說在康熙年間，兩宮西狩，經過晉北，地方上無法準備供禦器具，卻在五台山上找到了內廷器物，這似乎又是一個順治出家的證據。順治一向好佛，宮中奉有木降、玉琳二禪師，印章有“塵隱道人”、“癡道人”等稱號。他對木降曾說：“願老和尚勿以天子視朕，當如門弟子旋庵相待。”他早有削發為僧的念頭。臨宣布他去世前幾天，他還叫最寵信的內監吳良輔去憫忠寺削發為僧，因此一些人認為順治出家之因是與孝惠皇後不合，所以寵愛的董鄂妃一死，他就以此為借口皈依了淨土。
順治帝的離家出走，令清宮上下驚慌失措。他們為了不引起世人的非議，隻得向外宣布：順治皇帝駕崩。但是，這種謊言也瞞不了多久。很快，堂堂的大清皇帝為了一個女人而削發為僧的事就在民間廣為流傳了。
但是較多的研究者認為，順治帝並未出家，而是病死宮中。明清史專家孟森的《世祖出家事考實》舉出《東華錄》等史書的記載，認為清世祖死於痘疹，沒有出家。順治十八年正月初四，朝廷曾正式向文武群臣宣布皇帝患了天花病。當時王熙在《王文靖集·自撰年譜》記載，奉詔入養心殿，諭：“朕患痘症勢將不起。”命王熙趕寫遺詔。初五，朝廷大赦天下並傳令民間不許炒豆、點燈及潑水。但到初七深夜，順治帝還是駕崩了。順治帝廟號世祖。骨灰葬河北遵化清東陵“孝陵”，與他合葬的，還有兩位皇後，其中一位就是深得順治寵愛的董鄂妃。董鄂妃死後被封為“孝獻莊和至德宣仁溫惠端敬皇後”。孝陵位於瑞山主峰的南麓，背靠昌瑞山，前朝金星山，位居陵區的主軸線上。後世四座帝陵依次分列左右，深刻體現了“居中為尊”、“長幼有序”、“尊卑有別”的傳統觀念。
順治帝采取火化的方式入葬，這在清東陵諸帝中是絕無僅有的。據《五燈全書·峁溪傳》記載，順治皇帝是經峁溪森禪師舉火焚化的。順治皇帝篤信佛教，他死後自然希望按佛門規矩處理後事。另外，他也遵循了故土先祖之習慣，滿洲塞外風俗就是火化。順治皇帝死時，滿族入關才十幾年，本民族的風俗習慣尚留用如初，皇帝火化並不以為諱。由此可見，順治帝信佛但未出家，不過最終依照佛門規矩和自己民族的風俗，采用了火化的方式。
很多人認為順治的孝陵除了三個骨灰壇外，幾乎是一座空陵，這是有根據的。這個根據就是康熙六年五月初六所建立的孝陵神功聖德碑上，可有“皇考遺命，山陵不要過多的裝飾，不要埋藏金玉寶器”這樣的文字，所以人們都傳說孝陵是空墓，裏麵沒有珠寶金銀。可能這些事業傳入盜墓賊的耳中，所以孝陵地宮洞口已被人打進三米，還沒有打通，這大概是盜墓賊灰心勝過僥幸的結果。正因為如此，順治的孝陵逃過了孫殿英之流的魔掌，成為東陵內連奶娘、侍衛墓在內，唯一沒有被盜陵墓的原因。