鹹豐十一年十月初九日，穆宗登基於北京太和殿，百官朝賀，三跪九叩，山呼萬歲。封恭親王為議政王大臣，總領軍機，慈禧欲賞恭王世襲罔替之爵，恭王固辭之，乃改親王雙俸。慈安甚寵恭王長女，留養宮中，慈禧遂封其固倫公主。（看官：依大清會典，唯有皇帝正宮所生之嫡女，方能封固倫公主，餘皆稱和碩公主也。）恭王乃改組軍機處，有五人入職，其為：桂良、文祥、寶鋆、沈兆霖與曹毓瑛也。（看官：桂良字燕山，滿人，瓜爾佳氏，乃恭親王嶽父也；毓瑛，字子瑜，漢人，慮事周密，熟諳掌故。）其五人皆是恭王心腹。遂定明年為“同治元年”，其意乃兩宮皇太後與近支親王同治也。初，八大臣所擬“祺祥”年號，周祖培等以意義重複，請旨改為“同治”。
二十九日，諸王大臣奏上垂簾章程，兩宮依議，慈禧甚歡。十一月初一日，以章程定議，穆宗奉兩太後在養心殿垂簾聽政。百官朝賀於養心殿東間，穆宗坐於上，恭親王立於左。禦座之後設一黃幔，兩太後安坐於塌。小太監叫曰：“有本出班早奏，無本卷簾朝散，請駕還宮！”文祥出班奏曰：“臣有本奏！”小太監忙接過奏本，呈與恭王，恭王奉於禦案。穆宗年幼，不能理事，複將奏折賜還恭王，恭王乃交與小太監，小太監轉入黃幔，上呈太後也。
慈禧問曰：“卿所奏何事？”文祥曰：“八賊伏法，廟堂大安。唯有洪賊未除，社稷大患也。吾滿人之八旗綠營，非賊對手，皆不可用。初，先帝拜曾國藩為大將，並舉諸漢將力剿賊，雨亭等又建江北大營、江南大營佐之。今兩營將官，皆為賊破，漢將反受其累，臣請裁去兩營。”慈禧問恭王曰：“卿以為如何？”恭王曰：“立此兩營，進不能擊賊，退不能自守，反耗國帑。不若裁撤之，使漢將無掣肘，破賊不遠矣。臣請授曾國藩總督四省軍馬，諸漢將亦皆封賞，其必以死效命朝廷也。”兩宮太後初垂簾，天下大事皆不掌熟，悉聽恭王所諫，慈禧細聲謂恭王曰：“大清開國以來，兵權不輕假漢人，如今教漢人總督四省，恐非國家之福，卿作何謀？”恭王笑答曰：“太後毋憂，曾某雖有將才，卻膽略不足。朝廷賜此殊榮，彼必涕零感恩矣。”慈禧遂不疑。自是，朝廷大小事務，皆以此辦理，謂之兩宮垂簾，親王秉政也。
卻說兩宮雖皆為太後，然慈安乃文宗正宮，尊在慈禧之上。慈安無子，唯有一女，故撫愛穆宗如己出。待慈禧甚謙，不肯以嫡自居。時慈安居養心殿，慈禧居他處。一日，兩宮閑敘，慈安曰：“小妹有一事，不知姐姐納否？”慈禧笑曰：“吾姐妹至親，不說一件，但有萬件亦當從命。”慈安叱退左右，細聲曰：“吾兩寡婦人，撫一孤子，若有奸人乘機造作是非，居間播弄，則天下大事去矣。姐姐何不來養心殿同住，吾二人朝夕相伴，各坦懷相待，讒何由興乎？”慈禧聞言心中甚喜，執慈安手曰：“吾姐妹一心撫子，誓不相疑，先帝所願也。”言罷，兩太後談笑甚歡。自是，兩宮寢處一所，外人以其姐妹情深，不敢亂言矣。
同治元年正月，兩宮皇太後禦慈寧宮，穆宗率眾文武拜賀，自是每歲皆如之。二月，兩太後懿旨以禮部尚書祁寯藻、大學士翁心存、工部尚書倭仁、翰林院編修李鴻藻等為帝師。又以醇郡王奕譞教習滿文、蒙古文及騎射。穆宗好玩，學業不進。
廟堂之事且不說，卻言洪賊自鹹豐元年率眾謀反，已有十餘年矣。賊盛之時，江南半壁，皆非清有。時有四大漢將，力撐危局，終使賊勢稍減。
首一位大將，即曾國藩也，國藩字滌生，湖南漢人。知兵法，性謹慎。鹹豐三年，奉朝廷命，國藩散盡家財，招募義勇，稱之為“湘軍”。國藩治軍嚴整，清、賊之軍皆不及。鹹豐四年，國藩率湘軍擊賊，大破之，又發《討粵匪檄》，力數洪賊之暴虐，其文有言曰：“舉中國數千年禮義人倫詩書典則，一旦掃地蕩盡。此豈獨我大清之奇變，乃開辟以來名教之奇變，我孔子、孟子之所痛哭於九原也。凡讀書識字者，又烏可袖手安坐，不思一為之所也。”檄文下時，天下英雄好漢，雲集景從。國藩力戰數年，使賊不敢過大江。