卻說阪本龍馬獻上船中八策之後，留在京都遊說公卿諸侯。十一月十五日，龍馬遇刺於京都。天下鹹驚，刺客何人所派，至今不知。
卻說將軍雖歸政於朝廷，然天皇數百年來不聞政事，太平享樂已久，一時天下民政邦交，無論巨細皆須由天皇聖斷，公卿大臣亂作一團，睦仁無奈何，下旨詔將軍進京相商。消息傳至江戶，正合幕府之意，慶喜聞之甚悅，遂帶上親隨望京都而來。及進京都，文武公卿皆在城外十裏相迎，百姓更是跪伏道旁。慶喜乘馬入城，來到宮內。天皇賜席，慶喜坐定，奏曰：“臣在江戶反思己過，不知陛下召臣來京，有何聖諭？”睦仁曰：“爾能舍祖宗之基業，歸政於朝廷，卿之忠事於朕，朕又安忍負卿？這天下之事繁多，朕少不更事，若卿能在旁輔佐，則成伊、周之功豈不美哉？”慶喜心中大喜，曰：“夷人東來，天下昏暗，臣雖奉其職而不能盡其責，又焉敢受陛下重任！”睦仁曰：“朕意已決，將軍勿辭。”言訖，天皇詔令其複受將軍職，慶喜再辭，天皇堅不許，公卿皆勸，慶喜遂從，又掌大權。睦仁自知被慶喜玩弄於鼓掌，心中深恨之，召岩倉具視叱曰：“昔日諸侯舉兵時，若從木戶孝允之言，安有今日之辱！”具視忙請罪曰：“臣恐輕啟兵端，百姓受難，中賊臣奸計矣。”君臣不歡而散。
詔令一下，諸侯異論鼎沸，風聲鶴唳，人心激昂。西南強藩如長州、薩摩、土佐者，皆派人密入京都來。卻說倒幕誌士大久保利通、西鄉隆盛、木戶孝允等求見天皇。睦仁遂率公卿大臣岩倉具視等召之。天皇賜席，眾臣禮畢坐定，睦仁問曰：“爾等具到京來，不知何事？”孝允奏曰：“德川氏歸政於朝廷，而今又複其將軍大權，臣等不知陛下何故如此？”睦仁長歎，述朝廷苦衷，期間西鄉隆盛為人剛猛，性如烈火，大言曰：“臣在鹿兒島陳兵一萬，陛下但有旨意，臣兵瞬息既至，何懼賊臣慶喜乎！”睦仁曰：“夷人虎視神州，若遽起兵端，恐天下大亂，夷人漁利。”大久保利通奏曰：“臣等思之再思，如今幕府專行無道，欺君罔上，媚事夷人，若不決計圖強，恐皇國不保。”木戶孝允曰：“當今豪傑蜂起，皆以尊王為誌，若陛下賜臣一道詔書，則諸侯無不響應。”睦仁猶豫不決，孝允又奏曰：“臣有一計，可除國賊。”睦仁問曰：“計將安出？”孝允曰：“陛下先下一詔書，令將軍辭官納地，永廢幕府，王政複古。若其奉詔領命，則賜之良田以全其族，若其舉兵謀反，則請陛下賜臣討賊詔書，臣等可正其罪而伐之也。”天皇未及答，岩倉具視曰：“幕府雖衰，然其兵馬甚多，爾長州、薩摩皆是外樣藩，恐不能敵之。”西鄉隆盛笑曰：“對嶽君休要小覷於我，我等西南諸侯交通西人久矣，皆力行西學，購置火器，訓練新軍。賊臣兩敗於長州藩者，獨不見乎？”睦仁少年之主，正意氣風發，焉肯受製於將軍，聞眾人皆如此說，遂曰：“卿等皆忠義之士，必能保國安邦。唯今之計，朕當何為？”孝允曰：“前者阪本龍馬所獻‘船中八策’陛下必知，當今宇內之形勢，古今之得失，夫惟欲圖富強，當一定國體，一新製度，王政複古也。”睦仁曰：“就依卿言，可速擬詔書來。”眾人皆喜，遂擬定詔書，睦仁用寶，又密賜討賊詔書於孝允、利通等人，不在話下。
十二月九日，天皇下《王政複古大號令》詔諭天下，其文曰：