登基典禮完成後，朱由校的興奮勁冷卻下來，很是困乏，正準備起駕回宮，卻見一禦史出列，上奏道：陛下登極，天人交悅，敬陳保護之要：一在經筵之蚤舉；一在大婚之蚤定；一在近侍之得人；一在奏章之速發。因參輔臣方從哲行事多舛，如票李可灼以罰俸養病，人皆謂其不足以盡辜，至崔文昇止查進藥日期及方進有無錯事以了事。如出自內票，當為執奏；如票自閣臣，則負國負恩，九廟有靈豈不可畏？
朱由校聽那禦史排詞遣句，晦澀難懂，很是心煩，招來王安低聲問道：“此人是誰?”
王安答道：“刑部左給事中魏應嘉。”
重頭戲來了，一個給事中也敢彈劾首輔，這世道真是變了，大明初期時，一個給事中敢彈劾首輔、宰相試試，活不過今夜淩晨。也知他是東林的炮灰，投石問路這招屢試不爽。
如今內閣劉一燝、韓爌是東林元老，這會兒還想將方從哲幹下去，你們豈不是真的成了“眾正盈朝”。
思來想去，此事不能讓刑部來查，一旦讓刑部來查，準有一大幫三黨官員落馬，東林官員上位，淪為黨爭的工具。涉及先帝，讓錦衣衛查正合適。
於是道：“著錦衣衛查李可灼之事。方閣老向來忠貞，與此事並無關聯。”
若不快刀斬亂麻，隻怕又有文官跟著上奏。也是給官員發了信號，自己暫時不會動方從哲。
接著又有禦史上奏，彈劾宮中紅丸相關的太監，朱由校本想更換宮中管事，借此下令訓斥了一番。並令內衛徹查。
新帝登基，群臣自然不會因為這點小事和朱由校吵吵。
朝會不談事，談事不朝會。這點覺悟朱由校還是有的。
待到朝會結束，一是朱由校憂心遼東邊事，二是想試試幾位內閣大臣的水多深。於是將方從哲、劉一燝、韓爌三人留下。命人將三人引至乾清宮。
回駕乾清宮，朱由校先是去更衣，匆匆抹了把臉。而後到了暖閣接見三位閣臣。
方從哲、劉一燝、韓爌仍身著重大朝會才穿戴的朝服，正襟危坐在暖閣等候，
幾人年事已高，又隨朱由校來回奔波了一天，也有些疲勞，但朱由校頭回召見，幾人自是不能露出疲態，也打起了十二分精神。
見朱由校出來，方從哲、劉一燝、韓爌忙起身，躬身行禮道：“參見陛下。”
“三位閣老請坐。”朱由校擺手道，“大夥兒奔勞了一天，本不該再勞煩三位，但朕憂心國事，特喚三位來商議。”
三人先是客氣了一番，而後方從哲問道：“不知陛下召臣等前來商議何事？”