擊破江北大營後，鍾懷遠率軍在揚州休整半月。揚州之圍既解，被清軍驅趕開的百姓紛紛回鄉，鍾懷遠又令人查辦周遭土豪劣紳，收繳糧食土地浮財，救濟百姓兼及軍用。正在此時，天王洪秀全頒布《天朝田畝製度》，給百姓分發土地，詔令“凡天下田天下人同耕”，一時間百姓歡呼雀躍，青壯紛紛投軍，鍾懷遠收萬人，乘勢擴編，在揚州再度休整半月，重整各軍。先前太平軍雖以周禮建軍，但軍中編製多有不全，原每軍按製應有一萬三千七百七十人，但實際上每軍僅兩千五百餘人，行軍打仗時有不便。現百姓青壯從軍者眾，鍾懷遠遂將各級編製士卒皆補充完畢，重建三軍，分賞眾人並指派分代各軍職帥。鍾懷遠重建後十五軍為馬隊，劉達以戰功封衛天侯代後十五軍軍帥，此番夜襲清軍，戰馬繳獲2300多匹，馬隊已擴至2400餘人，戰馬3000有餘，劉達歡喜得嘴都合不攏，先建中營，以戰功擢原柳營騎卒旅帥劉昌林為中營師帥，其餘各營暫缺。重建後十六軍，曾立昌以守揚州大功擢升為夏官又正丞相代後十六軍軍帥，李世賢以援救之功升為殿右二十二指揮代中營師帥，譚紹光以援救之功升為殿左二十三指揮代前營師帥，原柳營步卒師帥李尚揚以功升為炎七總製代右營師帥，以戰功擢原柳營步卒旅帥陸順德為左營師帥，以戰功擢原原揚州守軍旅帥沈長青為後營師帥。重建後十七軍，鍾懷山此次以援揚州大功賞穿黃袍，以國宗代後十七軍軍帥，先建中營，以戰功擢原柳營步卒旅帥黃宗複為中營師帥，其餘各營暫缺。趙天雄、周誌輝皆以戰功升為將軍總製尉，依舊領護衛、親衛。鍾懷遠命諸將乘休整之機各自嚴加操練士卒，以備江南戰事。