十五日後，浙江捷報傳來，太平軍此次攻勢突然，清軍果然未料到太平軍會進攻浙江，措手不及下除杭州城外杭州府下屬各縣皆已被李世賢的後十六軍占領，李世賢在各地通過鎮壓土豪劣紳、不良糧商收集了大批糧草，第一批三萬石稻米已在運往蘇州路上。
曾立昌親率後十四軍徉打出三個軍的軍旗，造出四萬大軍聲勢，擺出一副定要奪取杭州城的架勢，閩浙總督李鶴年以為太平軍欲取杭州，驚慌失措下急令周遭各路清軍增援杭州，兩軍正在杭州城下對峙，極大便利了李世賢四處收集糧草。
此時，劉達的後十五軍已到蘇州，後十七軍到達鎮江，鍾懷遠令後十七軍抽調前、左營入浙，同時令在鬆江駐紮的李尚揚率後十九軍即刻南下浙江，均歸曾立昌節製，後十七軍餘部及後十五軍前營、左營急速進駐鬆江府，有糧草運送時負責進入浙江接應。
一個月後，李世賢已取下嚴州府全境，正率軍攻打衢州，蘇州又收到從浙江運回的三批糧草共十二萬石，糧草壓力大減。李尚揚率後十九軍受曾立昌之令也攻占了紹興府、寧波府，將收集的糧草派人運往蘇州後回師杭州城。見後路被斷且太平軍援軍又增，杭州清軍鬥誌大減，曾立昌乘機調李世賢的後十六軍至杭州，太平軍五日血戰，攻下杭州城，聲動閩浙。鹹豐嚴旨閩浙總督李鶴年阻擊太平軍南下、收複失地。李鶴年無奈之下集結五萬綠營、三萬團勇到達金華台州一線。
此時，從浙江運到蘇州的糧草總數已達四十五萬石、白銀一百多萬兩，見清軍重兵集結，既然已收集到足夠糧草銀兩，為能穩定新占府縣，曾立昌下令各軍攻勢暫緩，在嚴州府、杭州府、紹興府、寧波府安置百姓、休整士卒，率後十四軍駐紮杭州城，同時飛報鍾懷遠。接報後鍾懷遠再次抽調後十七軍右營、後營入浙，歸曾立昌節製，令曾立昌暫固守現有府縣，不用急於與清妖開戰。羅大綱早已被調往西征軍中，揚州、鎮江事務均由吳如孝處理，鍾懷遠令吳如孝將揚州鎮江守軍改編為後十三軍，吳如孝以殿前左五檢點代軍帥並補充士卒至滿員，同時在蘇州再建後十二軍，在徐州建後十一軍，各地災民感念鍾懷遠恩德紛紛從軍。
在鹹豐的嚴令下，清軍對杭州城發起了數次攻擊，均被曾立昌調動各軍擊退，損兵折將，最後一次還被李尚揚抓住清軍退軍時綠營與團勇配合失誤的機會率軍一舉殲滅4000餘人，還斬殺一名副將。至此以後，清軍不敢再主動發起攻擊，死守營地，若有嚴令下來也不過結隊出營裏許即行回營，再割幾顆百姓人頭敷衍上官。