2006年的開春，萬通集團馮侖撰文《跨越曆史的河流》，其中沉痛地寫道:“民營資本從來都是國有資本的附屬或補充，因此，最好的自保之道是遠離國有資本的壟斷領域，偏安一隅，做點小買賣，積極行善，修路架橋。麵對國有資本，民營資本隻有始終堅持合作而不競爭、補充而不替代、附屬而不僭越的立場，才能進退裕如，持續發展。”由這段文字穿越曆史的河流而上，讓人不由的想到1884年的鄭觀應和1946年的榮德生。企業家階層的命運似乎再次進入到了一個讓人憂心忡忡的宿命之中。在這一年之後，《中國企業家》專門對近代企業家的後代進行了一次較係統的逐一專訪，以素描的方式回顧並呈現了中國式的商業傳統。
2007年，中國企業家創刊300期，編輯部專門製作一特刊，主題為“公司興，則中國興”，在第十七期時刊發。編輯者向全體讀者提出了三個問題:“中國人還離得開公司嗎?中國與公司的關係健康嗎?中國能否從社會公司化到公司社會化?”其實，熟悉管理學曆史的人都知道，這三個問題正是六十年前美國人彼得·德魯克創作《公司的概念》時同樣提出過的，德魯克從這些問題出發，重新定義了管理的意義以及公司與國家、社區的互動關係。《中國企業家》顯然還沒有來得及全麵、係統地回答這些問題
特別是在中國式的環境之中進行回答。不過，編輯者還是表現出來了極大的自信，在《公司閃耀中國》
這個標題就是自信的產物
一文中，記者寫道，“我們難以確切估量公司對於中國未來社會形態的改變。可以確信的是，一個公司化的中國，將更有機會把這個偉大的民族帶出曆史的三峽。”
從時間的角度看，2007年的秋季，正是開始於2004年的宏觀調控走向尾聲、通貨膨脹卷土重來的轉折性時刻，誰也沒有預料到一年之後，中國乃至全球經濟將因一場次貸危機而陷入蕭條。2008年第二十期，正是改革開放三十周年的紀念之時，《中國企業家》以“偉大的博弈”為題，對“三十年的政商關係演變史”進行了解讀，它每年選擇一位企業家為“年度人物”，以他們的遭遇為時代演進之標誌。
特別耐人尋味的是，雜誌所選列的三十一人中，竟有十八位是以悲劇結束職業生涯的失敗企業家，其中包括牟其中、周冠五、馬勝利、儲時健、顧雛軍等諸人。編輯者的意圖是清晰的，即他們認為，在失敗的邏輯中隱藏著更多的“政商秘密”，而對其的解讀與反思，正是國家進步的一部分。在舉國歡騰的時刻，中國企業家所呈現出來的冷靜姿態，是讓人尊敬的。