曾國藩的心情越來越焦急。因為天下大亂已經從可能變成了現實。鹹豐元年，太平軍起，很快席卷廣西。對於這場大亂，鹹豐皇帝毫無準備。他就像一隻沒頭的蒼蠅一樣，指揮混亂，布置失措。曾國藩的內心被焦灼得日夜不安：“內度身世，郎署浮沈（沉），既茫乎未有畔岸；外觀鄉裏，饑溺滿眼，又汲汲乎有生涯日蹙之勢。進不能以自效，退不能以自存，則吾子之迫切而思以籲於九閽者，實仁人君子之至不得已也。”也就是說，自度身世，在各部之間俯仰升沉，不知道最終是個什麼結果。再觀天下，到處是貧不聊生之人。向前無法貢獻自己的才智於國家，退後無法很好地營謀自己的出路，除了直接向皇帝上書之外，還有什麼辦法呢？
曾國藩認為，要想挽救大清帝國，隻有敲打醒這個糊塗皇帝才行。在強烈的責任感支配下，以謹慎聞名的曾國藩做出了一個晚清官場極為罕見的舉動：直言批評皇帝。他上了《敬呈聖德三端預防流弊疏》，鋒芒直指鹹豐皇帝的三個缺點：
一是見小不見大，小事精明，大事糊塗。他批評皇帝有“瑣碎”之風，“謹於小而反忽於大”，成天把精力用於挑大臣們的禮儀疏漏之類的小毛病，苛於小節，疏於大計，對派往廣西鎮壓起義的人員安排不當。
二是“徒尚文飾”，不求實際。鼓勵大家進言，大家提了不少意見，其中怎麼也有幾條有見解的吧？結果卻都是批了“無庸議”三字而已，沒有一項落實。“閑有特被獎許者，手詔以褒倭仁，未幾而疏之萬裏之外。優旨以答蘇廷魁，未幾而斥為亂道之流，是鮮察言之實意，徒飾納諫之虛文。”偶爾有幾個被肯定的，也沒有好結果。剛剛親書手諭表彰倭仁，不久就驅之於萬裏之外。剛剛發布肯定蘇廷魁的聖旨，不久又批評他是離經叛道。看來您所謂求言，並無誠意，隻不過是想獲得肯於納諫之虛名而已。
三是剛愎自用，飾非拒諫，出爾反爾，自食其言。一開始說聽取大家意見，現在卻動不動就說大權“朕自持之”，“豈容臣下更參末議”。
曾國藩希望自己的這道奏折，能起到當頭棒喝的作用，使皇帝幡然猛醒，改弦易轍。他也希望通過自己的行動，在朝廷中引發直言的風潮：“現在人才不振，皆謹小而忽於大，人人皆習脂韋唯阿之風，欲以此疏稍挽風氣。冀在廷（大臣）皆趨於骨鯁而遇事不敢退縮。此餘區區之餘意也。”這個想法顯然是相當天真。明代大臣以冒著生命危險批評皇帝為榮，對皇帝嘻怒笑罵者本多，但清代體製威嚴，君臣之分，凜若天淵，大臣們給皇帝的文字，字斟句酌，務為恭順，極少諫諍之語。自從乾隆初年孫嘉淦的《三習一弊疏》之後，大清王朝一百多年間從來沒有出現過如此直接坦率地批評皇帝的奏折。年輕氣盛而又自尊心特別脆弱敏感的鹹豐皇帝的反應可想而知。史載：“疏上，帝覽奏大怒，摔諸地，立召軍機大臣，欲罪之。”把奏折摔到地上，立刻想把曾國藩抓起來。幸虧祁寯藻、季芝昌等大學士為之苦苦求情，才使曾國藩免於獲罪。在大臣們的勸諫下，鹹豐皇帝轉而假惺惺地誇獎了曾氏幾句，但又下了長篇上諭，細細為自己一一辯解，針鋒相對地駁回了曾國藩的主要指責。
皇帝大發雷霆，曾國藩並不感覺意外。但皇帝的嘵嘵置辯讓他認識到，通過苦口直諫使皇帝猛然驚醒、洗心革麵是不可能的。在此之後，他還是不斷地上建議改革的奏折，不過多是就事論事，不再有類似的戇直之言了。
（二）
那麼，“為京師權貴所唾罵”又是怎麼回事呢？
曾國藩晚年回憶：“昔餘往年在京，好與諸有大名大位者為仇，亦未始無挺然特立不畏強禦之意。”[《曾國藩全集·家書》，同治元年（1862年）5月28日。]
大名大位者之一，就是那位因鴉片戰爭而出名的琦善。琦善出身貴族，聲名早達，三十歲就當了河南巡撫，一度位極人臣，在朝廷中根深蒂固。雖因鴉片戰爭而被道光“革職鎖拿，查抄家產”，但不久就獲重新起用，任陝甘總督。鹹豐即位後，有人參奏他在陝甘總督任內“妄加誅戮”，“將雍沙番族刑求逼供，殺斃多名”。皇帝命革職交刑部審訊。
雖然兩度獲罪，但是琦善在京中人緣一直很好。回到北京後，會審人員隻尋“微瑣細事”令琦善回答，實際上是為他開脫罪責。刑部尚書恒春甚至要將舉報人薩迎阿的四名下屬當作罪犯抓來，與琦善一同審訊。這明顯是違反大清律的。然而對這個建議，滿朝無人反對。隻有當時兼屬刑部侍郎的曾國藩挺身而出，拍案而起，說：“琦善雖位至將相，然既奉旨查辦，則研鞫乃其職分；司員職位雖卑，無有傳入廷尉與犯官對質之理。若因此得罰，將來大員有罪，誰敢過問者？且諭旨但令會審琦善，未聞訊及司員，必欲傳訊，當奏請奉旨，然後可。”[《曾國藩年譜》，第19頁。]