恐怖政策確實收到了一時之效，各地土匪不再敢輕舉妄動，社會秩序迅速安定下來。奇怪的是，曾國藩勇於任事，沒有贏得湖南政界的感激，相反卻招致了重重怨懟。出山幾個月後，謗名滿城，長沙城中“文法吏大嘩”，都視他為仇敵。甚至當時的一些老朋友如李瀚章、魁聯、朱孫詒、郭嵩燾、歐陽兆熊等都給他寫信，表示對他種種作為的不理解和擔心。李瀚章為此專門寫信給他，“勸其緩刑”。[《曾國藩年譜》。]
（二）
成為眾矢之的的原因，是曾國藩動了別人的奶酪。
權力是官員們的眼珠，是官員們的生命，是官員們的精神支柱，也是官員們灰色收入的主要來源和得到他人尊敬、巴結、攀附的唯一資本。因此官員們視自己的權力範圍就如同狗看著自己食盆裏的骨頭，寡婦看著自己的獨子，或者美女守著自己的敏感地帶一樣，絕不許人觸碰。他們可以允許自己無所作為，“占著茅坑不拉屎”，卻絕不允許別人在這裏有所作為。
曾國藩悍然成立了不倫不類的“審案局”，將自布政使到各府州縣長官的社會治安權收歸自己名下，“巨案則自行彙奏，小者則惟吾專之”。他對那些貪鄙畏葸的地方官吏本來就極不信任，所以常常越過他們，直接下達命令。他規定，任何人都可以捆送土匪流氓，不必經過過去那些層層手續，“一切勘轉之文、解犯之費，都行省去。寬以處分，假以便宜”。他辦案總是徑自決定，從速處理，以免有人來說情糾纏：“期於立辦，無所掛礙牽掣於其間。案至即時訊供，即時正法，亦無所期待遷延。”[《曾國藩全集·書信》，複歐陽兆熊，第134頁。]
這就惹惱了通省文官。案子就是錢，不是現錢，也是天大的人情。你把抓捕、審判、監禁、處決權通通收歸自己所有，別人還有什麼活路？
曾國藩不尊重行政程序，視湖南通省官員如無物，更是大傷文官們的麵子。你要當好官，出成績，這可以理解，誰不想往上爬？但能不能別把我們踩得這樣狠，反襯得這樣無能？你半年裏辦的事，超過了湖南幾十年的工作成績，這樣的幹法，別人的麵子往哪裏擺？
鹹豐皇帝任命的“幫辦團練大臣”，並非曾國藩一人。從鹹豐二年十一月至鹹豐三年二月，他一口氣任命了十個省共四十三位退休或者丁憂在家的前官員為團練大臣。
絕大多數團練大臣行事都很明智。他們的做法有三類。潔身自好者深知自己不受地方官員歡迎，他們接到命令後，在省城找間空辦公室，掛塊牌子，敷衍兩天，最後像大多數紳士那樣，給團練捐些錢了事。
精於打小算盤者則視皇帝的聖旨為假公濟私的好機會。他們在地方上果真辦起一支小小的民兵隊伍，不過主要目的是保衛自己的莊園不受土匪搶劫。一旦太平軍大股部隊到來，則立刻“逃遁”或“托病藏匿”了。
胃口更大者則把這個差事當成中飽私囊的絕佳機會。他們扯著皇帝的幌子，以籌款練兵為借口，大肆敲詐地方富戶，“假公濟私，百端紛擾，或逼勒州縣供應，或苛派民間銀錢，或於官設捐局之外，團練再設捐局，或於官抽厘金之外，團練再抽厘金”。
隻有曾國藩一個人，一不要錢，二不要利，隻想真正為國家分憂。這就觸犯了官場潛規則。
曾國藩混跡官場多年，當然不是不通世故之輩。他自己說：“今歲以來，所辦之事，強半皆冒侵官越俎之嫌。”他悍然不顧，一意孤行，自有他的道理：“隻以時事孔艱，苟利於國，或益於民，即不惜攘臂為之，冀以補瘡痍之萬一，而扶正氣於將歇。”後來，在給翰林院同事龍啟瑞的信中，他又這樣進行解釋：
二三十年來，士大夫習於優容苟安，榆修袂而養姁步，昌為一種不黑不白、不痛不癢之風，見有慷慨感激以鳴不平者，則相與議其後，以為是不更事，輕淺而好自見。國藩昔廁六曹，目擊此等風味，蓋已痛恨次骨。今年乏承團務，見一二當軸者，自藩彌善，深閉固拒，若惟恐人之攘臂而與其建業者。欲固執謙德，則於事無濟，而於心亦多不可耐，於是攘臂越俎，誅斬匪徒，處分重案，不複以相關白。[《曾國藩全集·書信》，鹹豐三年十二月十六，複龍啟瑞，第414頁。]