鹹豐九年十二月，左宗棠退出了巡撫的幕府，以北上會試為名，打算“直之於朝”，在皇帝麵前剖白此事原委。他對這個極端的辦法本來也心裏沒底，一路風雨交加，前途茫茫，心情極差。路上，他收到了胡林翼寫來的信，勸他不要北上，因為陷害他的人並不會因為他離開幕府而罷手，正在四處布置，他去北京，無疑是自投羅網。左宗棠看了這封信，感到進京既無出路，回到老家，對方仍能“尋蹤而得”，深感“側身天地，四顧蒼茫”，無安身之地。思前想後，他決定避難軍營。於是掉頭南旋，來到宿鬆曾國藩大營。曾國藩對左氏的到來大表歡迎，二十天中，他與左“昕夕縱談東南大局，謀所以補救之法”。左宗棠向曾國藩表示，請讓他自帶一隊湘軍，以一個普通小營官自效，萬一官文等“必不相舍，山北山南網羅密布，即匿影深山，亦將為金丸所擬”，那就帶隊“策馬衝鋒”，在戰場上結束自己的生命。可見悲觀到了何等地步。
天下之事，每每禍福相生。誰也沒想到，這一次天子親自問罪，竟成為左宗棠一生命運的重大轉折。由於左氏一人事關湖南大局，所以許多大吏特別是兩湖官員，都積極展開營救。除了曾國藩的努力，還有許多人共同出手。胡林翼寫信向官文說好話，老朋友郭嵩燾向肅順求助。在一番緊鑼密鼓的營救下，事情出現了戲劇性的轉機。
在“樊燮京控案”以前，就多次有人向鹹豐皇帝舉薦過左宗棠其人。鹹豐因此對左氏印象頗深。這次案件中，又有這麼多人為左宗棠求情。潘祖蔭甚至對皇帝說出“國家不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”這樣的話，皇帝因此對左氏更加好奇，因此特意專旨詢問曾國藩，想聽聽曾國藩對左宗棠的評價，以及能否調到曾國藩的麾下使用。曾國藩接旨大喜，於鹹豐十年四月回複說：“左宗棠剛明耐苦，曉暢兵機，當此需才孔亟之時，或飭令辦理湖南團防，或簡用藩、臬等官，予以地方，俾得安心任事，必能感激圖報，有裨時局。”
曾國藩明知樊案之後，左宗棠已不可能再在湖南辦團，卻將此列為首選，其用心在為左宗棠謀取實際官階，即疏中明白說明的“藩、臬”之職。曾國藩推薦左宗棠，不似胡林翼、潘祖蔭那樣渲染鋪張，但直截了當地為之謀官謀權，更有力度。
皇帝於是命左氏以四品京堂候補，作為曾國藩的助手，襄辦湖南軍務。而此前左宗棠因做多年幕僚，得到的官銜是五品兵部郎中。左宗棠做夢也沒想到曾國藩等一幹朋友的援手，居然使他枯木逢春，化大凶為大吉，他說對此際遇感到“實非夢想所期”。一沒有掉腦袋，二沒有回老家，對朝廷與朋友們感激次骨，遂摩拳擦掌，準備在曾國藩帳下大幹一番。得到左宗棠這樣的有力助手，曾國藩當然如虎添翼。他決定放手讓左氏大幹，派他到湖南募勇，自成一軍，以做獨當一麵的打算。左宗棠僅一個月時間，就募了五千人。此刻，左宗棠意興勃勃，雄心大熾，他在家書中寫道：“此去務要盡平生之心，轟烈做一場，未知能遂其誌否？”
（二）
雖然深受曾國藩的舉薦之恩，但左宗棠對曾國藩，自始至終毫無唯唯之態。在曾國藩麾下帶兵之初，左宗棠就表現出不甘人下的特立獨行風格。
以前，凡是曾國藩麾下的軍隊，統稱為“湘軍”，而左宗棠獨樹一幟，將自帶的五千人號為“楚軍”。其他湘軍將領募軍練勇一遵曾國藩成製，而左宗棠對曾國藩的那套做法不太感冒。曾國藩選將專要樸實的讀書人，以其有根底，有操守，大節不苟。而左宗棠多用武夫，“亦不盡樸實之選，止取其能拚命打硬仗耳”。左宗棠有左宗棠的算盤。原來，讀書人有功名，立了戰功很快可以高升，不再為己所用。而武人升到提督已是非常不易，不得不一直在自己腳下盤桓，容易控製。曾國藩招兵，多從原籍湘鄉一縣招募。左宗棠認為這樣弊端尤多，因為一旦失利，往往是舉縣盡哀，士氣容易受挫。所以他從全省各府縣招募，優中選優，強中擇強。至於營製，他也參用後來脫離曾國藩係的王鑫之法，處處與湘軍有所不同。
事實證明，左宗棠的名氣不是吹出來的。首次親自帶兵打仗，他就旗開得勝。鹹豐十年年底，太平軍兵分三路，包圍了曾國藩所駐的祁門。曾國藩四麵楚歌，陷於驚恐之中。幸好左宗棠在景德鎮經過一日一夜激戰，將太平軍將領黃文金率領的數萬軍隊擊敗，使曾國藩轉危為安。
事後，曾國藩專折為左宗棠請功說：“左宗棠初立新軍，驟當大敵，晝而躍馬入陣，暮而治事達旦，實屬勤勞異常。惟係襄辦京堂大員，應如何優擢獎敘之處，出自聖裁。”於是皇帝發布諭旨，著左宗棠以三品京堂候補。