曾國藩僥幸逃過此難，不料更大的危險緊接著到來。鹹豐十一年（一八六一年）二月，太平軍李世賢部再度進入江西，並於二月底擊敗左宗棠，攻占了景德鎮，兵鋒直指祁門。曾國藩文報不通，餉道中斷，又一次陷於絕境，在日記中寫道：“憂灼特甚，夜竟不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殆不知生之可樂，死之可悲矣。”甚至給曾紀澤寫下了遺囑。
在這關鍵時刻，左宗棠再次力挽狂瀾。景德鎮失敗後，他退守樂平，三月初六與李世賢大戰於此。左宗棠充分利用地形優勢，命人開挖壕溝，引水塞堰，大大限製了太平軍騎兵的作用。在他的指揮下，左軍奮力進攻，結果大敗太平軍，殺敵五千多人。李世賢大敗狂奔，曾國藩再次走出絕境，他大喜過望，對左宗棠當然又一次獎譽不已，向皇帝彙報稱：“（左宗棠）以數千新集之眾，破十倍凶悍之賊，因地利以審敵情，蓄機勢以作士氣，實屬深明將略，度越時賢。”請求“將左宗棠襄辦軍務改為幫辦軍務”。曾國藩甚至對皇帝說，他以此事斷定左宗棠“將來必能為國家開拓疆土，廓清逆氛”。可謂推崇備至，也預見到了左宗棠後來收複新疆之功，誠可謂“知人之明”。
皇帝又一次接受了曾國藩的建議，“命候補三品京堂左宗棠幫辦兩江總督曾國藩軍務”，左宗棠由襄辦改為幫辦，一字之差，變成曾國藩的副手。隨後又晉為太常寺卿，正三品，這是左宗棠出山十年來第一次被授予真正的實職官職。
（三）
左宗棠也沒有想到，在曾國藩的麾下，他晉升能如此迅速。
太平軍被趕出江西後，卻在浙江勢如破竹。鹹豐十一年九月，浙江全省幾乎被太平軍占領。鹹豐十一年十月十八日，朝廷命曾國藩督辦江蘇、安徽、江西、浙江四省軍事。
曾國藩用人，抱定立人、達人之原則，絕不因自己用著順手就把這個人壓在自己手下，不使其升遷。他早就想為左宗棠謀得更大的發展空間。浙江失陷，給了他這個機會。他決定將浙江軍務全盤交給左宗棠，讓他從此獨當一麵。十一月十六日，曾國藩在回複左宗棠的信中寫道：
昨奉廷寄諭旨，謬以鄙人兼辦浙江軍務。位太高，權太重，虛望太隆，才智太短，殆無不顛蹶之理。即日當具折請辭，而推閣下督辦浙江軍務。
他說到做到，當月二十五日，他上《懇辭節製浙省各官及軍務等情折》，說明了自己的想法：“以臣遙製浙軍……不若以左宗棠專辦浙事，其才實可獨當一麵。”
左宗棠聞訊大喜。這麼多年來，他一直盼著有離開曾國藩羽翼，自己開辟乾坤、大展拳腳的一天。他率領軍隊，興衝衝地準備起程。這時曾國藩卻給他寄來信件，命他按兵不動。原來此時太平軍已經把浙江巡撫王有齡圍困在杭州，王有齡凶多吉少。如果左宗棠馬上出兵救援，萬一失敗，左氏得承擔救援不力之責。如果救援成功，把王有齡救出來，那麼浙江巡撫還是要由王有齡來做，左宗棠如何安置？因此直到十一月底，得知浙江巡撫王有齡在圍困中自縊而死，曾國藩才密奏清廷，請以左宗棠為浙江巡撫，同時命令左宗棠迅速入浙。曾國藩的心機權術之深，可見一斑。
十二月二十四日，清政府任命左宗棠為浙江巡撫，從此，當過多年“假巡撫”的左宗棠成了真巡撫，正式步入大員係列。在投奔曾國藩之初，左宗棠所期望不過是“以小營官自效”，孰料“進步”速度如此之快。這當然全是曾國藩提攜之效。曾國藩好事做到底，不但把駐紮在贛浙邊界的湘軍統歸左宗棠節製，而且慷慨地給了他向皇帝的專奏權和征收厘金權。
入浙是左宗棠一直以來的夢想。早在楚軍出湘之始，左宗棠就注意到浙江這個最富之地。曾國藩這次超額滿足了他的夢想，使他快慰無比。而曾國藩在入浙時機上的選擇，更讓他看到曾國藩為他考慮得細致周到。此時的左宗棠，對曾國藩發自內心地尊重感激，和曾國藩的交往中，變得畢恭畢敬，“修敬先達之禮”，“每事必請教而後行”。（《太平天國史料叢編簡輯》）稱：“滌帥與我，情意郛洽之至。”這是雙方合作中最情投意合的一段。
獲得了更大的平台的左宗棠，才幹更揮灑無餘，他竭盡平生才力，專注於浙江軍事。同治二年（1863年）三月，清廷超擢他為閩浙總督。