左宗棠擔任巡撫，已經屬於破格超升。而僅僅一年時間，就又擢升為總督，居然與曾國藩平起平坐，分庭抗禮了。他說：“近奉衝聖寄諭，吾與滌公均平列。”這一年多時間，左宗棠並無特殊建樹，何以如此輕鬆地取得與曾國藩並列的地位呢？
這道聖旨的背後隱藏著清廷極為深刻的用心。原來，曾國藩此時權傾天下，擁兵過廣，已經讓清廷不放心了。他們怕曾國藩尾大不掉，使左氏與曾國藩分庭抗禮，就是為了分裂湘軍，牽製“兵權過重”的曾國藩，達到分湘係集團而治之的目的。
而之所以起用左宗棠來牽製曾國藩，是因為清廷敏銳地發現，左宗棠與自己的恩主曾國藩之間出現了矛盾。
四、“絕無良心科第二名”
（一）
隨著左宗棠地位的迅速上升，他與曾國藩的關係又一次出現了惡化。
首先，當然還是用兵方略上的爭執。
投身曾國藩之前，左宗棠批評曾氏之兵略從來沒有客氣過。既為曾國藩麾下之後，左宗棠對曾國藩的許多軍事判斷雖然不再公開嘲諷，但與朋友們交流時仍直言不諱。比如聞聽太平軍占領浙江後，曾國藩的判斷極為悲觀，驚呼道：“現在浙蘇兩省膏腴之地，盡為賊有，窟穴已成，根柢已固，……東南大局，收拾愈難。”左宗棠卻認為這是一件好事，太平軍舍棄長江中遊的安慶地區，而專集於下遊，“大局頓有轉機”。事實證明，左宗棠的看法確實比曾國藩更有見地。
早在鹹豐十年三月，左宗棠就建議曾國藩，“先以偏師保越，為圖吳之地”。曾國藩卻堅持所謂的“穩紮穩打”之法，拒絕此議，進駐皖南萬山叢中的祁門。左宗棠雖然沒有公開批評，卻在寫給兒子的信中流露出輕蔑之色：“滌公於我極親信，毫無間言。唯才略太欠，自入窘鄉，恐終非戡亂之人。”
離開曾國藩的羽翼後，左宗棠開始接連不斷地與曾國藩爭辯兵機。他認為曾國藩用兵過於滯拙，對自己的束縛過多，在信中經常對曾國藩發出抱怨。隨著浙江巡撫做得越來越順手，左宗棠對曾國藩的批評也越來越直言不諱。在給駱秉章的信中，他這樣表達自己的委屈：“滌相於兵機，每苦鈍滯，而籌餉亦非所長，近日議論多有不合。隻以大局為重，不能不勉為將順，然以難矣。”
入浙之初，左宗棠對曾國藩的建議雖然不是唯命是從，至少是積極響應的。但隨著他在浙江腳跟站穩，對曾國藩就越來越輕慢起來。曾國藩對周開錫、李慶霖二人十分反感，要求左宗棠斥退他們。左宗棠卻對曾國藩的用人之道不以為然，“恪靖（指左宗棠）嚐謂文正（指曾國藩）無知人之明，故文正所棄者，無不重用也”，反而委此二人以重任。同治元年（1862年），當太平軍進攻曾國荃部時，曾國藩要求左宗棠派蔣益灃一軍往援，左宗棠卻拒不從命。曾國藩對於浙事或者楚軍的“大調度”，都通過書信或者谘文商之於左宗棠，可是左宗棠卻“每置不肯”。曾國藩寄給左宗棠的信件，左宗棠動不動就不予回複，以至於曾國藩在一封信中這樣抱怨道：“每有大調度，常以緘、谘敬商尊處，公每置之不論，豈其未足與語耶？抑自足而拒嘉謨耶？盍亦箴砭而推挽之！”
與左宗棠的合作中，曾國藩不得不又一次回到忍氣吞聲、逆來順受的角色。和別人他不好說什麼，隻能對親兄弟一吐肺腑。同治二年五月初二，他在致曾國荃的信中這樣說：“餘因呆兵太多，徽祁全借左軍之力，受氣不少。此後餘決不肯多用圍城之呆兵矣！”鬱怒之態，溢於言表。
不論有多少不愉快，曾、左二人關係表麵上還是過得去的。雖然左宗棠說出“公與弟均尚氣好辯，彼此爭論，更涉形跡，於大體多所窒礙也”之類的重話，但雙方從來沒有撕破麵皮。因為曾國藩位為兩江總督，左宗棠是浙江巡撫，名位畢竟在曾國藩之下，不得不時時壓製自己的氣焰。但當左宗棠升任閩浙總督，與曾國藩地位平等後，二人的衝突就開始表麵化了。
二人第一次衝突的導火線是軍餉問題。
湘軍不是經製之兵（正規軍），軍餉一直是曾國藩最頭疼的問題。當湘軍屯兵南京城下之時，曾國荃每天隻能發四成餉，士兵連半飽都吃不上，隻能煮粥度日。