為了保證湘軍軍餉供應，曾國藩保舉沈葆楨出任江西巡撫，因為江西是湘軍重要的餉源地。沒想到出任江西巡撫不久，地方主義傾向就壓倒了對曾國藩的感激之情，沈葆楨急於在江西幹出成績，想把江西財政收入都留為己用，不再為湘軍供餉。曾國藩聞訊大急。沒有了這筆餉銀，南京城下的湘軍隻有兩條路：一是嘩變，二是在南京城下活活餓死。
曾、沈二人為了爭餉，在皇帝麵前打起了筆仗。對於沈葆楨的忘恩負義，曾氏大營的所有人都氣憤填膺，他們紛紛說，如果朝廷設一個“絕無良心科”，沈葆楨一定取得第一名。
曾國藩為此“鬱悶殊甚”，寫信給左宗棠說：
沈幼丹（沈葆楨）中丞與敝處大相齟齬，將漕折全行截留，初不省其開罪之由。以中才而當末流之世，處權勢之地，固宜叢尤悔而不自知乎？[曾國藩：《複左中丞》，《曾文正公全集·書劄》，卷十，第35~39頁。]
曾國藩把左宗棠當成了心腹和知己，才如此推心置腹地談論此事。他萬萬沒想到，升任了總督的左宗棠在回信中沒接他的話茬兒，卻為沈葆楨抱起了不平。
原來，左、沈二人此時已經走到了一起。戰爭形勢的發展，使左、沈有了共同的利害關係。因為左氏軍隊在浙江阻擋太平軍入贛，為江西起了屏障作用。左宗棠還多次帶兵入贛剿殺江西境內的太平軍。沈葆楨雖然不願為曾氏供餉，卻願意為左氏供餉，雙方因此關係密切，情投意合。在和曾國藩打奏折官司時，沈葆楨甚至還把左宗棠帶兵入贛，高風格地不用江西餉銀的事跡寫入奏折，以此貶低曾國藩。江西現已財力枯竭，所幸閩浙總督左宗棠派兵前來作戰，“極諒江省苦情，派來劉典援師，血戰於江，轉餉於浙”。[沈葆楨：《洋稅盡數解營片同治二年五月二十七日》，《沈文肅公政書》，卷二，第26頁。]
因此，當沈葆楨與曾國藩打起奏折官司時，左宗棠站到了沈葆楨一邊，拒不為曾國藩說話。在沈葆楨以開缺威脅朝廷時，左宗棠則公開替沈葆楨抱不平。他寫信指責曾國藩說：“現在你的好朋友郭嵩燾（湘係元老）升任廣東巡撫，而你的敵人沈葆楨卻籲請開缺，‘一益一損，且幸且懼’。”[左宗棠：《答曾節相》，《左文襄公全集·書牘》卷六，第44~46頁。]意思是說，反對你的人，你逼得他走投無路；順應你的人，就步步高升。你的獨斷專行，已經令人畏懼了。
麵對左宗棠措辭尖銳的質問，曾國藩采取了一如既往的忍讓態度，沒有進行過多的解釋和爭辯，但心中難免不存芥蒂。在曾氏大營中的人看來，左宗棠此舉證明，他已經可以步沈葆楨之後，取得“絕無良心科”的第二名了。曾、左二人日後關係日漸疏遠，在此就埋下了深刻的伏筆。何況成為總督之後，左宗棠與曾國藩的書信往來又恢複了舊日飛揚跋扈、指手畫腳之態。筆記中有這樣一條記載：
（左宗棠）一日來谘，極詆文正（曾國藩）用人之謬，詞旨亢厲，令人難堪。文正複之雲：“昔富將軍谘唐義渠中丞雲：貴部院實屬調度乖方之至。貴部堂博學多師，不僅取則古人，亦且效法時賢，其於富將軍可謂深造有得，後先輝映，實深佩服，相應谘覆雲雲。”
以曾國藩之修養，如非鬱怒已極，絕不會以這樣的嬉笑怒罵、尖酸刻薄來回應左宗棠。雙方的關係，至此已經陰雲重重。然而就在此時，左宗棠又給了曾國藩重重一擊。
太平軍為了解天京之圍，對湘軍展開突然反攻，大舉攻入了皖南。左宗棠認為這是曾國藩調度不力、防備不當所致，在未和曾國藩商議的情況下，直接向清廷建議，派楊嶽斌來督辦江西、皖南軍務。這一建議的實質，是要從曾國藩的轄區範圍內分割出江西、皖南。清廷早就想收縮曾國藩的兵權，接到此奏立即批複同意。這顯然是對曾國藩權勢和威信的一次嚴重打擊。以曾國藩之城府涵養，對此事未置一詞，但他的幕客們情緒激動，紛紛破口大罵。曾國藩的得意門生趙烈文在他的日記中說，左宗棠《請飭水師提督楊嶽斌督辦江西、皖南軍務片》，字字為自己表功，句句給曾國藩抹黑：
按此折……旁敲側擊，複見金陵之兵力甚充，不必視為過重；及曾中堂之用人，未能盡人之長。寸楮之中，凶鋒四射，似乎天下舍己之外，更無公忠體國之君子。籲！險矣。[趙烈文：《能靜居士日記》，《太平天國史料叢編簡輯》，第三冊，第352~353頁。]
“天下舍己之外，更無公忠體國之君子”，趙烈文一語，道出了左宗棠的心事。左宗棠以居心正大為恃，對老同事、老朋友突然襲擊，這種事以後還多次發生。這種襲擊表麵上當然是以“大清王朝根本利益”為出發點，但背後經常隱藏著強烈的“爭雄心態”。事實證明，清廷選擇左宗棠來作為分化湘軍的突破口實在太準確了。在整個湘軍集團中，左宗棠是唯一一個始終要越曾國藩而上的人。左宗棠的這一舉動，正式宣告曾、左解體。