新任河南巡撫是原河道總督李鶴年，他與許昌道員任愷關係密切。任愷在此之前曾經在南陽知府的任上幹過，也參與了王樹汶案的審理。他擔心翻案後將對自己產生不利，於是寫信給鄧州知州朱光第，讓他不要把王季福送到省城來，並且警告他如果不按自己的意思辦，後果很嚴重。然而朱光第還算是個好同誌，最後還是堅持將王季福送到省城與王樹汶當麵對質。
當堂對質的結果，確認王樹汶的確是王季福的兒子，而不是什麼江洋大盜“胡體安”，案子到此總算真相大白。任愷預感到照此發展下去，冤案必然會遭到平反，自己也難辭其咎，於是他找到自己的老關係——巡撫李鶴年，他希望李鶴年能夠將這個案子大事化小，不要再深究下去。可這時，朝廷中有河南籍的禦史（監察部官員）聽說了王樹汶的冤案，就向皇帝上奏批評河南各級官員草菅人命，其中也牽連到了巡撫李鶴年。其實，剛剛上任的李鶴年與這個案子並沒什麼關係，他也無意袒護任愷。李鶴年這個人是軍人出身，有一副暴脾氣。在任愷等人的唆使之下，又加上對河南籍禦史的強烈不滿，一怒之下否定了前任巡撫塗宗瀛要求案件複審的決定。
案情發展到這種程度，已經鬧得人盡皆知，想捂住真相是不可能的。李鶴年是個官場老手，想在他的手裏翻案，不是那麼容易的事。他搬出法律條文，將王樹汶定性為從犯。理由是王樹汶雖然是頂罪，不是主犯，但他的身份也是盜匪，在這個案子中屬於從犯，與主犯共同犯罪，按律也當斬。與此同時，李鶴年還為參與此案的任愷等各級官員派發定心丸，定為無罪。至於盜匪首領胡體安依然在逃之事，則不了了之。
在河南省官府衙門官官相護的背景之下，王樹汶看起來是那麼弱小。王樹汶雖然弱小，但這個案子卻發展成為全國人民關注的一樁公案，社會輿論對河南各級官府衙門睜眼說瞎話似的斷案給予強烈譴責，在京城任職的河南籍禦史等官員也紛紛上奏，彈劾李鶴年包庇屬下、踐踏律法、陷害無辜。這件案子驚動了權力集團的一把手慈禧太後，她授權時任河道總督梅啟照為欽差大臣將案件重新審理。可按照當時的權力規則，需要欽差大臣複查的案件一般都是由下屬官員代為審理，自己不能親自參與，也就是說，下屬官員審理出什麼結果都要認。
前麵我已經交代過巡撫李鶴年是前任河道總督，而梅啟照接的是他的班。梅啟照手下那些官吏基本上都是李鶴年的舊部，他們與李鶴年之間的關係尤為密切。也就是說，李鶴年在他們麵前說句話，還是管用的。所以這個案子在李鶴年舊部的關照之下，重新審理的結果還是一切照舊。這個結果讓梅啟照大感失望，但對於一個將退休的官員來說，多一事不如少一事，他也不願意在退休之前得罪自己的同僚。最後複審結論出來，欽差大臣梅啟照也認定王樹汶為從犯，按律當斬。
這樣一件引起各方關注的定罪案，經過地方官員的一審再審，都是一種結果。這讓社會各界大為失望，一時之間，輿論嘩然。這個案子在引起各方爭議的同時，也同樣引起刑部尚書（相當於最高法院院長兼司法部部長）潘祖蔭的注意。潘祖蔭準備親自接手這個案子，他將案件卷宗全部梳理了一遍，並從河南官場的外圍挑選官員實地暗訪，經過一番抽絲剝繭，掌握了內幕資料。調查官員建議將冤案的始作俑者鎮平縣知縣馬翥撤職查辦，由刑部全麵接手此案。隨後，潘祖蔭就找到了刑部負責“秋審”工作的郎中（相當於現在部委裏的司長）趙舒翹，讓他秘密複審王樹汶案，不要與地方官員有糾結。趙舒翹很快將王樹汶的案審理得清清楚楚，潘祖蔭將所有審理資料整理好後準備向慈禧彙報。