就在案情重現曙光之際，又出現了意外狀況。社會各界和京城政要對此案的關注，讓巡撫李鶴年也是坐臥不寧。他派屬下的一個道員進京做工作，試圖盡快了結此案。他擔心這樣沒完沒了地糾纏下去，早晚會把自己也卷進去。赴京做工作的道員以前是潘祖蔭的屬下，他找到潘祖蔭陳清其中利害。又是一番利害計算，一個人人都心知肚明的頂罪案，卻老是繞來繞去無法結案。
這裏涉及一個利益博弈的問題，在這裏博弈的雙方是官家的正式身份與隱身份。涉案的官員當他們以自己正式身份（父母官）出場的時候，他們亮出的武器是大清律例；可當他們亮出武器後會突然發現，這個武器用不好有可能會傷害到自己的同僚或者上司，最終的結果是把自己也給傷害了，這時候產生的博弈值就是一個負值。在中國曆史上，晚清官員是把博弈論玩得最轉的一群人。他們會把官員與百姓的關係演化成狼和羊的故事。表麵上看，官員與盜匪是有邊界的，其實也就是正式身份與隱身份的區別。真盜匪胡體安不是華麗轉身成了一名總胥（相當於縣警察局局長）嗎？頂罪的小民王樹汶卻伸長脖子按律待斬。在整個過程中，負責審案的各級官吏都會對王樹汶動用灰牢，並不斷以他們的正式身份亮出合法傷害權。在這裏，官員才是真正的從犯，他們用狠毒手段對王樹汶刑訊逼供，其實是在擴張盜匪的利益邊界，壓縮良民的利益疆界。
如果說，王樹汶最後真落得身首異處，而胡體安卻在衙門裏麵混得風生水起，那麼我們就可以肯定地下一個結論，那些官吏和捕役是真正的盜匪。他們對平民造成的危害，比真正的盜匪要大得多，你說他們的真實身份到底是平民利益的捍衛者呢，還是傷害平民利益的盜匪？
如前麵那些官員們一樣，在即將將手探向案情真相的時候，又都條件反射似的將手縮了回來。潘祖蔭也是經過一番利害計算，義無反顧地推翻了自己先前得來的調查結果，維持原判。誰承想趙舒翹是位剛正不阿維護法律尊嚴的好法官，聞聽此事後就與頂頭上司潘祖蔭激烈爭論，爭到最後甚至拍案而起，說道：“我趙某人一天不離開秋審的工作崗位，此案就一天不能隨便變動！”頗有漢代“強項令”的風範。
巧合的是，正當雙方僵持不下的時候，潘祖蔭因為“丁外艱”而離職（父親去世離職回家守孝三年），由直隸南皮（今河北省南皮縣）人張之萬繼任刑部尚書。趙舒翹所受壓力頓時減少大半，加上回到老家的潘祖蔭也許因良心發現而又改變了態度，他給張之萬寫信自我批評說是被以前的手下所誤導，王樹汶案應該按趙舒翹的意見結案，還把趙舒翹大大地誇獎了一番。至此，王樹汶冤案終於走上了塵埃落定、完全平反昭雪的正道。
刑部將王樹汶案的實情上報，光緒皇帝親自批示：王樹汶無罪，釋放回家；原鎮平知縣馬翥和南陽知府馬承脩發配邊疆充軍，李鶴年、梅啟照以及河南臬司以下各級參與過審理此案的領導幹部或降級或撤職。這時是光緒九年（公元1883年），距案發已整整過去了五年。而最讓人不解的是，這個案子的主犯、盜匪首領胡體安卻一直逍遙法外。
“王樹汶案”的一波三折、紛繁複雜完全是由官員們的枉法造成的。那些參與審案的各級官員並非對案情沒有疑問，許多人甚至明知案情有冤，但有的收受賄賂，有的一心考慮自己的官位仕途，因而一個個成了加害無辜的幫凶，加上那種行政、司法集於一身的體製，就使不良官員能夠為所欲為。