公元639年(唐貞觀十三年)，靜琬刻完《涅盤經》後圓寂。據考證，靜琬除《涅盤經》外，還有貞觀八年所刻《華嚴經》，以及《維摩經》、《勝鬣經》等經石146塊。此後，其弟子導公、儀公、暹公和法公等四人繼承了刻經事業。唐開元年間，靜琬的第四代弟子惠暹得到了帝室的支持，在雷音洞下辟新堂兩口(即今第一、二洞)，鐫刻石經。中晚唐時期，在當地官吏的支持和佛徒的施助下，又先後刻有石經100餘部，經石4000多塊，分藏於9個石洞。唐末五代戰亂時期，石經的刻造曾一度停頓，至遼代才繼續鐫刻。據1058年(清寧四年)趙遵仁《續鐫成四大部經成就碑記》載，自太平七年(1027年)至清寧三年，有續鐫造《般若經》80卷，計碑240塊;刻《大寶積經》1部120卷，計碑360塊。這些統計數據隻是針對般若、寶積兩大部經而言，實際上依石經拓片題記看，僅道宗自清寧二年至大安九年(1093年)的30餘年間所刻石經，就有161部，656卷，經石(缺佚除外)約1084塊。
此後，僧通理繼續刻有佛經44帙，小碑4080片。天慶八年(1118年)，其門人善銳、善定在雲居寺西南角穿地為穴，將道宗和通理所刻石經埋藏其中，並造壓經塔以鎮之。其後通理弟子善伏等又有續刻。天會十四年有燕京圓福寺僧見嵩續刻《大都王經》10卷(1帙);天眷元年至皇統九年(1138~1149)間，有奉聖州(今河北涿鹿)保寧寺僧玄英暨弟子史君慶、劉慶餘等續刻密宗經典39帙;皇統九年至明昌初年(1149~1190)續刻阿含等20帙。此外，《金剛摧碎陀羅尼經》、《大藏教諸佛菩薩名號集》、《釋教最上乘秘密藏陀羅尼集》等為不知名者所刻。
到了金代，所刻石經除《大教王經》藏於東峰第三洞外，其餘都埋在壓經塔下的地穴內。至明萬曆、天啟、崇禎年間，吳興沙門真誠勸募在京當官的居士葛一龍、董其昌等續刻石經。原計劃有《四十華嚴》、《法寶壇經》、《寶雲經》、《佛遺教經》、《四十二章經》、《大方廣總持寶光明經》、《梵網經》、《阿彌陀經》等十餘種，但由於原有石洞均已藏滿封閉，故另在雷音洞左麵新開一小洞，將所刻經碑藏入，俗稱“寶藏洞”，即第六洞。至此，雲居寺的石經刻造宣告結束，共刻佛經1122部3572卷於14278塊石板之上。這些石經，世稱“房山雲居寺石刻佛教大藏經”，簡稱“房山石經”。
房山石經所刻佛經為曆代善本佛經，包含了佛經的經典要著，可以校正存世佛經的錯訛。房山石經還保存了一批久已遺失的佛教典籍，如中國唐代的密宗經籍已遺失無存，而金皇統七年(1147年)刻成的唐密宗佛經《釋教最上乘秘密藏陀羅尼集》，就為唐代密宗傳世保留了貴重文獻。這部經文不僅集密藏陀羅尼之大成，而且是研究唐代中印度音韻學的寶貴資料。
另外，房山石經大多附有題記，成為研究中國古代曆史、政治、經濟、文化乃至一些風俗習慣的寶貴資料。不僅如此，在研究曆代書法、雕刻、文化演變等方麵，房山石經也為世人提供了可靠的實物根據。明清以來，房山石經就已經引起學者注意。明代周忱，清代查禮、石景芬、葉昌熾等的遊記和著述中，都曾介紹它的價值。這些經碑，對校勘木刻經本的錯訛，是可貴的實物依據，同時也是研究古代金石、書法藝術發展的重要資料。