索馬裏海盜活動帶來的經濟損失，除上述贖金、人員傷亡、船隻損傷和海域汙染外，還包括許多其他直接和間接的損失，例如，被劫船舶和船員被扣押期間每天給船運公司造成數以萬計美元的營運損失。各國海軍護航艦隊的費用也是一筆不小的開支。
在索馬裏海盜活動帶來的間接損失中，特別值得討論的是與保險有關的經濟損失。在船隻和船員被索馬裏海盜劫持後，如果索要的贖金在50萬~200萬美元，許多船東會選擇向海盜支付贖金。這首先是因為這一數額的贖金遠遠低於船、貨的價值以及船員傷亡可能帶來的經濟損失。
從保險角度看，世界各地的保險行規不盡一致。設在英國的保險公司通常將由海盜活動引起的經濟損失包括在船舶的保險理賠範圍以內;而設在美國的保險公司則相反，往往將由海盜活動引起的經濟損失排除在船舶的保險理賠範圍之外。由於上述區別，英國保險公司將經由亞丁灣的商船每次航行的保險費提高了1萬~2萬美元，而美國保險公司沒有相應地增加保險費。
在索馬裏海盜造成的間接經濟損失方麵，埃及受到了特別嚴重的影響。自位於埃及境內的蘇伊士運河開通以來，經由蘇伊士運河、紅海和亞丁灣的航線就是連接亞洲和歐洲的海上捷徑。蘇伊士運河的通行費也成了埃及政府財政收入的重要組成部分。索馬裏海盜在亞丁灣的猖獗活動，造成經過蘇伊士運河的船隻數量下降，也相應地造成了埃及政府財政收入的下降。
一些原本經由蘇伊士運河、紅海和亞丁灣的商船，改道非洲最南端的好望角。這樣做之後，商船在亞丁灣海域遭到索馬裏海盜襲擊的可能性減少了，但船舶的其他費用增加了。以油輪為例，根據美國交通部的估算，繞行好望角每年將為每艘油輪增加約350萬美元的燃油開支。據英國倫敦的一個保險代理商協會估計，繞行好望角將使每個航班增加1萬~2萬美元的保險費。美國國會研究部2009年9月28日報告:PiracyofftheHornofAfrica。另外，如果一艘油輪經由蘇伊士運河、紅海和亞丁灣在歐洲和亞洲之間航行，每年能完成6個航次的話，繞行好望角隻能完成5個航次。按一家挪威航運公司的估算(該公司所屬的100餘艘化學品船已全部改道繞行好望角)，在亞洲與歐洲之間的航線上，繞行好望角將增加5天的航程;在中東與歐洲之間的航線上，繞行好望角將增加10天的航程。
對於索馬裏海盜造成的經濟損失總額，美國智庫蘭德公司2009年2月4日向美國國會眾議院作證表示，索馬裏海盜為國際社會造成的損失總計在10億~160億美元之間，其中相當部分最終將分攤到消費者身上。美國國會研究部2009年9月28日報告:PiracyofftheHornofAfrica。
當然，經濟損失隻是海盜危害的一個方麵。關於索馬裏海盜活動及其危害，俄羅斯代表在聯合國安理會第6046次會議的發言有一段較好的概括:“他們的行動日益猖獗，他們的要求肆無忌憚。船隻被劫的報道幾乎每天不斷。索馬裏海麵上的海盜和武裝搶劫活動嚴重威脅海員和船上乘客的生命以及船舶航運安全，致使向索馬裏運送國際人道主義援助困難重重，造成許多國家經濟損失嚴重。”
自2007年底起，多個國家海軍開始在索馬裏鄰近海域為過往商船護航。國際社會的努力，對索馬裏海盜活動起到了一定的遏製作用。例如，2010年上半年在亞丁灣的海盜襲擊的數量從2009年同期的86起下降到33起(下降了61%)。
不過，各國海軍在索馬裏鄰近海域的護航，促使索馬裏海盜向更遠的海域發展。一些團夥的活動範圍從鄰近陸地的亞丁灣轉移到了印度洋。活動地點離索馬裏海岸的距離越來越遠。距離索馬裏海岸800海裏的過往船隻受到襲擊的事件現已屢見不鮮。2009年，在離索馬裏海岸800海裏以外的海麵上，有6艘船遭襲，3艘船被劫持。為了擴大活動區域，海盜使用較大噸位、在海上逗留時間更長的“母船”的情況也更加普遍。例如，2008年4月4日法國籍豪華遊輪拉龐納(LePonant)號被劫持。在這一劫持事件發生之前，一艘俄羅斯製造的拖網漁船在也門海岸以南約57海裏處被劫持。海盜將這艘拖網漁船帶到邦特蘭的一個港口，添加了燃料，用作母船，劫持了拉龐納號。劫持拉龐納號得手後，拖網漁船被拋棄。