索馬裏和非洲其他國家一樣，有著悠久而燦爛的曆史。公元7世紀，來自阿拉伯半島的一個蘇丹國在索馬裏建立了政權。西方國家開始向海外大舉殖民後，葡萄牙人曾於15-16世紀來到索馬裏，並控製了若幹沿海城鎮。不過，在這一時期，來自阿拉伯半島的蘇丹國仍控製著索馬裏的許多地區。
1840年，英屬東印度公司為了便利其通往印度的航行，與當時控製索馬裏的塔吉拉(Tajura)蘇丹簽署了一係列條約。1886年，英國通過與多個索馬裏酋長簽署條約，控製了索馬裏北部地區，並在那裏建立了一個保護國--英屬索馬裏，對它實施殖民統治。英國的殖民統治遭到了索馬裏人民的反抗。在20世紀的頭20年裏，英國殖民當局遭到了穆哈邁德·阿卜杜拉(MohamedAbdullah)領導的索馬裏武裝力量的不斷襲擊(英國殖民當局將穆哈邁德·阿卜杜拉稱為“瘋狂的毛拉”)。直到1920年，這位索馬裏民族英雄領導的武裝力量才在英國空軍的轟炸和索馬裏其他部落的夾攻下宣告失敗。
1889年，意大利通過與索馬裏南部的蘇丹簽署條約，取得了這一地區的保護權，後來又將這一地區置於其直接統治之下，建立了意屬索馬裏。1940年，第二次世界大戰初期，意大利對英國宣戰，意屬索馬裏的意大利軍隊將英國軍隊逐出了英屬索馬裏。但次年，英國軍隊對這一地區的意大利軍隊發起反攻，很快就控製了索馬裏的絕大部分地區。
戰後，根據1947年《和平條約》，意大利放棄了在索馬裏的所有“權利”。1949年11月21日，聯合國大會通過決議，決定將原意屬索馬裏置於國際托管製度之下，為期10年，此後，它有權獲得獨立。
與此同時，英屬索馬裏也開始邁向獨立。1960年2月，這一地區的人民選舉產生了立法機構。這一立法機構通過的第一項法案就要求英國同意這一地區獨立，以便在原意屬索馬裏結束國際托管、贏得獨立時，能夠與其合並成一個覆蓋整個索馬裏的統一的國家。1960年6月26日，在受英國控製73年後，位於索馬裏西北部原英屬索馬裏獲得獨立，成立索馬裏蘭國。有35個國家承認了索馬裏蘭的獨立。1天之後，原意屬索馬裏也宣布獨立。同年7月1日，索馬裏蘭與剛剛獲得獨立的原意屬索馬裏合並，建立了統一的索馬裏，成立了索馬裏民主共和國。1961年，索馬裏通過全國範圍的公決，製定了《憲法》。
與同一時期贏得獨立的其他非洲國家相比較，索馬裏是一個種族和文化都更為統一的國家。其人口的絕大多數為索馬裏族，講索馬裏語(盡管有多種方言)，信伊斯蘭教(主要是遜尼派)。然而，統一後的索馬裏在許多方麵沒有得到很好的整合。英國和意大利的殖民統治，在原英屬索馬裏和原意屬索馬裏這南、北兩個地區形成了不同行政、司法和教育體係。中央政府主要控製在南方手中。1961年12月，因拒絕接受來自南方的、在殖民時期受意大利訓練的高級軍官的指揮，一些曾在殖民時期受英國訓練的北方低級軍官起而反叛。反叛人員後被逮捕，但南、北方之間的分歧並未彌合。
此後，索馬裏的政局不時陷於不穩。1969年10月，當時的索馬裏總統遭暗殺，軍隊在巴雷(Barre)少將的率領下接管了中央政權。經過20多年的統治，巴雷政府逐步失去了對索馬裏許多地區的控製。到1990年12月，各武裝團夥之間的衝突開始蔓延到首都摩加迪沙。次年1月，巴雷及其領導的武裝力量被迫退出了摩加迪沙(巴雷於1992年在流亡中死於尼日利亞)。索馬裏從此陷於內亂。各個武裝團夥分別控製一些地區，並相互交戰，但沒有一個團夥能夠控製整個國家。
近年來，一些軍事力量較強的索馬裏武裝派係呈現出一定的宗教極端主義色彩，甚至恐怖主義色彩。自20世紀90年代中期起，在索馬裏一些地區出現了名為伊斯蘭法院的機構。它們在一定程度上以地方政府名義行事。這些伊斯蘭法院受到一個與基地組織有聯係、名為伊斯蘭聯盟的極端主義組織的武力支持。2003年，在伊斯蘭聯盟領導人的主持下，各伊斯蘭法院組成了伊斯蘭法院聯盟。到2006年，伊斯蘭法院聯盟成為索馬裏占支配地位的武裝力量。2007年8月，與基地組織有關聯的索馬裏青年黨異軍突起，成為索馬裏實力最強的武裝團夥和主要的安全威脅。2008年9月16日以來，青年黨甚至威脅要襲擊進入摩加迪沙國際機場的所有航班，隨後用迫擊炮攻擊了機場的飛機。