在聯合國框架內的各機構中，成立於1995年4月的聯合國索馬裏政治處(設在肯尼亞首都內羅畢)無疑與應對索馬裏海盜問題有著密切的職能關係。2008年12月10-11日，該政治處在內羅畢和肯尼亞政府聯合主辦了索馬裏海盜問題高級別國際會議。來自60多個國家和國際組織的140多名代表出席了會議。與會代表表示，將彼此合作，並與區域組織及國際組織合作，打擊海上的海盜行為，同時鏟除海盜行為的陸上根源。會議在公報中指出，“加強並擴大(索馬裏)過渡聯邦機構、迅速改善陸上安全狀況，對減少索馬裏沿海海盜活動來說是至關重要的。”出席會議的索馬裏過渡聯邦政府、索馬裏武裝派別再次解放聯盟和索馬裏邦特蘭政府和索馬裏蘭政府的官員都表示願意在近期內成立一個工作組，以審查索馬裏如何與國際社會合作，杜絕其沿海海盜和海上武裝搶劫活動。中國代表團團長在會上發言時表示，中國願意在國際法和安理會決議框架下積極參與打擊海盜的國際合作，同時就打擊海盜的國際合作問題提出5點主張，包括加強聯合國的協調作用，嚴格遵守國際法和安理會有關決議，加大對索馬裏自身能力建設的援助，加強區域合作，重視保護海員生命安全等。
在聯合國框架內另一個與應對索馬裏海盜問題有著密切職能關係的機構是索馬裏沿海海盜問題聯絡小組。這一小組是根據聯合國安理會第1851號決議成立的。小組於2009年1月14日在美國紐約舉行了第一次會議。45個國家和7個政府間組織參加了會議。此後，聯絡小組每隔數月在紐約開會。截止到2010年6月，索馬裏沿海海盜問題聯絡小組共舉行了6次全體會議。
索馬裏沿海海盜問題聯絡小組工作的一項實績是設立了支持各國打擊索馬裏沿海海盜行動信托基金。設立這一基金的目的是協助支付起訴海盜嫌犯所需的費用。截止到2010年6月，基金董事會共核準了7個項目，項目資金共計240多萬美元。其中6個項目用於幫助加強塞舌爾和肯尼亞以及索馬裏邦特蘭和索馬裏蘭的司法體製和監獄管理機構。
聯絡小組下設4個工作組，分別負責審議以下領域:軍事及行動協調、信息交流以及成立區域協調中心(由英國牽頭，國際海事組織協助);海盜活動所涉司法問題，包括海盜和海上武裝搶劫嫌犯的拘留及起訴問題(由丹麥牽頭，聯合國毒品和犯罪問題辦公室協助);加強航運界的自我意識及其他能力(由美國牽頭，國際海事組織協助);外交及宣傳(由埃及牽頭)。各個工作組自2009年2月和3月起陸續開始運作。
聯絡小組下設的各工作組的工作也取得了一定的進展。例如，第一工作組於2010年倡議並協助設立了打擊索馬裏海盜行為技術協調機製。這一機製在人員上包括索馬裏過渡聯邦政府、邦特蘭政府以及索馬裏蘭政府這3個政治實體的技術官員。在這一機製的框架下，擬訂了3個政治實體打擊海盜的內部協調以及收集和分享信息的職權。
在聯絡小組下屬的4個工作組中，負責海盜嫌犯司法問題的第二工作組的任務與國際法的關係最為密切。自2009年1月-2010年7月，第二工作組共舉行了5次會議。會議的主旨是鼓勵各國在國內法體係中起訴並監禁索馬裏海盜。會議討論的法律問題包括:適用於海盜的國際法、關於海盜和海上武裝搶劫的各國國內法、各國起訴海盜麵臨的法律和實務的困難、在海上拘捕和羈押海盜嫌犯以及對海盜使用武力的法律機製以及海盜的人權問題等。
第二工作組討論的另一個熱點問題是為審判索馬裏海盜設立新的司法機製。關於是否有必要設立新的司法機製(無論這一機製是國際法庭、國內法庭還是混合法庭)，各國的意見仍有較大的分歧。不過，這沒有妨礙與會各國對新司法機製的相關問題進行初步探討。這一探討所涉及的主要問題包括:尋找新司法機製的東道國;其他國家對東道國的支持，特別是在東道國不是索馬裏的情況下，如何建立有效機製確保嫌犯被判無罪時能夠離開東道國，而不是長期在東道國滯留;建立合作機製，使罪犯被判刑後能離開東道國前往其他國家服刑。為了進一步探討設立新的司法機製的可能性，第二工作組主席於2009年11月前往索馬裏鄰近國家訪問。該地區各國和有關國際組織對設立新司法機製的看法不盡一致。沒有一個國家表示願意成為這一醞釀中的新司法機製的東道國。更多的國家傾向於由國際社會向這一地區各國現有的司法機製提供援助，並安排被這些國家法庭判處刑罰的罪犯前往其他國家服刑，以分攤負擔。