海盜是一項國際犯罪。索馬裏海盜的猖獗自然引起了聯合國毒品和犯罪問題辦公室的重視。為此，這一總部設在奧地利維也納的聯合國機構，在其設在肯尼亞內羅畢的地區辦公室中配備了一名反海盜協調員。在索馬裏沿海海盜問題聯絡小組關於海盜所涉司法問題的第二工作組於2009年8月26-27日在丹麥哥本哈根舉行會議期間，反海盜協調員散發了一份題為“向肯尼亞移交(海盜)指南”，介紹了肯尼亞的相關法律製度，供那些有意將被捕的海盜嫌犯移交給肯尼亞審判的國家參考。在討論起訴海盜的法律依據這一議題時，毒品和犯罪問題辦公室代表表示將收集各國關於起訴海盜的立法樣本，以便其他國家參考。為了開展這項工作，該辦公室還向與會各國代表發放了問題單，請在這一領域有相關經驗的各國提供資料。根據各國就問題單的答複，毒品和犯罪問題辦公室起草並散發了一份報告，說明各國在起訴海盜時麵臨的法律和實務上的困難。報告還分析了相關法律問題，包括將海盜和海上武裝搶劫規定為犯罪、海盜共犯和未遂的刑事責任、證據和程序要求等。
在國際刑法領域，聯合國還有另一個機構，即聯合國區域間犯罪和司法研究所。這一機構的基本職能是協助各國政府、政府間國際組織和非政府組織製定和實施更為完善的預防犯罪和刑事司法政策。該研究所於2009年1月28日在意大利都靈舉辦了一次高級別會議，以發起一項全球打擊海上海盜行為應用研究方案。
在聯合國所屬的各專門機構中，總部設在倫敦、有167個成員國的國際海事組織，其職責範圍無疑與海盜問題最為密切。實際上，在索馬裏海盜成為一個為國際社會嚴重關注的問題之前，國際海事組織就已經在海盜問題上與有關國家合作，做了大量的工作，主要包括:推動區域合作;推動聯合國有關機構，特別是安理會，采取行動;以及有針對性地製定航運安全文件。
在推動區域合作方麵，早在2005年4月，國際海事組織就積極推動，在也門召開了“海盜及持械搶劫船隻與海事安全”的區域性研討會。此後，又分別於2006年1月在阿曼、2008年4月在坦桑尼亞召開了同一主題的研討會。2009年1月26日，在國際海事組織推動下，來自西印度洋、亞丁灣和紅海地區的17個國家的代表在吉布提舉行會議。會議製定了《吉布提行動準則》，以應對索馬裏海盜在這一海域的猖獗活動。到2009年1月末，已有9個國家成為該《行動準則》的締約國，即吉布提、埃塞俄比亞、肯尼亞、坦桑尼亞、馬達加斯加、馬爾代夫、塞舌爾、也門和索馬裏。締約國在《行動準則》中表達了在國際法的框架內全麵合作打擊海盜的意願，承諾分享信息、攔截可能從事海盜活動的可疑船隻、逮捕並起訴海盜嫌犯、照料、醫治並遣返海盜襲擊的受害者。為了協助實施《吉布提行動準則》，國際海事組織還與國際刑警組織等合作為各締約國的工作人員提供了一係列的培訓，並為實施行動提供經費，包括設立《吉布提行動準則》信托基金。截止到2010年10月，該基金共有1380萬美元，主要用於資助分別設在坦桑尼亞達累斯薩拉姆、肯尼亞蒙巴薩和也門薩那的3個反海盜信息交換中心以及設在吉布提的地區培訓中心。
為了推動聯合國其他機構特別是安理會關注索馬裏海盜問題並采取相應的行動，國際海事組織做了大量工作。國際海事組織通過的關於索馬裏海盜問題的第一項決議可以追溯到2005年。在這一年的11月23日，國際海事組織大會通過了第A979(24)號決議，呼籲各國政府采取行動打擊和防範索馬裏海盜活動，同時，要求國際海事組織秘書長將這一決議遞交聯合國秘書長，以便能夠引起聯合國安理會的關注，並為此采取適當行動。2007年6月，國際海事組織請求索馬裏過渡聯邦政府同意外國海軍進入索馬裏領海保護過往商船免受海盜襲擊。2007年7月5日和2007年9月18日，國際海事組織秘書長兩次就索馬裏沿海海盜問題致函聯合國秘書長，2007年7月10日，國際海事組織和世界糧食計劃署發表聯合聲明，表示海盜不僅威脅了船上人員的生命安全，而且影響了對數十萬索馬裏人的援助。2007年7月，國際海事組織秘書長向聯合國秘書長當麵介紹了索馬裏海盜活動及其危害。國際海事組織大會也於2007年11月29日再次通過決議(第A。1002(25)號決議)，強烈敦促各國政府在國際法框架內加強努力，防止和製止海盜和武裝劫船行為。