對海盜嫌犯實施審判是國際社會應對索馬裏海盜的重要環節。聯合國安理會於2008年6月2日的通過關於索馬裏海盜問題的第1816號決議，“籲請所有國家，特別是船旗國、港口國和沿岸國、海盜和武裝搶劫行為受害者和施行者的國籍國以及國際法和國內立法規定擁有相關管轄權的國家，按照適用的國際法，包括國際人權法，合作確定管轄範圍，並調查和起訴對索馬裏沿岸海盜和武裝搶劫行為負有責任的人，此外提供各種協助，包括針對其所管轄和控製的人員，如被害人和證人以及在根據本決議開展行動過程中扣留的人員，提供處置和後勤方麵的協助”。
各國司法機關對索馬裏海盜的審判工作取得了一定的進展。根據聯合國秘書長2010年7月26日向安理會提交的報告，有10個國家的司法機關已經對索馬裏海盜實施了審判，包括肯尼亞、塞舌爾、索馬裏(主要在索馬裏蘭和邦特蘭地區)、馬爾代夫、也門、荷蘭、美國、法國、西班牙和德國。
其中索馬裏及其鄰近國家審判的海盜嫌犯，有的是外國海軍抓獲後移交給這些國家的，有的是這些國家自己的執法機關或軍隊抓獲的。具體而言，肯尼亞司法機關起訴的123名索馬裏海盜嫌犯全部是外國海軍抓獲後移交給肯尼亞的;塞舌爾司法機關起訴的31名海盜嫌犯中有11名是外國海軍抓獲後移交給塞舌爾的，另有20名是塞舌爾的武裝力量抓獲的;索馬裏的索馬裏蘭司法機關起訴的100名海盜嫌犯中有20名是外國海軍抓獲後移交給索馬裏蘭的，另有80名是索馬裏蘭自己的武裝力量抓獲的;索馬裏的邦特蘭司法機關起訴的208名海盜嫌犯中有60名是外國海軍抓獲後移交給邦特蘭的，其餘148名是邦特蘭自己的武裝力量抓獲的。也門司法機關起訴的約60名索馬裏海盜嫌犯的來源尚不清楚。
2006年以來，針對上述123名嫌犯，肯尼亞共提起了14項刑事訴訟。其中兩項訴訟已經結束。10名由美國移交給肯尼亞的海盜均被判處7年監禁。8名由英國移交的海盜均被判處20年監禁。在塞舌爾，自2010年1月起，共對索馬裏海盜嫌犯提起了3起刑事訴訟。其中1起針對的是歐盟移交給塞舌爾的嫌犯，另兩起針對的是塞舌爾武裝力量抓獲的索馬裏海盜嫌犯。在聯合國安理會2010年8月25日舉行的第6374次會議上，塞舌爾代表通知安理會，其最高法院已於2010年7月26日判處11名索馬裏海盜各10年監禁。另有報道，也門一家法院於2010年5月18日宣判6名索馬裏人犯有海上搶劫罪，判處死刑，另有6名索馬裏海盜被判入獄10年。