2009年4月，美國海軍成功解救了被劫持的美國籍貨輪瑪爾斯克·阿拉巴馬號的船長，逮捕了參與劫持的索馬裏海盜阿布杜瓦利·阿布杜卡迪爾·穆塞，並將他押至美國。美國紐約南區聯邦大陪審團立即對穆塞提出起訴。起訴書共對穆塞提出了10項起訴，包括於2009年4月8-12日與同夥一起犯下了國際法上的海盜罪;企圖劫持懸掛美國國旗的瑪爾斯克·阿拉巴馬號，當時該船正在各國領海以外的海域航行。這是一個多世紀以來，在美國領土上受到審判的第一名海盜。在法庭上，美國方麵安排了有一名通曉索馬裏語的翻譯為穆塞服務。審判初期，穆塞的年齡成為一個有爭議的問題。穆塞的母親(以在索馬裏中部一個小集市上出售牛奶為生)曾向英國廣播公司(BBC)表示，她的孩子隻有16歲，並且，穆塞被團夥中那些年齡比他大的人洗腦了，是被犯罪團夥騙入海盜這一行的。而開庭後，法官宣布將穆塞作為成年人受審。穆塞的律師立即聲稱穆塞隻有15歲，這使得審判一時陷於混亂。但檢察官表示，穆塞曾承認他已經18歲了。法庭設法與穆塞在索馬裏的父親取得了聯係，穆塞的父親表示，穆塞是他12個孩子中的老大，而他的第四個孩子也已經20歲了。據此，法官駁回了律師的意見。2010年1月，美國檢察官對穆塞提出了新的指控，稱他在2009年3月和4月曾分別參與劫持另外兩艘船隻，其中一艘船的船員在2010年1月時仍被扣作人質;而2009年4月被劫持的另一艘船隻後來用於襲擊美國籍貨輪。檢察官還指控，穆塞在劫持其中一艘船隻的過程中，用簡易爆炸裝置威脅了船員。但穆塞向法庭堅稱無罪。
2010年4月1日在塞舌爾以西印度洋海麵攻擊美國尼古拉斯號驅逐艦的5名海盜嫌犯和2010年4月10日在印度洋海域攻擊美國阿什蘭號船塢式登陸艦的6名海盜於2010年4月23日被押至美國弗吉尼亞州諾福克市的一家法庭受審(諾福克是美國本土重要的海軍基地)。美國檢察官指控他們犯有海盜罪，但他們均聲稱無罪。他們的律師表示，這些索馬裏人既未控製美國軍艦，也沒有登臨美國軍艦，甚至沒有從美國軍艦上劫走任何有價值的物品，因此，他們的海盜罪名不能成立。律師還提出，諾福克不是審判這些海盜嫌犯的合適地點，因為法庭距遇襲的美國軍艦尼古拉斯號和阿什蘭號的母港隻有20英裏。2010年8月17日，主審此案的一名聯邦法官宣布駁回檢察官對襲擊阿什蘭號船塢式登陸艦的6名嫌犯的海盜罪指控，表示檢察官未能表明這6人違反了美國關於懲治海盜的法律。不過法官同意繼續審理對這6名嫌犯提出的其他指控，包括“為搶劫船隻而發動襲擊”等。
2009年10月2日，西班牙漁輪阿拉卡拉那(Alakrana)號在索馬裏海域被劫持。這艘長達100米的漁輪有36名船員(包括16名西班牙公民)。次日，兩名參與劫持的索馬裏海盜在乘小艇離開阿拉卡拉那號上岸過程中，被西班牙海軍特種兵發現並逮捕。他們被押至西班牙法庭過堂，被指控犯有36項綁架罪和暴力襲擊罪。西班牙司法機關以案件受害人包括西班牙公民作為對此案行使管轄權的依據。這兩名海盜聲稱無罪，並聲稱他們本人也是被海盜劫持的。劫持該漁輪的索馬裏海盜一度威脅要殺死漁輪上的船員，以要挾西班牙釋放這兩名被捕的海盜。2009年11月17日，海盜釋放了阿拉卡拉那號及所有36名船員，並聲稱他們已順利地獲得了320萬美元的贖金，而西班牙政府拒絕對此作出評論。(此後，西班牙文藝界以此為背景拍攝了電影《阿拉卡拉那號》)。在最後一組海盜乘兩艘小艇離開阿拉卡拉那號後，西班牙海軍直升機曾試圖逮捕這兩艘小艇上的海盜，但由於當時阿拉卡拉那號離索馬裏海岸僅三四公裏，海盜們很快上岸，逃之夭夭了。
2010年4月5日劫持德國籍貨輪大班(Taipan)號未遂的10名索馬裏海盜嫌犯於同年11月起在德國漢堡法院受審。這是德國400年來第一次審判海盜嫌犯。漢堡檢察官的發言人表示，如果罪名成立，這10名海盜中的7名成年人將麵臨15年牢獄，而其中3名未成年人也將麵臨10年以下的牢獄。