更多的商船采取的是非致命的安保措施。除上述在瑪爾斯克·阿拉巴馬號裝備的會損害人耳的聲音武器外，還有其他一些被實踐證明為有一定效果的裝置。例如，2009年1月2日，在荷屬安的列斯群島注冊的貨輪沙曼尤魯號在亞丁灣海域遭海盜襲擊，船員發射了火焰裝置，使海盜小艇起火燃燒。小艇上的5名海盜嫌犯跳海逃生，被趕來救援的丹麥軍艦阿布薩隆號上的直升機搭救後被捕。一些行業組織也建議采取武裝警衛以外的其他措施來加強民用船舶的安保。例如，英國海事貿易組織建議商船在船體四周裝置帶刺鐵絲網，裝備消防水喉以對付海盜，並建議商船在遇襲時按“之”字形路線航行，用由此產生的波浪傾覆海盜小艇。
不過，從總體上看，船運公司為應對索馬裏海盜而采取額外安保措施的情況並不普遍。其中一個原因是，航運公司仍視海盜襲擊為“小概率”事件，不願意為防範海盜襲擊支付可觀的額外費用。一些安保措施的費用極為高昂。例如，據《簡氏防務》周刊報道，一個由退役軍人組成的3人安保小組每天的費用高達2。1萬美元。而單純從統計數字上看，遭海盜襲擊屬“小概率”事件的說法不是沒有根據的。即使是在索馬裏海盜猖獗的2008年，被劫持的商船總數約40艘，占當年通過這一海域2萬餘艘商船總數的不到0。5%。專事海事安保的美國彼斯特裏斯(Pistris)公司負責人曾對《簡氏防務》周刊說:“航運業不願為真正的安保支付費用。當他們按襲擊事件數量和這一海域的過境數量的比例來評估時，從經濟角度講，‘碰運氣’比增加開支要好。”上述美國黑水公司原來預計下屬的麥克阿瑟號武裝護衛船將在2009年3月開始向航運公司提供護航服務。但是，盡管有一些航運公司與黑水公司接觸，但最終沒有船運公司決定使用這項服務，原因也是費用過於高昂。2010年1月，黑水公司不得不放棄了這項業務，宣布出售麥克阿瑟號。
鑒於商船自衛措施的複雜性和潛在的嚴重後果，一些國際組織和國家政府加強了這一領域的指導工作。例如，2009年9月10日，美國、英國、日本、新加坡和塞浦路斯在紐約聯合國總部簽署了《紐約宣言》，建議了若幹避免、阻止和延遲海盜襲擊的最佳管理措施。《紐約宣言》的簽字國認為，所有船舶在加強自我保護、減少海盜襲擊風險方麵都能發揮重要作用，但船東在采取自我保護措施時應遵守《國際船舶和港口設施保安規則》(InternationalShipandPortFacilitySecurityCode)。《國際船舶和港口設施保安規則》是基於1974年《海上人命安全公約》製定。由國際海事組織於2002年12月通過。從通過的時間上可以看出，這一規則針對的並非是索馬裏海盜，而是2001年發生在美國的“9·11”恐怖襲擊事件對船舶和港口設施帶來的威脅。規則內容之一就是要求航運公司製定《船舶保安計劃》，並為公司所屬每條船指派一名船舶保安員。這裏的《船舶保安計劃》是指旨在保護船上人員、貨物、船舶物料或船舶免受保安事件威脅的製定的計劃。而船舶保安員是由公司指定的承擔船舶保安責任的船上工作人員，他對船長負責，責任包括實施和維護《船舶保安計劃》以及與公司保安員和港口保安員保持聯絡。值得注意的是，這項規則並沒有要求船運公司為所屬船舶配備持有武器的船舶保安員。
為了指導商船的安保措施，美國海岸警衛隊於2009年6月18日發布了《309號港口安全指導:高危水域美國籍商船自衛或防衛其他船隻指南》。文件規定，在自衛或防衛其他船隻時，美國商船上的船員和安保人員可以使用一切合理和必要的手段，包括使用致命武器。但是，隻有在有理由相信對方會立即給己方造成生命危險或重傷時，才能使用致命武器。同年7月24日，美國海岸警衛隊又發布了《509號港口安全指導(修訂本之一):在高危水域使用安保服務最低指南》，規定，根據經批準的“船舶安保計劃”聘用的安保人員可以在高危水域航行的船上工作，並使用武力自衛或防衛他人。安保人員必須持有美國簽發的執照，接受過武器的安全和使用方麵的訓練，並且在符合所有經停港口的相關規定的情況下，才能持有致命武器。另外，美國國家安全委員會2008年12月發布的《應對非洲之角的海盜:夥伴和行動計劃》認為，在適當的情況下，經過適當挑選和認證的武裝安全人員可以作為防範索馬裏海盜襲擊的有效手段，但他們的活動必須遵守有關沿岸國、港口國和船旗國的法律。這項文件還提出了若幹項措施供過往商船采取，包括:加快航行速度;無法靠航速來擺脫海盜的船舶應變更航線，並選擇在夜間通過高危海域;改變船體結構，以便在海盜登船後防止或延遲海盜對船舶的控製，如為船員建造安全區;鼓勵船舶使用電網、水喉等非致命手段;鼓勵在船上部署非武裝的安全顧問，為船舶提供安全服務，包括提供情報、訓練、使用非致命手段和夜視設施等。