20世紀初發端的中國國學研究，與日本的關係至為密切。梁啟超作為國學研究的重要肇始者，其學術生涯與國學研究的前半期相始終，在許多方麵不能不與日本發生聯係和影響。不過，仔細考察，與這一時期中日兩國學術界交往繁密的情形相比，梁啟超與日本中國學研究者的關係可以說相當疏離，而且前後更顯示出由合而分的過程趨勢，以至當其生命終結之時，日本東西兩京的中國學界幾乎毫無反應。由此不僅可以探討梁啟超學術中外來成分的淵源，更能進而驗證其利弊得失。因為對於他的學術貢獻與局限，見仁見智，其在世之日即分別甚大，身後評價更加判若雲泥。此案於理解近代中國學術發展至關重要，梳理清楚，適以鑒今人而昭來者。
梁啟超的學術研究，嚴格說來是從流亡日本後才正式發端，且一開始就與國學結緣。其生平一般大別為戊戌、辛亥、民初、晚年四期，始終搖擺於政治與學術之間，而各有側重。距政治越遠，即與學術越近。其政治活動又分為政論與政務，政務越多，則學術越少；反之，純粹政論時，學術比重相應上升。原因很簡單，雖然梁啟超批評中國傳統思想“好依傍”的舊習，由經史中尋求經世之道，畢竟是那時人們的立論基礎，例外則為無根。萬木草堂時期，梁啟超已開始聽康有為與陳千秋等人論學，但程度尚淺，“有聽受，無問難”。掌教時務學堂之際，思想鼓動大於學術研討，“其論學術，則自荀卿以下漢唐宋明清學者，掊擊無完膚”，幾乎是康有為萬木草堂言論的翻版。眾門生事跡顯著者，多在從政一麵。至於論學，則後來成名的楊樹達雖然師事甚謹，所宗反而傾向與之對立的葉德輝。戊戌變法失敗，梁啟超被迫離開權力中樞，避禍東瀛，主持政論之外，便欲開始深入一步的學術研究。
1902年夏秋間，梁啟超致函黃遵憲，提出創辦《國學報》，由他本人和黃遵憲、馬鳴三人分任其事，其意在於“養成國民，當以保國粹為主義，取舊學磨洗而光大之”。黃遵憲雖然稱讚“至哉斯言。恃此足以立國矣”，但表示兩點異議：其一，“《國學報》綱目體大思精，誠非率爾遽能操觚”，建議先作一國學史；其二，認為“中國舊習，病在尊大，病在固蔽，非病在不能保守也”，主張先“大開門戶，容納新學”，待數年後新學盛行，再倡國學。此事議而未成，卻是近代國學概念的重要肇始。
梁啟超擬辦《國學報》，動因之一，當為針對康有為的保教尊孔主張。戊戌後，師徒二人一度政見分歧明顯。1902年初，梁發表《保教非所以尊孔論》，與康的宗旨公開衝突。其欲磨洗光大舊學，顯然有從經史正途中尋找不尊孔的依據之意。在梁啟超看來，中國學界最光明的時代莫過於戰國，原因在於思想自由，“孔子之所以為孔子，正以其思想之自由也”。保教尊孔，則精神相反。在答複康有為的指責時，他接受了黃遵憲暫不宣傳舊學的意見，以鼓吹新學說改變國人思想為救國急務，但仍堅持連黃遵憲也不以為然的批孔。動因之二，欲以保國粹養成國民，則是受日本國粹主義思潮的影響，且引日本為依據。1902年3月，梁啟超在《新民叢報》第3號發表《論中國學術思想變遷之大勢》，開卷即揭出由學術思想求一國之精神的主旨，並特意對青年聲言：“自今以往二十年中，吾不患外國學術思想之不輸入，吾惟患本國學術思想之不發明……不然，脫崇拜古人之奴隸性，而複生出一種崇拜外人、蔑視本族之奴隸性，吾懼其得不償失也。”所以黃遵憲婉轉反駁道：“持中國與日本較，規模稍有不同，日本無日本學，中古之慕隋唐，舉國趨而東；近世之拜歐美，舉國又趨而西。當其東奔西逐，神影並馳，如醉如夢，及立足稍穩，乃自覺身在亡何有之鄉，於是乎國粹之說起。”後來梁啟超致函康有為時引申其意，稱日本明治初年亦以破壞為事，“至近年然後保存國粹之議起。國粹說在今日固大善，然使二十年前而昌之，則民智終不可得而開而已”。此外，喜好佛學的梁啟超曾與日本僧人討論過佛教救國之事。這一段反複，為第一次世界大戰後歐遊歸來轉向東方主義埋下伏線，表明他雖然趨時擅變，畢竟有一以貫之的思想根源。