梁啟超在日本中國學研究領域的出色表演隻是曇花一現，其注意力很快轉向政論與政務，民國以後，更長期從政，直到1917年退出政壇。而且此後雖聲言專注於學術文化，畢竟不能不時時分心於腐惡不堪的政治。但10年之間，他挾昔日文筆風行海內的餘威，寫作出版了大量學術著作，又擔任清華國學研究院導師，成為享盛名於時的“大師”級學者。
在此期間，日本東西兩京學派並立之勢早已形成，人才輩出，著述不斷，尤其是京都的中國學研究，在中國學者如王國維、陳垣、胡適、陳寅恪等人看來，成為巴黎之外國際漢學界的又一中心。由於內藤虎次郎、狩野直喜等人倡導按照中國當代學者同樣的觀念方法治中國學，京都學派與中國新舊各派學者的聯係交往十分廣泛，尤其看重舊學功底深厚，又能把握近代新法，創獲極多的王國維。而較早關注近代日本中國研究的梁啟超，在治學領域相互接近的情況下，與日本學者的關係反倒呈現日益疏離之勢。
胡適在梁啟超逝世後為其撰寫挽聯時於日記中記述緣由，有一段蓋棺論定的評語：“任公才高而不得有統係的訓練，好學而不得良師益友，入世太早，成名太速，自任太多，故他的影響甚大而自身的成就甚微。”以至一生的著作沒有一篇一書最可傳世不朽。勉強舉出的新民說，又並非學術著作。若僅就學術貢獻立論，這一評價不算苛刻。盡管胡適本人後來也不免重蹈覆轍。
民國時期海內外的中國研究，受歐美科學主義以及巴黎學派漢學的影響，重視專精的考據（至少須以此為基礎），鄙夷空泛而弘廓的綜合。這恰好是梁啟超的短處。他治學論世，大抵靠聰明悟性。其師承以中國學術大道而論，可謂偏而不正。少年時曾在學海堂學習訓詁辭章，這裏雖然是江南學術正宗的別所，影響了晚清嶺南乃至京師的學風，但到梁啟超入學時已經開始顯出由盛而衰之勢，學生中足以名家者幾無一人，所謂“東塾弟子遍粵中，各得一體，無甚傑出者”。而且兩年後梁即退出學海堂，改從康有為問學，更加受到語多妖妄的今文經學影響。
曆來今文學流風所被，即多文士而少學者，包括魏源等人的邊疆史地著作，也都不入正道。盡管流亡日本後梁啟超對康有為的偽經改製之說已漸生疑而絕口不談，但長期鼓動輿論還是令其善於言論的文學與思想特性過度發揮，而治學所必需的嚴謹與周密相應減少。政壇抽身後，他仍以辦報的風格治學，號博約而實粗疏，往往憑記憶著述，下筆千言，雖然不至於鑿空逞臆，離題萬裏，卻難免漏洞百出。“晚年講學，尤好揣摩風氣，儒墨漢宋，佛老科玄，時時改易。前之以識見文字轉移一代風氣者，卒乃行文之末，亦隨人為轉移。”以至人們“悼惜梁氏，益歎先哲學必立本之義為不可易也”。其無精深研究而欲多產，常將前人成果與本人發明相混淆，名為著述，實則抄撮。這不能不引起學風精細而且極重發明權的日本學者的反感和批評。
梁啟超的著作，較早譯成日文的有《清代學術概論》和《中國曆史研究法》，一在其生前，一在身後。此外，其字數以千萬計的著述極少得到日本學術界的正麵反應。而可以查到的有數回響又多為嚴厲的批評。1921年《清代學術概論》出版，雖然次年即分別由渡邊秀方、橋川時雄譯成日文，發行之際傳媒頗加讚譽，但日本學術界實際上反應平平，極其重視清代學術的京都學派在相關著述中甚少引及此書。據吉川幸次郎稱，20世紀20年代求學於京都大學時，也很少聽先生們在講課中提到梁啟超。個中玄機或許可從中國學者差異懸殊的評價裏領略一二。提過修改意見的胡適認為甚好，是隻有梁才能作的“聰明的著述”。傅斯年則認為“太糟，就是梁氏太無學問，隻以滑頭的手段去作著述家，要知人外有人，人人不盡可欺的”。胡樸安總結《民國十二年國學之趨勢》，也針對此書，“首先不承認梁啟超在學術界上有相當之位置”，隻是“言辨記博”，“利用各種學說，以為獵取功名之具”。