護國戰爭前後，梁啟超的對日態度確有一百八十度逆轉，是否影響及於學術見解，有待詳究。而桑原騭藏的批評顯然對梁啟超產生了衝擊作用，後來再版《中國曆史研究法》時，即刪除了對日本學術界的偏頗指摘。1922年9月他作《大乘起信論考證》，從《宗粹》、《佛書研究》、《宗教界》、《佛教學》、《哲學雜誌》等刊物及專書上“搜而遍讀”鬆本文三郎、望月信亨、村上專精、常盤大定、羽溪了諦等人的著述，凡數十萬言，並以這一佛學界的空前大發明“乃讓諸彼都人士，是知治學須方法，不然則熟視無睹”。還由此“一段公案，未嚐不驚歎彼都學者用力之勤，而深覺此種方法若能應用之以整理《全藏》，則其中可以新發見之殖民地蓋不知凡幾”。
梁啟超治佛學，多本日文《八宗綱要》、《佛宗綱領》等書，而罕有注出。有人說他絕不征引日本學者的著作，“看不起是一種原因，讀不懂恐怕是更重要的原因”。這次雖然自稱開始隻想輯譯日本學者的成說介紹於中國學界，既而參考各書，往往別有發明，才重行組織，不異新構，仍未一一標明出處。但能於序言中詳細說明所本，在梁啟超已是異例。梁氏私人藏書中有日文書300餘部，其中關於佛教者三分居一。
1923年4月，他應《清華周刊》之請，憑記憶開列《國學入門書要目》並略述其讀法，於“政治史及其他文獻學書類”一欄中也特意列出稻葉岩吉的《清朝全史》，認為尚可讀。揣度其意，當是間接回應桑原騭藏的批評，既有所改正，又借以辯解。不過，與20年前相較，梁啟超對日本學術界的認識的確大為退步，尤其與後者日新月異的發展以及同時代中國學者的了解程度相比，反差更為明顯。稻葉岩吉的著作初版於1914年，此後日本中國學界佳作迭出，早已不是這部10年前的舊著所能代表。
田中萃一郎、桑原騭藏等人的批評似乎為日本學術界的梁啟超學術觀定下基調，後來人看其著述，往往有正誤糾謬的先入之見。1927年清華國學研究院編輯的《國學論叢》發刊，倉石武四郎在《支那學》第4卷第3號（1927年10月）予以評介。在日本學者看來，當時北京的國學研究有三個中心，即北大、師大和清華。創刊於1924年的《清華學報》上發表過不少重要的研究報告，引起重視。1925年開辦清華國學研究院，聘請王國維、梁啟超等知名學者為導師，更加受到國內外學術界的廣泛關注。《國學論叢》為該院正式刊物，由梁啟超主編，自然為域外同好所矚目。創刊號所載，主要是畢業生（其中多為梁啟超的弟子）的精選論文和王國維、梁啟超兩位導師的文章。倉石武四郎對陸侃如、吳其昌、衛聚賢、陳守實、謝國楨等學生的論文評價甚高，認為搜材取舍綿密精富，且有分析結論，西式漢學研究風格明顯。卻唯獨對卷首梁先生的《王陽明知行合一之教》頗有微詞，懷疑梁以通俗演講聊以應付，聲稱僅此一點總覺得應當加以整頓才是。1938年小長穀達吉將《中國曆史研究法》譯成日文，於序言中雖然稱梁啟超作為政治家和學者在近代中國都是第一流，仍指出此書對日本和歐美東洋研究的意見陳舊而偏頗，特別是完全不提日本的東洋學及其學者的貢獻。