肯尼迪知道他缺乏足夠的票數以通過他的任何一項徹底改革的計劃，因此無法在參眾兩院使多數黨得以貫徹他的意誌。於是，他拒絕把立法工作交給立法部門單獨去搞，因而使得他們之間的衝突變得更加不可避免了。他詳細製訂出自己的立法計劃，並鼓勵公眾和個人為他的立法計劃施加壓力；他否決掉他不喜歡的一些次要的法案，扣住他認為不需要的撥款，不理睬他認為違反憲法的那些限製性修正案，並且為通不過的法案臨時采取行政行動。無論遇到多少挫折，他都沒有打退堂鼓。當一項混合法案失敗後，他就設法使每一部分分別通過。如果各個部分通不過，他就采用混合法案的形式另辟渠道。在他的不斷努力下，通過了許多新立法，這其中包括一項互惠貿易條約，支持高等教育，醫療照顧法案，削減稅收以刺激經濟發展等等，使得國家順利度過了經濟衰退時期。
隨著經濟的迅速發展，物價通常也會出現上漲。由於肯尼迪增加國防、空間開發和反衰退等項的開支，造成了足以引起通貨膨脹的那種龐大的預算赤字，因此，他麵臨著一場世界性的對美元地位的威脅和經濟上的長期蕭條，而這種情況在當時是沒有應對先例的。肯尼迪認識到，對於物價不斷上漲這個令人非常困惑的問題，已經到了必須予以正視的時候了。作為總統，他運用自己職務上的威信和輿論的力量，對勞資雙方所作的決定施加了壓力，他頒布了一係列經濟方針，使得他們隻能在這些方針所允許的範圍內製訂價格和集體議價。他認為，他的職責應是一個“全國利益的積極維護者，而不是充當互相衝突的私人利益的消極的中間人”。
肯尼迪上任之前，美國的國民經濟增長率不到3%，而在他就任後的幾年時間裏，美國經曆了這個國家現代曆史中時間最長、勢頭最猛的經濟發展。這期間，商品和勞務供應的增長超出了先前的八年，到1963年年底，國民生產總值達到了創紀錄的1000億美元，增長率為16%，為275萬多人提供了就業機會，同時勞動收入也有了創紀錄的增長；製造業生產設備閑置的數裏減少了一半；7000萬人就業的大關也第一次突破了；戰後循環性經濟衰退的趨勢被打破了；1963年“預期會出現的”經濟衰退給跳過了，所有表明經濟狀況的指標幾乎都達到了創紀錄的水平。在肯尼迪的治理下，美國經濟正逐漸繁榮起來，而這些要歸功於他對內的經濟政策。
亦張亦弛，在冷戰中解爭端
20世紀60年代，是全球冷戰時代最緊張的時期，東西方兩大陣營隨時可能爆發一場新的世界大戰。正是在這一關鍵時刻，肯尼迪以過人的膽識，有效地解決了一觸即發的核危機。
肯尼迪就任總統以後，在對蘇政策方麵，全麵繼承了杜魯門政府開始的冷戰格局，也接受了艾森豪威爾的以實力求和平的主導思想，但他提出了“靈活反應戰略”，以取代前任的“大規模報複戰略”，開始改造美國的軍事力量，使之多樣化，特別致力於強化美國的常規作戰能力，以便能夠根據美蘇對抗的程度作出不同的反應。同時，肯尼迪從他的美國在彈道導彈方麵落後於蘇聯的判斷出發，大幅度增加核彈頭遠程導彈的生產量，從而導致兩個超級大國之間軍備競賽的不斷升級。
1961年6月，肯尼迪與蘇聯部長會議主席赫魯曉夫在維也納就柏林問題進行了一次會談。這次會談的結果，不僅未能解決有關問題，反而引發了一場“柏林危機”。會談中，赫魯曉夫向肯尼迪施加壓力，要求西方國家結束對西柏林的占領權和通行權，肯尼迪拒不讓步。赫魯曉夫表示他一定要在年底以前解決柏林問題，如果美國願意為此打一仗，他也將奉陪到底，結果會談雙方不歡而散。
肯尼迪返回國後，立即采取了一係列強硬的措施，擺出要與蘇聯開戰的姿勢。他於7月間要求國會批準征召15萬預備役軍人入伍，並且進一步擴大已經是空前規模的國防預算，還宣布開始修建抵禦核戰爭的放射性塵埃的掩蔽所。同時，他又表示應繼續進行正式或非正式的會議來解決柏林問題。最後，赫魯曉夫軟化了他在柏林問題上的強硬立場，導致民主德國於8月間在東柏林與西柏林之間築起了一道鐵絲網和混凝土築成的“柏林牆”，以阻止成千上萬的東德人逃亡到西柏林。