對於中國古代的統治者來講，殺知識分子，是一個技術活兒，你不能蠻幹，不能像秦始皇焚書坑儒那樣愣殺，這會遭到後世的口誅筆伐，留下千古罵名。別人問你為什麼殺孔融呀？你說這個人成天在我耳邊婆婆媽媽、唧唧歪歪，成天跟我唱反調、說我壞話，我實在受不了，我就把他給殺了，別人就要罵你是暴君，就要罵你專製獨裁。這樣就算殺了孔融，也要被濺一身血，劃不來。
所以曹操為了殺死孔融，可以說是用心良苦，他想了兩個辦法。
第一個辦法，為自己製造不在場證明。
公元208年七月，曹操率領大軍南下，說我去打南方的劉備和孫權了，那麼後麵的事情都交給你們來處理了，跟我沒關係，我走了。到了下一個月，也就是八月份，才有人舉報孔融的一係列罪名，然後走司法程序，把孔融給殺了，滿門抄斬。曹操就是想以這樣一個障眼法來掩天下人的耳目，表示孔融死的時候我正在前線打仗，這事兒跟我沒什麼關係。
第二個辦法，用不孝罪殺死孔融。
曹操不但要從肉體上消滅孔融，還打算從精神上摧毀孔融。曹操要想殺孔融，有很多莫須有的罪名，比如心懷篡逆、誹謗朝廷、不修邊幅、違反朝儀等等。但是曹操還精心構造了一個罪名，就是不孝罪。理由是孔融曾經發表過一個大逆不道的觀點：“父母對於子女沒有什麼恩情可言。首先父親對於子女就沒有恩情，大家覺得這父親生下子女難道是為了愛護他嗎？不是，而是父親當時性欲發泄的一個副產品而已；母親對於子女也沒有恩情可言，你別看母親十月懷胎那麼辛苦，也沒有恩情。這就好像是從瓶子裏麵往外倒一個東西一樣，你說這瓶子對於倒出來的東西有什麼恩情可言嗎？也沒有。所以父母對於子女都沒有恩情可言。”（《後漢書?孔融傳》：父之於子，當有何親？論其本意，實為情欲發耳。子之於母，亦複奚為？譬如寄物缶中，出則離矣。）
這樣的言論，在價值多元化的今天看來，即便我不同意你說的每一個字，但是我堅決捍衛你說話的權利。但是在當時看來，可以說是驚世駭俗、大逆不道。《孝經》上說：“五刑之屬三千，罪莫大於不孝。” 這不孝罪是中國古代最嚴重的一個罪名了。所以曹操就以不孝罪為罪名，把孔融本人棄市，砍頭，全家滿門抄斬，妻兒老小全都死了。
孔融作為當時儒家士大夫的一個領袖人物，在當時的主流社會頗具影響力和號召力，可讓人費解的是，儒家思想弘揚孝道，孔融卻公開宣揚有違孝道的言論，而他這一駭人聽聞的言論，最終給自己招來了殺身之禍。那麼孔融公然挑戰儒家思想的背後，到底有著怎樣不為人知的原因呢？