13日上午，梁漱溟將信當麵交給毛澤東。毛澤東約他當晚談話。是晚，在懷仁堂京劇晚會之前約20分鍾，梁漱溟見到了毛澤東。他當即要求解除對他的誤會。但毛澤東則堅持認為他是反對總路線之人，隻是不得自明或不承認而已。二人言語頻頻衝突，結果不歡而散。最後，梁漱溟仍不肯作罷，他要求有機會複述自己的觀點，讓公眾評議。
9月16日，梁漱溟終於有機會在大會上陳述前兩天的發言內容，當天並無不良反應。但梁漱溟在發言中標榜自己是“有骨氣的人”，而港台一些新聞機構也以此大為蠱惑，再加上梁漱溟以為民請命的身份自居，重提那令人頗不順耳的“九天九地”之說，這些，不能不引起毛澤東、周恩來等人的反感，以後的會議發展到大家語言針鋒相對，言辭激烈。
會後，一場批判梁漱溟的風潮迅速刮了起來，而且調子越來越高。毛澤東以一篇《批判梁漱溟的反動思想》作為此事的總結。盡管毛澤東與梁漱溟多年的交情一風吹散，但毛澤東明確表示：梁的問題是人民內部矛盾，不是敵我矛盾。
後來梁漱溟向毛澤東寫信，請求長假，閉門思過。毛澤東沒有直接回信。中央統戰部長李維漢派人告訴梁，今後需出席會議和活動，通知照發，參不參加自便。自此以後，幾十年中他再沒有公開露麵。也許正因為如此，“右派”的帽子也沒有戴在他頭上。
“文化大革命”紅衛兵抄了他的家，將他祖輩保存的字畫書稿長袍馬褂之類在院中付之一炬。即使搬進低暗潮濕的小南房，夜深人靜之時，他重新寫起被紅衛兵扔進火堆中的書稿《儒佛異同論》。
紅衛兵命令梁漱溟自動減低工資，並找到政協財務科，將他的工資減到幾十元生活費。梁漱溟食素，花費有限，並不覺拮據。可第二月，卻又全數發了幾百元，還補發了上個月被扣的。梁漱溟問為何不扣了，回答說，是上級的通知。直到1970年，梁漱溟才得知，是周恩來的關照，對梁漱溟、杜聿明等人，不應扣發工資。
梁漱溟也許不知道，在梁漱溟與毛澤東爭論最激烈的3天裏，會議空氣如同爆炸一般，無人敢為緩解。怎麼辦？周恩來想出一個想使梁平靜下來的人，於是他先給上海打電話，找到沈尹默先生，再托他趕赴杭州邀馬一浮先生到北京，規勸梁漱溟勉為自我檢討，以緩和氣氛，化解僵局。盡管效果不多，可周恩來畢竟盡了心。所以，晚年之時，當梁漱溟再來回憶這段往事時，便冷靜多了：“當時是我的態度不好，講話不分場合，使他（毛澤東）很為難。我更不應該傷了他的感情，這是我的不對。他的話有些與事實不太相合，正像我的發言也有與事實不符之處，這些都是難免的，可以理解的，沒什麼。他已故世了，我感到深深寂寞……”
他在回答美國學者艾愷先生提問的“你覺得最偉大的中國人是誰？”時，梁漱溟充滿感情地說：我覺得也不是太過去，也不是現在，恐怕還是毛澤東。毛澤東實在了不起，恐怕曆史上都少有，是世界性的偉大人物。他創造了共產黨，沒有毛澤東就不能有共產黨，沒有共產黨就沒有新中國，這是個百分之百的事實……周恩來是從前叫做完人——完全的人。不過很巧，他是天生的第二把手，天生的給毛澤東做助手的人。論人是最好了。（詳見梁漱溟自述：《憶往談舊錄》）
梁漱溟逝世於1988年，享年95歲。告別儀式那天，細雨霏霏，轉而大雨滂沱，人說此為天意……