從楊副總長那裏接受任務後，海軍立即派專機把周仁傑送回上海。周回到艦隊，立即向陶勇等人傳達了上級指示，在吳淞碼頭設立了指揮所，要求準備出海的各分隊於5月5日12時以前做好出航和戰鬥準備，待命行動。
5月上旬，上海依舊是暮春的清涼天氣，上海錦江飯店小禮堂一派繁忙景象，各種人物進進出出，神色匆匆。
5月12日，周恩來總理來到上海，親自檢查海上調查的準備情況。他首先聽取了上海和東海艦隊負責同誌關於出海編隊的彙報。當彙報到編隊領導幹部時，上海市委第一書記柯慶施插話說：“這次東海艦隊出海調查‘躍進’號是個很重要的任務，怎麼艦隊司令員、政治委員不親自出海呢？”
周仁傑回答說：“出海編隊指揮員是由海軍指定的。”
周恩來點了點頭：“嗬，我知道了。”
陶勇說：“編隊指揮問題我們回去再研究一下。”
周恩來接著問：“你們出海的船隻準備好了嗎？”
周仁傑回答：“根據總理的指示，我們已抽調了艦艇和船隻，上海市抽調了潛水作業、打撈救生船3艘，即‘和平60’號、‘救撈1’號、‘救撈8’號。全編隊艦船10艘，人員1097名。”周仁傑又把出海的準備工作做了詳細彙報。
返回上海的打撈局長張智魁彙報了潛水作業的準備情況。
周恩來見無人再說什麼，做了一個總的發言。他說：“你們這次出海查清‘躍進’號貨輪沉沒的原因，是個重要任務。查不清‘躍進’號沉沒的原因，就不好對外發表公告，這件事關係到我們的國威軍威。所以你們不能把這次到遠海執行調查‘躍進’號的任務看簡單了。這是海軍成立以來，首次到遠海執行的一項複雜任務。你們調查的海區，來往的各國船隻、飛機很多，一定要防止發生涉外事件，同時還要準備國民黨來襲擊我們。”
艦隊的領導都在忙著記錄周恩來的話。周恩來拿起桌上的一份材料看了一下，繼續說：“你們的準備工作主要是兩個方麵：一是搞好部隊政策教育，要把中央對你們執行任務中規定的對外八條政策和公海公約、法規向部隊講清楚，使人人自覺遵守；二是要作好充分戰鬥準備，以防帝國主義和國民黨反動派對他們挑釁。”那是國際局勢十分緊張的時代，也是中國剛剛開始“反修批修”的時代。海峽對麵的國民黨部隊，除了在東南沿海不斷騷擾、派遣特務登陸之外，還同日本極右勢力、南朝鮮統治集團沆瀣一氣。美國、蘇聯“兩霸”除了互相爭奪之外，又同我國形成了複雜的敵對形勢。黃海、東海之外的太平洋，幾股力量交聚，時時湧起戰雲，激起驚濤。
周恩來又拿起桌上那份文件，指了指說：“我們考慮在你們起航時，新華社將發表調查‘躍進’號貨輪的新聞公告，所以你們一定要準時到達海區。”他對東海艦隊的領導特意說到要在調查中搞好練兵：“你們這次到遠海執行任務是一次在公海上訓練的好機會，能學到很多知識，既可熟悉公海的規章條例，又可了解你們所在海區的情況。”
周恩來向張智魁詳細詢問有關打撈的問題：“這次出海打撈，還有什麼困難嗎？”
“條件比較差，沒有一條潛水母船。”張智魁回答。
總理揮揮手：“明天你到碼頭上去看，從吳淞口到黃浦江口挑船，看中哪一條，就拿來！”
張智魁又彙報了潛水技術問題，說：“我們過去潛水最高記錄是42米，而濟州島一帶水深是60米左右……”
總理急切地打斷：“那我們的潛水員能否下得去？比方說，你能下到多少米？”
“我可以下到40米。我們優秀的潛水員可以下到60米深度，關鍵是如何排除潛水病。”
總理問：“什麼叫潛水病？”
張智魁回答，“18米以下為深水。因為壓力隨著深度增加，高壓氣體進入潛水員體內後變成液體。這在下潛階段即加壓階段不會有什麼問題；問題是從深水返回水麵的減壓階段，隨著壓力減小，人體內的液態氣體很快變成氣泡，它可以破壞血管，破壞大腦和心髒，或者殘廢，或者死亡。如果讓壓力緩緩地減低，那就不會出現問題，這就需要水麵上有減壓設備———減壓艙。”
總理說，“我基本明白了。張局長，你需要怎樣的減壓設備？”
“要有25公斤的空氣壓縮機，有大的儲氣罐，壓縮機可以買到，儲氣罐我們沒有。”
“你知道哪裏有？”
“華東電業局有兩個，是為了保證發電機組啟動用的。”
總理轉向上海市的領導：“通知華東電業局，從兩個儲氣罐中拿來一個，還要保證電站的工作和安全，製定出縝密的措施。”
“我們水下調查還需要密封的水下照相機，國內沒有。”張智魁又提出一個問題。
總理回頭叫過秘書：“通知香港，立即買兩架送來。這次要以打撈‘躍進’號沉船為基礎，建立一支強有力的打撈隊伍，為走向海洋而努力。”
彙報結束後，東海艦隊的領導回到水電路的機關大院。陶勇對周仁傑說：“關於編隊指揮問題，我到錦江飯店去看望周總理時，柯慶施同誌就對我說過。”