檢查團在東海不到一個月的時間裏，走馬燈似的到了20多個單位，開座談會57次，個別談話的師以上幹部112人，團以下幹部234人，戰士100多人，飛行員21人。在這樣短的時間裏走這麼多單位，找這麼多人談話，東海艦隊的領導有些懷疑他們深入的程度。
從當時東海艦隊機關所在地上海返回北京以後，檢查團的兩位負責人向蕭勁光報告了檢查情況，他們提出，對檢查出的一些具體工作問題要好好排排隊，分別研究解決。
這次談話不久，海軍機關便接到了檢查團的彙報材料。在這個材料中，把檢查東海艦隊的問題作為海軍問題提了出來。
蕭勁光對此感到難以接受，覺得彙報材料裏有些問題是在“做文章”，是從海軍黨委指示、文件和他的講話中尋找一些在他們看來是與林彪、與軍委精神不一致的內容，加以對比，以證明海軍黨委尤其是他蕭勁光在一些重大問題上的錯誤。
比如：“林總指示，在今後兩三年內，仍然以四好為綱，大力加強連隊建設。但是海軍黨委、領導機關所發正式文件，首長講話以及報紙社論中卻都有另外一些提法。就是‘四好為綱（或以四抓一調查為綱），以軍事訓練為重點’。這樣就把思想作風這些帶頭領先的東西，放在從屬地位，引起了下邊幹部認識上的混亂，在一些幹部中甚至產生‘軍訓壓倒一切’的錯誤理解……對‘四個第一’就不是那樣重視，甚至有的指導員也不知道什麼是‘四個第一’”
“軍委林總提出，‘少而精’的訓練方針後，海軍又提出了‘穩步前進、鞏固提高，鼓足幹勁、力爭上遊、質量第一、安全第一’，並當作訓練的實施方針，使‘少而精’的方針被衝淡。”
“關於戰備方麵的問題。軍委和林總指示的精神是：我們的戰備工作要立足於應付大戰，準備兩手。但海軍黨委二屆二次會議卻強調戰備工作要‘麵對現實’準備兩手……盡管海軍提出的是準備兩手，而實際上則是側重於一手，主要又是應付當前鬥爭這一手。”
……
蕭勁光不同意這些，並在海軍黨委常委交心會上作了說明。他覺得這些提法隻是因為沒有照搬當時軍委和林彪的提法而已，但它符合海軍的實際情況。從內心講，把這些問題作為海軍存在的一個重要問題並加以批判，他是不能接受的。
但是，他被認為是“態度不好，不承認錯誤”。
同年10月，總政檢查團檢查了海軍大院。海軍大院被認為是北京市的“第二個管莊”（北京的一個大雜院，當時被認為是最亂的地方）。總政檢查團與軍委檢查團對海軍問題的認識基本一致。
12月1日至1963年1月17日，海軍黨委在北京召開了擴大會議。這次會議對蕭勁光的“錯誤”繼續進行“揭發批判”。做出了《關於堅決貫徹林彪同誌的三條指示，加強海軍政治工作的決議》。蕭勁光因為身體不好，住在三○一醫院，沒有參加會議。會後，參加會議的東海艦隊司令員陶勇到醫院看他，他對檢查團的結論有意見，說：“海軍犯了方向性錯誤，現在接受不了，還要看三年。”
蕭勁光說：“再過三年，如果實踐證明我錯了，我再作檢查。”
可是三年之後，蕭勁光再也見不到這位爽直的陶司令了，他被林彪一夥迫害致死。
而具有幾十年黨齡的蕭勁光也作了最壞的思想準備，準備隨時被罷官撤職。
但出乎他意料的是，毛澤東在軍委關於海軍總部的報告上批示：關於海軍問題的報告已經看過，認為很好，照此執行，每年檢查一次執行情況。希望海軍各級黨委同誌們團結起來，以大局為重，煥發精神努力工作，發揚成績，糾正缺點錯誤，同其他軍種一樣，把海軍工作做好。有錯誤並不要緊，隻要改正就好了。
正在醫院治療的蕭勁光得知毛澤東的批示內容後，很受鼓舞。7月3日，他抱病提筆給毛澤東寫信，信中除檢查了海軍工作發生的一些問題由他負責外，還表示：為了照顧大局，我可以承認四個第一沒有擺在第一。信中還表示：我現在雖然有病，正在療養，希望爭取早日恢複，為黨做些有益的事情。他很希望能跟毛澤東談談海軍情況，因此在信的末尾，寫了這樣一段話：曾經有過幾次打算找主席，但沒有適當機會，如果主席時間許可的話，我可隨時前來。但他的願望未能實現。不久，他出了院，繼續抓海軍工作。若幹年過去之後，蕭勁光再回憶這段曆史時，一些問題顯得更清晰了。當時林彪之所以抓住海軍不放，其目的就是為了推他那所謂的“四個第一”及其他“左”的東西。如果說在1960年9月召開的軍委擴大會議上，林彪對總政治部主任譚政等人羅織罪名、搞揭發批判，是為推行他的“左”的一套所采取的第一個步驟的話，那麼，1962年3月他對海軍的所謂指示、派檢查團檢查海軍，就是他所采取的第二步驟。