1962年4月，軍委檢查團檢查完海軍後，其成員中的李作鵬、張秀川還有其他幾個人便留在了海軍。按照林彪的安排，李作鵬擔任海軍常務副司令，主持海軍工作；張秀川任海軍政治部主任。蕭勁光因為犯了“錯誤”和“身體不好”，被安排到“三線”。
李、張來海軍，是在檢查團來海軍之前的全軍編製會議上確定的。當時，海軍接連發生的幾起重大事故，使蕭勁光頗傷腦筋，加上身體不太好，對出現的一些問題有點感到力所不及。為此，他曾向軍委提過建議，希望能給海軍增加力量。在全軍編製會議期間，林彪找蕭勁光談話，當麵交代讓總參軍訓部部長李作鵬來海軍當副司令，蕭勁光對此是讚同的。
他當時之所以讚同林彪的安排，主要是因為他對李作鵬是有些了解的。在解放戰爭時期，他們都在東北打過交道。在東北民主聯軍中，蕭任副總司令兼參謀長時，李任參謀處處長。後來他擔任第一縱隊副司令兼參謀長、東北野戰軍第六縱隊司令員、第四野戰軍四十三軍軍長。在圍困長春期間，他率領的部隊負責打援任務，任務完成的還比較好。在蕭勁光的印象中，李作鵬還是比較能幹的。當然，林彪是比較器重他的，可以說他是林彪的一個“寵兒”。海軍成立時，蕭勁光曾建議要他到海軍工作，但是他沒有來。後來，他調到總參，擔任總參軍訓部部長。
蕭勁光覺得李作鵬作為總參軍訓部的部長，對訓練來講可以說是個“專家”，而海軍出現的許多問題，大多都是在訓練過程中發生的，他來當海軍的副司令，對解決海軍訓練中發生的一些問題，無疑是有利的。然而事實並非如此。
還是在劉承司叛逃事件發生後蕭勁光到達上海時，就遇到了正在上海的葉群。有一天，她把蕭勁光叫去，向他傳達了林彪的所謂指示。葉群說：“林副主席要我轉告你，劉承司大事故，政治影響大，首先軍委要負責，沒有增加力量、工作幫助不夠。今後要改變，要重視。增加李（作鵬）張（秀川）主要是幫助研究原因，改進工作。派工作團來也是幫助工作，引起艦隊的重視，要維持海軍威信，商量做事。海軍問題，蕭勁光同誌有信仰作用，海軍黨委對軍委是良好的，擁護主席。主要是幫助工作，不出事故，由蕭勁光放手抓。組織上主要是加強力量，繼續支持海軍領導。出了事故，海軍黨委是否齊心協力不夠、基層作風是否朝氣不夠，思想教育是否也有問題。要擔任雷厲風行的工作作風和方法，加強核心領導。”第二天，李作鵬、張秀川便隨軍委檢查團一起來到了東海艦隊。
李作鵬、張秀川來海軍的命令還沒下，他們人已到任。蕭勁光按規定，在軍委正式命令下達之前，並沒有宣布對他倆的任用。這本來是正常的，後來竟被作為“對抗林副主席指示”、“打擊、排擠”李作鵬的“罪狀”。
兩人上台以後，從1963年，他們以林彪的所謂“三條指示”為“尚方寶劍”，全麵否定海軍十幾年來的工作，大搞“端正海軍工作方向”，全力貫徹林彪的“四個第一”和突出政治。（詳見《蕭勁光回憶錄》）
矛頭對準海軍司令蕭勁光
為推行林彪的一套，他們一方麵互相吹捧，一方麵對海軍或艦隊領導中一些堅持不同意見的同誌任意扣上“單純軍事觀戰”和“資產階級軍事路線”的大帽子，這在當時是誰也擔當不起的政治罪行，誰戴上這樣的帽子，就等於是“反革命”，馬上就會遭到批判。這不僅造成海軍上層領導的緊張氣氛，也使當時海軍部隊中相當一些幹部產生了抓政治工作怕“偏”，抓軍事訓練怕“單”的思想顧慮，整天提心吊膽。
當時，蕭勁光的身體不好，心髒病、高血壓加上失眠的折磨，使他的工作不能保持經常。最使他傷腦筋的還是工作上的問題。按照羅瑞卿在1963年海軍黨委擴大會上的要求，少壯派李、張擋第一線，蘇（振華）、王（宏坤）擋第二線，蕭勁光擋第三線，並說有了這三道防線，海軍工作就一定會搞好。但實際上，李作鵬等一直把蕭勁光和蘇振華作為他們的對立麵，動不動就指責批判，在工作中根本就無法形成“三道防線”。這其中最主要的原因還是思想上、認識上的原則分歧，蕭勁光始終認為，和平時期的部隊建設必須以軍事訓練為主，作為技術複雜的海軍更應如此。所以，1964年，他恢複工作以後，大力地抓起軍事訓練，這時關於郭興福教學法也經軍委批轉下來，這使一度冷落的軍事技術訓練工作，重新振作起來。
李作鵬等人又指責蕭“堅持單純軍事觀點的錯誤，隻抓比武訓練，不抓毛主席著作學習”。
1965年8月和11月，海軍又進行了兩次海上作戰，即“八·六”海戰和崇武以東海戰。“八·六”海戰由南海艦隊汕頭水警區指揮，以四艘護衛艇和11艘魚雷艇協同作戰，在福建東山島東南兄弟嶼附近海麵，一舉擊沉企圖對我沿海進行偷登襲擾的國民黨海軍大型獵潛艦“劍門”號和小型獵潛艦“章江”號。擊斃敵巡防第二艦隊司令胡嘉恒以下官兵170餘人，俘“劍門”號中校艦長王韞山以下33人，以我海軍較小代價，換取了較大勝利。