“八·六”海戰結束的第二天，李作鵬就匆匆趕到作戰部隊，總結經驗。在他主持下起草的《海軍擊沉蔣匪“劍門”“章江”兩艦戰鬥經驗總結報告》中，把所謂突出政治作為海戰經驗的第一條，並寫道：“這次戰鬥的勝利，再一次證明了突出政治的強大威力。隻要突出政治，就有敢於鬥爭，敢於勝利，不怕犧牲的精神，就能克服一切困難，戰勝一切敵人。”正在大連棒槌島休養的林彪於9月8日讓秘書打電話說：“海戰經驗總結，主席已閱，並退回來了，主席看得很仔細，並劃了許多杠杠。送海軍李作鵬同誌一閱，並要特別看劃了杠杠的地方，尤其要特別看劃雙杠杠的地方。”這種誇大政治、片麵強調精神作用的“左”的思想，後來愈演愈烈，終於在海軍挑起了公開爭論。
1965年11月，海軍黨委在北京召開了三屆二次全會，在這次會議上，由李作鵬等一手挑起了公開爭論。
在會議召開之前，在李作鵬等人主持下搞了一個材料，叫“海軍三年工作基本總結”。當時，蕭勁光住在醫院，他們將材料送到醫院，征求蕭的意見。在這個材料中，主要是“顯示突出政治”的成就，在分析問題時，則將海軍團以上幹部對待林彪提出的“關於突出政治，堅持四個第一”的態度劃分為三種情況，羅列了14個問題。三種情況：一是積極正確的，二是旗幟不鮮明的，三是錯誤的。蕭勁光認為總結1963年以來的工作，必須以實踐為標準。但是他的意見卻被李作鵬等認為是“態度是懷疑抵觸的，實際上是思想不通”，於是在黨委會上發生了爭論。
李作鵬等給蕭列了十多條“罪狀”，其中主要的是：“對海軍工作方向偏的結論不滿”。說既然是林彪批評了他，“就應該向林副主席寫一檢討，向毛主席寫信，是應付差事的檢討，輕描淡寫，未接觸思想實質，未真正承認錯誤，對林副主席的三條指示中指出的重要問題隻字未提”，“實際上是堅持錯誤的擋箭牌，是以此來抵製林副主席的批評。”他們讓蕭勁光定期向林彪彙報工作，蕭不去。
對此，他們說蕭“反映了對林副主席不滿的態度”。
他們還將蕭向羅瑞卿總長反映問題和寫信說成是告“李作鵬的狀”，是“搞鬼”。
向羅總長寫信，蕭勁光是要反映自己的意見。當時海軍軍以上幹部班子的調整問題，海軍黨委作幾次研究都無定論。蕭勁光主張應在海軍內部進行調整，能調上來的就調上來，因為這些人在海軍工作十多年，積累了海軍建設經驗，把他們調出去，不利於海軍建設。另一麵，蕭勁光已經感覺到李作鵬等人想利用調整幹部的機會，把對他們有意見的幹部搞出海軍。為了保留這批幹部，蕭勁光幾次在會上說：“各艦隊的司令員，他們懂海軍，把他們留在海軍好處多。”李作鵬則極力反對，主張“徹底地搞，大調動，對於老幹部盡可能地外調”。他們的態度很堅決，幾次逼蕭勁光到林彪那裏去反映，李作鵬說否則隻有三條辦法，第一條他離開海軍；第二條請求軍委派人來換他；第三條就是掛名不幹事。他講了幾次，最後一次把蕭勁光惹火了，說：“讓我到上級、到林彪或到主席那裏去反映，我都沒有問題，但是究竟哪些人要調出去，請你拿出名單來。”張秀川見蕭勁光發了火，情緒也有些激動，說：“你把這些犯了錯誤，有問題的人搞上來，這是沒有原則，沒有是非，沒有黨性。”見爭論如此大，難以統一，蕭勁光才給羅瑞卿寫了信。信中談了自己的看法。後來，羅瑞卿指示：海軍軍以上幹部的調整，要分批分步驟地進行，對各艦隊的領導幹部要一視同仁。
李作鵬對此大為不滿，記恨在心，說蕭是“搞兩麵手法，當麵一套，背後一套”，“是一把最厲害的暗箭”。
如果是作為黨內不同思想認識的鬥爭，本來是可以通過黨內政治生活的正常途徑來解決的，但是，隨著“文革”大氣候的逐漸形成，這場爭論中所蘊藏的不正常之點，就越來越擴大了。
1965年12月，以批判羅瑞卿為中心議題的上海會議召開了。蕭勁光被叫去參加擴大了一點的會議，在這之前，中央已在小範圍內打了招呼，他去時，仍有打招呼的性質。但是問題變得嚴重起來，會議傳達的羅瑞卿的所謂問題，已不是一般性質的問題，而是冠以反對毛主席的革命路線，推行單純軍事觀點的資產階級軍事路線，有個人野心，想篡奪軍委領導幾頂大帽子，甚至作為反革命修正主義分子批判。這使蕭勁光感到突然。因為一個多月前，他剛剛參加了軍委擴大的辦公會議，聽了羅瑞卿對當年工作的總結和第二年工作的打算的講話，當時並沒有感到有什麼異常。蕭勁光很自然將羅瑞卿所謂的反對突出政治、推行單純軍事觀點的主要罪名，與海軍的爭論和林彪對他的批評聯想起來，心情十分沉重。當然，在那個時候，領導幹部對毛澤東、對黨中央是十分或者說是絕對信任的，所以不僅對羅瑞卿問題深信不疑，而且對自己也進行了必要的反省。但是除了這些思想之外，在蕭勁光的內心深處，卻感到一種不祥之兆。