1966年9月3日，毛澤東在傅連賞信上批示，其中有一句話說：“此人非當權派，又無大罪，似應予保護。”（見馮彩章、李葆定：《紅醫將領》之傅連賞部分，北京科學技術出版社）林彪、邱會作等人對毛澤東的批示，既不讓傅連賞本人知道，又對一般幹部群眾保密，隻是暫時收起殺人計劃。但是9月5日，中華醫學會的造反派又把傅連賞捉去批鬥，在“群眾義憤”下，傅連賞的肋骨被打斷，頭也被打破了。林彪、邱會作也並非沒有顧忌，傅連賞畢竟救過毛澤東的命，而毛澤東對救過他命的人也不會忘掉的，況且又有保護的批示。他們怕真出了人命，不好向毛澤東交賬，就假惺惺地讓傅連賞一家搬到離京較遠的香山新村“療養”，名為保護，實際暗中加緊編造黑材料，捏造罪名。邱會作還私立了“傅連賞專案”，指使人寫報告要求批鬥傅連賞，而後又在黑材料上批示：“軍委辦事組同意批鬥傅連賞，望即組織這一工作。”“以我看主要抓好三點：一、三反言行，二、黑線關係，三、鬥誌衰退。”他還親自審閱修訂專案組炮製的《傅連賞反黨罪行》材料。他們還把新村的一名電工抓起來，刑訊逼供，硬叫他把給傅連賞修理收音機說成是改裝和特務聯係用的電台。這樣，經過邱會作一夥的密謀、捏造和炮製，給傅連賞扣上“走資派”、“出賣毛主席健康情況”、“鑽入革命陣營裏的反黨分子”、“曆史有重大問題”的裏通外國的“大特務”等罪名。
在林彪、邱會作一番密謀、策劃後，他們的走卒就開始行動了。1968年3月14日清晨，傅連賞一家正在熟睡之際，一夥暴徒破門而入，幾個彪形大漢翻箱倒櫃，煞有介事地在尋找著什麼，他們把傅連賞和他的夫人陳真仁從床上拉下來，隻讓他們穿件單衣，夫婦倆站在地毯上，凍得瑟瑟發抖。不到幾分鍾時間，隻聽一個家夥大聲叫喊：“找到了，找到了！找到傅連賞給敵人發報的電台！”
邊說邊抱著一台破舊的收音機從內室走出來。
“你連收音機都不認識嗎？”傅連賞覺得事情太可笑。
“混蛋！還最敢反抗。”狂徒們立刻大打出手，來捂他的嘴，不許他說話，“這明明是你改裝的電台，還將抵賴，這就是你同裏通外國的罪證。”暴徒們瞪著血紅的眼睛和吼道。一會兒，又有一個從傅家的一個舊箱子裏搜到幾份衛生部文件以及別人贈他的紀念品，叫嚷著找到了“鐵證”，傅連賞據理力爭，氣憤地質問：“你們要幹什麼？我是毛主席保護的，毛主席有批示。”說著一邊反抗，一邊想去拿那份“批示”。
“什麼批示不批示的，誰也救不了你的命，快老實地跟我們走！”說著，暴徒們強行給他倆戴上手銬，推出房門，塞進汽車。汽車被蒙得嚴嚴實實，密不透風，他們根本不知道要被帶到哪裏，去幹什麼，家裏隻剩下驚慌失措的小兒子傅維賞。
半個小時後，傅連賞被拽下來，扔進一間窄小、陰濕、黑暗的破房子裏。他就這樣被投進監獄，失去了真實姓名。一直到火化，隻有一個犯人的編號——6847。而他的夫人陳真仁也被投進另一監牢，編號為6848。傅連賞在獄中受到怎樣的摧殘，當時獄中一個看守是這樣記錄的：
1968年3月14日（也即他入獄的第一天）：16室6847，該犯說他頭暈，要求吃稀的。
3月15日，僅吃了一點。
3月16日，16室6847一連兩天沒吃飯，吃的也很少，吵吵著要吃稀的，醫生開病號飯，處裏沒批，原因叫他隔一個時期餓餓看，吃點苦頭是應該的。該犯鬧著出去要給毛主席打電話等。
3月17日，吃了兩個窩窩頭和一碗“老三刀”菜湯。（“老三刀”，就是一棵白菜或蘿卜，一切三刀了事”）。另加一碗不洗就煮的黑糊糊的稀米粥。
3月18日，6847犯老是叨叨咕咕敲門，並說要出去等，上午我們三人提他到審訊室訓斥了他一頓，並叫他寫了再違反監規一切責任應由他負，到了晚上仍不老實。
3月19日，訓他時，他說什麼和平共處，我們是一家人等等。這些我們做了嚴厲的批評。鬧得厲害時，請示處裏給他戴上了手銬。
接下去，日記上都是這樣寫的：“今天沒有吃飯”，或是“吃了一點又吐出來了”，“該犯吃的很少，昨晚一夜沒有睡覺”，“今天兩次未吃飯”諸如此類。
到3月23日及以後幾天，日記大多是如下記載：“這個混蛋夜間也不脫衣服，也不蓋被子”，“身體很弱，表情很低”，“瘋瘋癲癲那個樣子，發日用品給他不要，晚上不睡覺，到12點胡說八道一陣子”，“衣服不脫，一夜未睡”，“一夜沒有睡覺，在地上翻來覆去到處鑽”……
3月28日，“看來該犯活不了幾天時間了。”
3月29日，是傅連賞生命的最後一天，《看守日記》上記的與真實情況出入很大。據揭發，這天早晨7點左右，有人通過監牢的監視孔看見，傅連賞躺在冰冷的水泥地上一動不動，那人告訴看守看一下，看守竟說：“我還要打我的飯呢，沒有工夫管他。”等到8點多鍾打開牢房門時，傅連賞早已含恨死去，渾身冰涼了。
“看守日記”上記的可能有誇大之詞，且錯字、錯句很多，但可以明顯看出，他還是寫了些真話。它展示給人們的是，懲罰一天比一天升格，折磨一天比一天殘酷，傅連賞的身體一天比一天惡化，竟到了神經錯亂的程度，林彪一夥手段之狠毒於此可見一斑。