事件發生後，林彪立即表態支持吳、李、邱一夥。5月14日，葉群帶著關鋒到醫院代表林彪慰問了演出一派的傷員，對砸會場的那一派的傷員根本未予理睬。6月9日，林彪親自觀看了所謂“三軍無產階級革命派”文藝團體的演出，新華社專門為此發了消息。這些用意明顯的舉動，大長了邱會作所支持的“無產階級革命派”的誌氣，大滅了與之對立的另一派的威風。在那個年代裏，一人之下萬人之上的“副統帥”，若是明確支持二派中的一派，即意味著另一派政治生命的結束。果然，林彪表態後，衝擊演出的一派很快土崩瓦解；而邱會作則與吳法憲、李作鵬一起，成了“三軍無產階級革命派”的領袖，也就進一步加固了他們與林彪葉群同生死共患難的關係。
1967年7月，邱會作被拉進“軍委看守小組”，成為該小組核心成員之一。
這個小組是負責看管總政治部的（總政在“五一三”事件後不久即被林彪集團“徹底砸爛”），並負責駐京部隊、機關的“文化大革命”運動。這為邱會作日後更積極的配合林彪集團整人害人提供了方便條件。
邱會作把“五一三”事件看成是他們一夥勝利的紀念日。他把“五一三”和“一·二四”同樣看作是林彪保他活命的“再生日”，因而多次在這兩個日子裏向林彪、葉群寫效忠信，送效忠禮。邱會作曾親自選定一個用象牙與有機玻璃製成的台屏獻給了林彪。此後，邱會作對林家的衣食住行，包括藥品、毒品等全力保證，曾動用大筆外彙為葉群進口兩部高級轎車和攝像機。對毛家灣的房屋施工，邱會作做批示的原則是：讓怎麼修就怎麼修。
據說林彪怕風怕到了連他的手下人走路帶起的風都怕，因為怕風，後來連廁所都不去，要大小便就在屏風後麵進行。邱會作聽到此事，馬上叫人特製了一張“拉屎屙尿椅”，用紅絨包紮，以防久坐受風著涼，真是“用心良苦”，邱會作也成了林家稱職的“總後勤部長”了。
這些獻媚舉動，是為了向林家報再生之恩，也表明邱在極力向毛家灣靠攏，他認定了林彪這棵大樹好乘涼。邱會作在“五一三”事件之後不久寫給葉群的一封親筆信中說，要借“五一三”這個東風，作為改變我們形勢的偉大力量。在“五一三”事件三周年時，邱會作與吳、李聯名給葉群寫效忠信說：“‘五一三’政治流血事件，是軍隊‘文化大革命’的轉折點，它揭開了砸爛總政閻王殿鬥爭的序幕。”
邱會作坐回總後部長的寶座，頓時又神氣起來。他要報仇，要反撲，像當年反對過他的人開刀。被他整倒的人不計其數。
葉群看到邱會作忠心耿耿，特意題詩一首，詩名曰《詠菊》：“繁霜冷雨獨從容，晚節尤能看此工。寧可枝頭抱蕊老，不能搖落墜西風。”
葉群拿著這首詩，向身邊的工作人員說道：“那一天，把些好同誌都打成那樣子，我還去醫院看了被打傷的同誌，我感到很難過。”其實她忽略了一個重要事實就是，正是她們一夥挑動群眾鬥群眾，給部隊和地方造成極大的混亂的損失。
“今年是‘五一三’三周年，”葉群抖著手中的幾封信說，“你們看，這是黃、吳、李、邱他們幾位老總寄給我的信，唉，他們把我說得太過分了。怎麼辦？一一回信不好處理，全寫成一樣的信也不像話，一人寫一個樣子，又太費事，我想來想去，就寫首詩吧，三個人都有了，不就行了？”
邱會作接到葉群的題詩，這一喜非同小可，他把這首《詠菊》詩精心刻在菊花硯上，回贈葉群。
林彪也更加旗幟鮮明地支持著邱會作。