1967年8月9日，林彪在接見武漢軍區負責人時發表講話，突出地提到了邱會作，他說：“現在不少地區黨、政府機關癱瘓了，表麵上看來很亂，這個亂是必要的，是正常的。亂有四種情況：一、好人鬥壞人；二、壞人鬥壞人；三、壞人鬥好人，像北京、海軍、空軍、總參、總後就是這樣，好人挨整，吃了苦頭，嚐到甜頭；四、好人鬥好人，這當然不好，有損失，但這是內部矛盾，容易解決。隻有第三種情況壞人鬥好人，好人挨整，邱會作同誌被搞了一個多月。如果是壞人整好人，就不要怕，頂多就是邱會作……那樣，要頂住，要沉住氣。要看到形勢對我們有利，這是個百年大計……”
林彪的“八九”講話為亂中奪權提供了理論根據，尤其為邱會作等幹將撐腰壯膽，提供了保護傘。在這種情況下，邱會作幹得更為賣勁，他不僅向葉群報告，提供黑名單，還加緊直接對總後的幹部群眾進行迫害。邱會作為了在總後實行徹底的“改朝換代”，給各級領導和廣大幹部強加罪名，肆意迫害。邱會作把反他的人通通誣為“走資派與壞分子相勾結，在總後進行反革命奪權”，說“凡是走資派、壞分子都有黑線、三反言行、叛徒、特務等問題”，因而先後給總後五名領導和軍職以下457名幹部強加“叛徒”、“特務”、“三反分子”、“現行反革命”、“壞分子”等等幾十種罪名。他大搞以我劃線，層層站隊，把鬥爭矛頭首先指向妨礙他徹底奪權的總後領導。為了達到目的，邱會作羅織罪名，製造冤案，喪心病狂，手段卑鄙到了極點。
為了把總後原副部長饒正錫定為反黨分子，邱會作指使人非法搜查饒的文書筆記。搜查中發現饒正錫在1953年全軍衛生工作會議期間，聽取原東北軍區衛生部部長彭方複彙報時的記錄中，有一個“彭”字，邱會作同夥喜出望外，立即把這“彭”字翻拍成照片，這就成了饒正錫接受所謂彭德懷黑指示的罪證。
總後原副部長湯平，早年在紅三軍團工作過，與彭德懷、黃克誠常有工作聯係。
1959年湯平回家鄉接老人來京，回京後向黃克誠彙報時，順便談到農村的一些真實情況，邱會作便硬說是黃克誠派湯平回農村搜集情況，作為廬山會議上發難的炮彈，四次寫信向葉群報告，並立案審查，非法關押，致使湯平囿於囹圄，含冤身死。邱會作還把領導與群眾上掛下聯，製造集團冤案，成批地誣陷迫害幹部、群眾。他說：“敵人一定是一幫一幫，一夥一夥的。”還說：“總後的叛徒、特務可以挖一窩子，不是一兩個。”煽動各個單位製造集團冤案。光他直接支持、批準製造出的“反革命集團”、“特務集團”等冤案就有17個之多。他夥同陳寵等人在總後機關製造出《特務叛國外逃集團》冤案，就株連了總後原政委李聚奎等26名軍職以上幹部和269名師職以下人員。
邱會作不僅跟眼前的同級或下級過不去，還把矛頭對準高層，往那些德高望重的共和國元老身上潑髒水。
1967年6月，邱會作指示總後“文辦”主任王希克等人編造誣陷軍委副主席徐向前的材料，7月又用革命組織名義印成傳單，公開地、肆無忌憚地誣陷徐向前是“埋在黨內軍內的一顆定時炸彈”，“是個標準的個人野心家、陰謀家”，煽動打倒徐向前。這張傳單是在“打倒拿槍杆子的劉鄧”的曆史背景下炮製出來的，因而是林彪反革命集團“抓軍內一小撮走資派”的組成部分。邱會作將這一舉動叫做“追上線”、“挖後台”，很受林彪欣賞。
於是，在邱會作眼裏，除了毛澤東、林彪，周恩來可能一時半時也動不了，其餘人都要“燒一燒”，燒對了是功勞；燒錯了是對其考驗，自己總是對的。於是連人們心目中的紅軍總司令朱德也在所難免。1968年底，邱會作在總後黨委三屆十次全體（擴大）會議上，顛倒曆史，硬說朱德“在井岡山開始就反對毛主席”，“他那個總司令一天也沒有總過”。特別是邱會作誣陷朱德“野心很大，想當領袖”，更是惡毒至極，其用意仍是抬高林彪在曆史上的地位，將所有人排斥在毛澤東、林彪之外，同時將自己與那些過去曾共同戰鬥過、現在成了批鬥對象的人劃清界限。