“文革”之初，朱德更是“兩耳不聞窗外事”了。麵對這紛亂的世界，他以沉默代替了一切。然而，樹欲靜而風不止，沉默無法擺脫明槍暗箭。
1966年5月，黨中央政治局擴大會通過了“五一六”通知，設立“文化革命小組”，點起了十年動亂的“文革”之火。
在這次會上，林彪作了長篇發言，蠱惑人心地大叫黨內有人要搞政變，搞顛覆。他還在會上批判彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆的同時，指名批評攻擊黨中央幾位領導人，特別點了朱老總的名，把老總不讚同他所說的“毛澤東思想是馬列主義的頂峰”，說成是反對毛澤東思想。
同時，康生散布朱老總是空頭司令，是黨外人士等流言蜚語。“中央文革小組”的主要成員和林彪在軍內的親信，也惡毒地散播“朱德是黑司令”、“野心很大，想當領袖”、“老機會主義者”……1966年8月，在黨的八屆十一中全會上，廣州軍區司令員黃永勝等，公開攻擊朱老總。有林彪和中央文革成員戚本禹等的支持和策劃，一個打倒朱德、批鬥朱德的狂潮在“文革”初期，就已開始興起。
其實，他對黨內所發生的一切是很有看法的，可以說他不理解，也說不清。
在一次中央會議上，他憂心忡忡地說：“在文革中，我覺得不能放鬆生產，要保證工農生產大幅度增長……現在群眾起來了，我怕……怕出亂子，特別是生產上的亂子。”
這不是和“文革”說反調嗎？不是和“宜將剩勇追窮寇”的意念大相徑庭嗎？
於是，沒過多久，在林彪、陳伯達等人的授意下，由“文革小組”成員戚本禹出麵，貼出了第一張打倒朱德的大字報。一夜之間，五花八門的誣陷之詞，貼到了北京大街的牆上。什麼“大軍閥”、“大野心家”、“黑司令”的帽子都朝朱德扣過來，甚至叫囂要把朱德“轟出中南海”，“批倒批臭”……朱德在玉泉山聽到這個消息，連忙趕回中南海的家中。汽車剛開進中南海西門，遠遠地就看見各種紙張的大字報貼得到處都是。老元帥的心一下揪緊了：中南海怎麼能亂成這樣呢……
等車開到家門口，他發現不但牆上有大字報，連腳下的路上也是大標語。他很奇怪，自己哪來那麼多“罪行”，連北京城都快裝不下了。於是他湊近去看，看過一篇又一篇，除了一些空洞的叫喊，就是嚇人的大帽子，千篇一律就是一句話：“反對毛主席”。
這可真是天大的誣蔑：誰不知當年紅軍是“朱毛”，“朱毛朱毛”，連敵人都知道。朱德和毛澤東的名字連在一起，那是共和國一塊奠基石，怎麼能砸開來，一塊塗上紅，一塊塗上黑呢？
那幾天，他總是一個人默默地坐在寬大的辦公室裏，一坐就是半晌。除了喝茶，就是歎氣，說：“是我的，我承認；不是我的，誰寫的誰負責。”
康克清過來問老總哪裏不舒服。朱老總答非所問：“隻要主席在，總理在，就沒有關係。他們最了解我。你不要害怕，個個都是走資派，就都不是走資派……形勢會一時很緊張，總不會一直這樣緊張的，社會最終還是要安定的。”
然而這個過程卻是漫長而又痛心的。
人大的造反派組織被戚本禹煽動起來，成立了“揪朱聯絡站”，準備在首都體育館搞一個揪鬥朱德的萬人大會。
毛澤東不允許把“朱毛”分開
眼見80歲老人要成為眾人批判的對象，消息很快傳到毛澤東那裏。
毛澤東大手一揮：“不能這麼搞。過去國民黨要‘殺豬拔毛’，現在你們說他是黑司令，朱毛朱毛，司令黑了我這個政委還紅得了嗎？朱德不能批鬥，他是紅司令！”
此話一出，造反派不敢違抗，草草收了場。“揪朱聯絡站”也銷聲匿跡。但“揪朱”的意圖並沒收斂，他們換了一種方式，由公開批鬥變為打入“冷宮”，不點名地在各種報紙上影射朱德，想瞅準時機，把暗火挑明，再次把朱德“揪出來”。
事情並未因此而了結。林彪一夥進而篡改曆史，妄圖打倒朱老總，為林彪自己樹碑立傳，為篡奪最高領導權製造口實，大肆宣傳是毛澤東、林彪在井岡山會師的。在他們的脅迫下，井岡山革命紀念館陳列物說明中，竟把朱老總挑糧的扁擔，也說成是林彪的扁擔了。
1968年10月，黨的八屆十二中擴大會議上，吳法憲當麵誹謗、侮辱朱老總，向他提問：你在井岡山是怎樣反對毛主席的？更有甚者，還有人一手遮天，製造了一起所謂“中國共產黨（馬列）案”，誣陷朱老總是他們虛構的這個組織的“書記”，陳毅是“副書記”兼“國防部長”，還設有常委若幹人。據稱，1967年7月，這個組織曾秘密召開過代表大會，並成立了一個“中共（馬列）起義行動委員會”，企圖發難、叛亂。林彪一夥下令到處追查，隻是由於後來追查不出結果，而且已經露了馬腳，這起假案才不了了之。當時朱老總對此淡然處之，不為所動。
有一天，康克清回到家裏，看見朱德正在看一張傳單，傳單上寫著所謂“中國共產黨（馬列）”的組成、人選等。朱老總邊看邊笑，康克清問他笑什麼，他說，根本沒有這回事，這是造謠嘛，讓他們造去，將來一定會弄清楚的。