第一個分歧是由1951年4月17日，山西省委向中央作的《把老區互助組織提高一步》的引起的。報告認為，由於農村經濟的恢複和發展，互助組發生了渙散，它不是向著現代化和集體化的方向發展，而是向著富農的方向發展。為此他們主張要把互助組提高一步組成合作社。劉少奇、薄一波、劉瀾濤等對此持不同意見，劉少奇在多次講話中認為目前農村的條件不能搞社會主義，農業社會主義化要依靠工業，以為目前組織合作社可以改造中國的農業，使個體的小農經濟走上社會主義農業，那是空想。7月3日劉少奇將山西省委的報告印發給黨內負責同誌和馬列學院的學員，並加了批語，語言激烈地指出了黨內有一部分人害怕資本主義發展，企圖用平均主義去戰勝資本主義的錯誤。事後，毛澤東明確表示支持山西省委的意見，並專門找了劉少奇、薄一波等談話，指出他們的觀點是“右傾”。同時指示陳伯達召集第一次互助合作會議，起草關於農業生產互助合作決議。
再一個大的分歧是國民經濟恢複以後，是否應繼續執行新民主主義政策。劉少奇等認為目前國民經濟雖然恢複，但舊中國經濟文化落後的根本狀況並無大的變化，當前傷害私人工業家和個體小生產者的積極性，就是妨礙了生產力的發展，是“左”傾。為此，劉少奇提出“鞏固新民主主義秩序”的主張。毛澤東對這種主張堅決反對，並作了極嚴厲的批評，認為這是“右傾”。
還有一個就是對“新稅製”的看法。
所謂“新稅製”，是1952年底周恩來批準頒發執行的《關於稅製若幹修正及實行日期的通告》和《商品流通稅製試行辦法》。這些通告和辦法根據“三反”“五反”以後公私關係緊張、市場蕭條現象和中共中央關於第二次調整工商業的指示，取消了對國營企業與合作社在加工、調撥、代購、代銷或包銷的課稅方麵的優惠條件，實行公私一律的平等競爭。
這些措施一度引起物價波動，也引起毛澤東的關注。
高崗首先發難，把薄一波的政策比作布哈林的和平改造。
1953年1月15日，毛澤東給周恩來、鄧小平、陳雲、薄一波寫了一封信，表示了對新稅製的不滿。信中說：“新稅製事，中央既未討論，對各中央局、分局、省市委亦未下達通知，匆率發表，毫無準備。此事似已在全國引起波動，不但上海、北京兩處而已，究竟應如何處理，望你們研究告我。此事我看報始知，我看了亦不大懂，……究竟新稅製與舊稅製比較利害如何？何以因稅製而引起物價如此波動？請令主管機關條舉告我。”
周恩來收到信件後，連夜給毛澤東寫回信，談了處理辦法。可見周恩來把毛澤東這封信的分量是看得很重的。
毛澤東看了地方上報來的一些材料，進一步認為新稅製在組織上是政府工作脫離黨中央領導的分散主義錯誤，在政治上是脫離黨的總路線的“資本主義傾向”。
毛澤東的批評是嚴厲的，他直接點了薄一波的名，而且提得很高：“新稅製發展下去，勢必離開馬克思列寧主義，離開黨在過渡時期的總路線，資本主義發展。”但他不願把這件事推到高崗含蓄地提到的極端，所以在會議結束時下了結論：“新稅製的錯誤跟張子善的問題不同，是思想問題，是離開了黨的總路線的問題。要在黨內開展反對資產階級思想的鬥爭。”
毛澤東講話之後，與批評上述經濟政策和思想觀點有關的劉少奇、周恩來都在會上做了不同程度的檢討。
在這一背景下，毛澤東提議並由中央決定，加強對中央人民政府財經部門的領導，撤銷了政務院黨組幹事會（即總黨組），規定政府各部門的黨組直接受黨中央領導，政府工作中一切重要的方針、政策、計劃和重大事項均須事先請示中央，經中央討論決定、批準後才能執行。隨後中央在組織上又作了調整，明確分工：國家計劃工作，由高崗負責；財經工作，仍由陳雲、薄一波、鄧子恢等負責；外交工作還是周恩來；下屬的重工業部、一機部、二機部、燃料工業部、建築工業部、地質部、輕工業部和紡織工業部，都劃歸國家計劃委員會主席高崗領導；所屬的勞動部，也劃歸計委委員饒漱石領導。
1953年5月，蘇聯部長會議第一副主席捷沃西安來北京，與高崗談判有關鞍鋼工程建設。當時擔任翻譯的李越然還記得，在一次交談時，高崗小聲地問：
“你說中國要不要消滅資本主義？”
捷沃西安不知話裏有話，毫不遲疑地回答：“當然要消滅！”
“我就是這個意見。”高崗說完，臉色陰沉下來，似有一肚子委屈：“我的意見在我們黨內卻得不到支持。”
捷沃西安的藍眼珠一瞪：“是嗎？是怎麼一回事？”
於是高崗吐出“苦水”：“請你回去報告蘇共中央，就說在我們的中央有人反對我。”