但毛澤東不讚成：“這不合適。要麼你去遊曆一番，參觀參觀；要麼，派你去進修這門學問。你的情況這兩種都不是。人家會發問：中國的什麼單位派這麼一位上了年紀的老先生去搞什麼研究？人家不好理解。”毛澤東還是堅持他原先的設想：“像你這種情況，我看應該在國內各地繼續參觀訪問，做社會調查。你願意去什麼地方就去什麼地方，喜歡調查什麼就調查什麼。我可以通知各地負責同誌，要他們給你提供一切照料和方便。”
梁漱溟說可以考慮。
1953年9月，接連開了兩個會，前後有10天時間。先是政協常委擴大會議，後轉為中央人民政府委員會擴大會議。8日，政協副主席周恩來做了關於過渡時期總路線的報告。梁漱溟在小組討論時，對此發表了自己的看法。下午，召開大會，各小組彙報討論情況。梁漱溟所在小組由章伯鈞彙報，其中包括梁漱溟的發言。第二天的會議應是由個人作大會發言。彙報會結束後，周恩來對梁漱溟說：
“梁先生，明天的大會你也說一說，好不好？”
梁一口答應：“好。”
第二天，大會發言踴躍，梁漱溟便寫條子給周恩來，說會議應盡量讓外地來的人多發言，在北京的人說話機會多，而且今天大會就要結束，他的發言改為書麵發言即可。周恩來答複說：為讓大家能充分發表意見，會期要延長一天，你明天可以在大會上發言。
9月11日午後大會上，梁漱溟即席發言。這次發言與前麵講的不太一樣，講得既長又有條理，看來梁漱溟做了認真思索。他講的重點是農民或鄉村問題。
毛澤東在發言中談了自己的看法，雖然對梁漱溟的意見沒有點名，但坐在下麵的梁漱溟卻聽出是衝他而來。他不禁有些吃驚，他很感委屈，便在下麵開始給毛澤東寫信。信的大意是說，聽了主席的一番話，明白實為我昨日的講話而發。但我不能領受主席的批評，我不僅不反對總路線，而且是擁護總路線的。主席在這樣的場合，說這樣的話是不妥當的。不僅我本人受屈，而且會波及他人，誰還敢對領導黨貢獻肺腑之言呢？希望主席給我機會當麵複述一遍這原來的發言而後指教。
13日上午，梁漱溟將信當麵交給毛澤東。毛澤東約他當晚談話。是晚，在懷仁堂京劇晚會之前約20分鍾，梁漱溟見到了毛澤東。他當即要求解除對他的誤會。但毛澤東則堅持認為他是反對總路線之人，隻是不得自明或不承認而已。
二人言語頻頻衝突，結果不歡而散。最後，梁漱溟仍不肯作罷，他要求有機會複述自己的觀點，讓公眾評議。
9月16日，梁漱溟終於有機會在大會上陳述前兩天的發言內容，當天並無不良反應。但梁漱溟在發言中標榜自己是“有骨氣的人”，而港台一些新聞機構也以此大為蠱惑，再加上梁漱溟以為民請命的身份自居，重提那令人頗不順耳的“九天九地”之說，這些，不能不引起毛澤東、周恩來等人的反感，以後的會議發展到大家語言針鋒相對，言辭激烈。
會後，一場批判梁漱溟的風潮迅速刮了起來，而且調子越來越高。毛澤東以一篇《批判梁漱溟的反動思想》作為此事的總結。盡管毛澤東與梁漱溟多年的交情一風吹散，但毛澤東明確表示：梁的問題是人民內部矛盾，不是敵我矛盾。
後來梁漱溟向毛澤東寫信，請求長假，閉門思過。毛澤東沒有直接回信。中央統戰部長李維漢派人告訴梁，今後需出席會議和活動，通知照發，參不參加自便。自此以後，幾十年中他再沒有公開露麵。也許正因為如此，“右派”的帽子也沒有戴在他頭上。
“文化大革命”紅衛兵抄了他的家，將他祖輩保存的字畫書稿長袍馬褂之類在院中付之一炬。即使搬進低暗潮濕的小南房，夜深人靜之時，他重新寫起被紅衛兵扔進火堆中的書稿《儒佛異同論》。
紅衛兵命令梁漱溟自動減低工資，並找到政協財務科，將他的工資減到幾十元生活費。梁漱溟食素，花費有限，並不覺拮據。可第二月，卻又全數發了幾百元，還補發了上個月被扣的。梁漱溟問為何不扣了，回答說，是上級的通知。直到1970年，梁漱溟才得知，是周恩來的關照，對梁漱溟、杜聿明等人，不應扣發工資。