鬆花江幹流大洪水多由全流域性連續降雨形成的各支流洪水彙集而成，或由區域性大洪水與其他區域相應時間的一般洪水疊加而成。此外，支流嫩江來水特別大時也可形成幹流特大洪水。
遼河流域大洪水分為三種情況，一為遼河幹流大洪水，二為渾河、太子河大洪水，三為西遼河大洪水，這三種不同來源地區的大洪水一般很難遭遇和疊加。
本流域典型致災大洪水簡述如下。
1998年8月鬆花江流域特大洪水
1998年6月中旬至8月中旬鬆花江流域西北部有連續5次降雨過程，嫩江流域右側區域一直為主要暴雨區。8月中旬以後，主雨區移到鬆花江幹流。嫩江流域降雨曆時比常年長一月有餘，6~8月流域平均雨量557毫米，是多年均值的1.7倍，部分觀測站不同時段降雨量均超曆史最大值。
受1998年嫩江支流洪水的影響，嫩江幹流先後發生3次洪水，且一次比一次大。第一次洪水發生在6月底至7月初，主要在上遊地區。
第二次洪水發生在7月底至8月初，洪水主要發生在同盟以下的中下遊地區。
第三次洪水發生在8月中旬，為鬆花江全流域型特大洪水，同盟站8月12日洪峰水位170.69米，超曆史實測最高水位，相應流量12200立方米／秒，為1951年建站以來的最大洪水，下遊齊齊哈爾站、富拉爾基站也均出現建站以來的最大洪水。江橋站8月14日洪峰水位142.37米，超保證水位1.97米，相應流量26400立方米／秒，為1949年建站以來的最大洪水。在上遊河堤決口、分洪的情況下，大賚站8月15日洪峰水位131.47米，相應流量16100立方米／秒，為1949年建站以來的最大洪水。
嫩江洪水進入鬆花江後，由於河道的調蓄作用，後續洪水在前次洪水的基礎上疊加展延，使得鬆花江幹流出現長曆時洪水過程。哈爾濱站水位從6月10日開始上漲，7月22日出現第一次洪峰，水位117.63米，低於警戒水位，相應流量4930立方米／秒，8月2日水位複漲，17日超過曆史實測最高水位（1957年，最高水位120.05米），8月22日洪峰水位120.89米，8月19日最大流量為16600立方米／秒，為1898年建站以來的最大洪水，洪水過程超警戒水位的曆時為50天，超曆史最高水位的曆時為13天。9月23日降至警戒水位以下。
1998年鬆花江洪水，峰高量大，曆史罕見。嫩江主要支流控製站的洪峰流量為曆史實測最大流量的1.6~2.7倍，其中雅魯河碾子山站、罕達罕河景星站、綽爾河兩家子站達200年一遇，霍林河白雲胡碩站高達1000年一遇，嫩江江橋站為500年一遇。江橋至大賚區間潰堤跑水嚴重，但大賚站實測流量仍達80年一遇，還原流量達300年一遇。鬆花江幹流哈爾濱以上區間實測最大洪峰流量均達約50年一遇，還原洪峰均為300年一遇；哈爾濱以下河段實測最大洪峰流量為15~40年一遇，還原洪峰為70~140年一遇。
1998年鬆花江洪水造成災害範圍涉及內蒙古、吉林、黑龍江三省（自治區）163個縣（市、區），受災人口1767.6萬人，死亡112人；受災農田麵積617.7萬公頃，成災麵積438.5萬公頃，絕收麵積246.3萬公頃；倒塌和損壞房屋352.26萬間，直接經濟損失610.4億元。
2005年8月遼河幹流大洪水
2005年8月12~14日，海河流域北係、灤河、遼河幹流、大小淩河和第二鬆花江上中遊先後普降大到暴雨，局部地區降大暴雨。
遼河流域強降水主要發生在遼河幹流及其以東地區，遼河支流清河、柴河及幹流福德店至鐵嶺區間，渾河、太子河降大到暴雨，局部地區降大暴雨。降雨量大於50毫米的籠罩麵積為4.4萬平方千米，大於100毫米的籠罩麵積為1.9萬平方千米。最大點雨量為太子河東溝站334毫米。
受強降雨影響，遼河支流清河、柴河、渾河及太子河發生較大洪水。
遼河支流清河清河水庫8月13日8時最大入庫流量為2600立方米／秒，列1951年有實測記錄以來第5位（曆史最大流量：6450立方米／秒，1951年）；柴河水庫13日16時最大入庫流量為1780立方米／秒，列1953年有實測記錄以來第1位（曆史最大流量：1610立方米／秒，1953年）。清河、柴河洪水經水庫調蓄後為一般洪水，彙入遼河幹流後，遼河幹流鐵嶺水文站14日14時洪峰流量為2300立方米／秒，
渾河大夥房水庫13日19時最大入庫流量為6040立方米／秒，列1951年以來實測第3位（曆史最大入庫流量：10700立方米／秒，1995年）；沈陽水文站14日3時48分洪峰流量為3690立方米／秒，列1949年以來實測第2位（曆史最大流量：5010立方米／秒，1995年）。