由於大暴雨穩定而持續在建溪、富屯溪的中上遊，且出現多個雨峰，導致各站洪水過程出現多個洪峰。建溪七裏街站洪水過程出現了8個洪峰，洪水於13日2時開始上漲。13日3時超過警戒水位。此後，除19日2~8時外，一直維持高水位，直至26日18時才回落到警戒水位以下，曆時長達311小時，時間之長為實測記錄之首。主峰出現在22日9時30分，洪峰水位108.37毫米，相應流量21600立方米/秒。富屯溪洋口站洪水過程出現7個洪峰，洪水於14日15時超過警戒水位，直至27日21時始終維持高水位，曆時長達294小時，亦為實測記錄之首。主峰出現在2日23時36分，洪峰水位116.88米，相應流量13200立方米/秒。
由於建溪、富屯溪均為多峰型洪水過程，洪水彙入幹流後，幹流洪水也出現多個洪峰。延福門站洪水過程出現7個洪峰，洪水於12日上漲，23日3時18分出現最高洪水位為79.51米。下遊控製站竹歧站洪水過程受水口水庫調蓄影響，不同於天然狀態，但也出現6個洪峰，主峰於23日14時出現，洪峰水位16.95米，相應流量33800立方米/秒。
本次洪水峰高量大，富屯溪洋口洪峰流量為13200立方米/秒。重現期為50年一遇。最大1~15天洪量重現期為50~70年，建溪七裏街站洪峰流量21600立方米/秒，重現期約為150年。各時段洪量重現期超過230年。幹流竹歧站洪峰流量為33800立方米/秒，重現期約為100年，各時段洪量重現期為60~100年。
1998年6月福建省受災人口597.6萬，死亡126人，農田受災麵積65.8萬公頃，有14個縣城進水，倒塌房屋67萬間，直接經濟損失82.8億元。
1999年7月太湖流域特大洪水
太湖流域1999年梅雨期自6月7日入梅至7月29日出梅，曆時43天。其間有3次集中降雨過程，分別為6月7~11日、6月15~17日、6月23日至7月1日，其中6月23日至7月1日降雨過程是造成太湖流域洪澇災害的主要因素。該年梅雨量達668.5毫米，為常年的3倍。暴雨中心浙江訪賢，雨量達1045毫米，雨量由南向北遞減，最小點雨量鎮江隻有325.0毫米，空間分布極不均勻。長興平原雨量為900~1000毫米，浙西山區雨量為750~900毫米，澱泖、上海地區雨量為700~800毫米，杭嘉湖雨量為600~750毫米，江蘇的湖西、澄錫虞和陽澄地區雨量為400~600毫米。
1999年降雨強度較大，全流域最大7天、30天、90天雨量重現期在150~200年。該年暴雨期的暴雨中心自上遊到下遊，上遊來水和暴雨中心移動一致形成洪水疊加，又恰逢下遊高潮頂托，致使下遊地區水位不斷提高，造成最高曆史水位。
1999年太湖水位由6月7日水位2.97米開始上漲，11日水位3.53米，就突破警戒水位（3.50米），6月23日以後發生長曆時強降水，水位迅速上漲，27日水位突破4米，7月1日突破設計水位，達4.68米，7月3日突破曆史最高紀錄（1991年4.79米）達4.83米，7月8日出現年最高水位4.97米。在4.97米以上的高水位一直持續到7月15日，7月21日降至設計水位以下，8月6日水位降到4米以下。8月中旬水位再次上漲，9月2日出現第二個峰值4.27米，以後逐日下降，至9月30日，太湖水位降至警戒水位以下。