伯顏向部下重申了出征之前忽必烈的訓誡——“軍士入其境，勿擅入其城，勿濫殺其民”，然後派出了使者進城去遞交忽必烈事先準備好的國書。
這絕對是彪炳史冊的一幕——十四歲的後宇多天皇率領著日本朝廷的公卿們鄭重地捧著自古以來就被奉為“三種神器”的八咫鏡、八尺瓊勾玉、天叢雲劍出宮相迎，其意義就如同中國的傳國玉璽一般。隻有已經退位的前代天皇龜山院搞了點特殊化：要逃？城外全是元軍，插翅難飛；要降？麵子上實在過不去；要死？那是武士的愛好，不是貴族的風格——於是，幹脆把自己關在政院裏啥也不幹。
在蒙古刀已經架到脖子上的情況下，日本朝廷的公卿們哪怕有一萬個不願意，也還是答應了忽必烈國書的全部內容，其中包括取消天皇稱號、取消日本年號、尊奉元朝為宗主國、進行朝貢、接受冊封等。後宇多天皇世仁撤銷了天皇尊號，受封日本國王，並接受了大元帝國日本行省平章政事的任命。
伯顏所部隻有五萬元軍，由於孤軍深入敵境作戰，所以在控製日本朝廷之後，便不敢再有大的動作，隻得一邊整頓兵馬圍繞京都築壘防守，一邊派人原路返回，急速向尚在西邊等候消息的東路軍和江南軍報信。
與此同時，以天皇和日本朝廷名義發布的書狀也被發往日本各地，要求各地已經集結起來的武士們放棄敵對行動，全部就地解散，各回本領本鄉。元軍還鄭重承諾：隻要不抵抗，所有領地莊園，一律安堵如故；如果幫著元軍維持當地治安，立下功勞的還大大有賞。
這一招果然厲害，前不久還帶著六萬大軍意氣風發的宇都宮貞綱進入大宰府的時候身邊除了他從關東帶過來的少數嫡係以外，其他人基本上全跑光了。很多西國武士在收到朝廷書狀之後也從前線悄悄溜回了自己的老家。
之前撤到對馬島的四萬東路軍和十萬江南軍在得知北路軍已經得手之後，毫不理會待在防壘後麵尚在觀望的日軍，從他們的眼皮子底下通過關門海峽，橫穿瀨戶內海，在今天大阪附近的難波津登陸，與總帥伯顏親率的北路軍會師於京都。與此同時，第二批次的元軍增援部隊數萬人在幾乎沒有遭遇到什麼抵抗的情況之下分別登上了本州島和九州島，各地武士紛紛表示，要緊跟天皇和朝廷的步伐效忠於大元，接受元朝中央政府的冊封與委任。元朝也說話算話，除了駐軍於水路要衝之外，沒有打土豪分田地，反而根據這些武士的勢力大小分別委以千戶、總管之職，賜以金牌、銀牌等信物。
畿內和西海道、南海道、山陰道、山陽道不戰而定，元朝於畿內設招討司，其餘諸道均設置宣慰司進行治理，選用當地有能力的武士首領任招討使、宣慰使、同知、副使等官，改各道原來下屬的“國”為州，以蒙古人為各州達魯花赤。
當然，還是有一部分武士表示要繼續效忠幕府，拒不接受臣服元朝的天皇敕令，於是，他們遭到了周邊武士的圍攻。很快，他們的領地就被高舉著“勤王”義旗的鄰居們哄搶而光。
後深草天皇輾轉逃進鐮倉，向北條時宗、安達泰盛等人一把鼻涕一把淚地哭訴自己是如何曆經千辛萬苦才逃出生天的。幕府當局自知這幾年他們是拒絕朝貢在先，斬殺元使在後，哪怕宣布投降，也絕沒有好果子可吃，於是決定與元軍血戰到底。在鐮倉，他們擁立已經退位多年的後深草天皇久仁重新即位，並向東國武士廣發檄文，號召他們有錢出錢，有力出力，率軍勤王，打退異國。
經過短暫的休整，元軍從近畿出發，兵分三路，討伐幕府。左軍主要是原東路軍班底，以忻都為主將，金方慶、洪茶丘等將率蒙古軍、高麗軍和漢軍，步騎共三萬北上，出越前愛發關，沿北陸道進軍，攻略加賀、能登、越中、越後等國。右軍主要是原江南軍班底，以阿塔海為主將，範文虎、張禧、李庭等將率漢軍、新附軍共三萬，以步兵為主，出美濃國不破關，沿東山道東進，攻略飛騨1〔1騨，音tuo，日本漢字，同“驒”。——校者注