至元十八年（1281）五月三日，東路軍率先出發。請百度搜索151+看書網以蒙古軍、漢軍和高麗軍為主體的四萬元軍從高麗合浦，分乘九百餘艘戰船，沿著上一次東征的路線浩浩蕩蕩殺奔日本而去。王愖親自到合浦給大軍送行，而忻都、洪茶丘和金方慶都是這支大軍的主要將領，真是不是冤家不聚頭。
由於風向不定，艦隊行動異常遲緩，在暈了半個月的船之後，東征將士們才終於靠近了對馬島。
按照一直以來先禮後兵的傳統做法，元軍先派人上島勸降。與文永之役一樣，日本人毫不理會，反而列陣於海岸，擺出一副誰要上岸就和誰拚命的架勢。
要打就打唄，咱們跑這麼大老遠來可不是參觀訪問的！元軍立即向島上的日本守軍發動了進攻，當然，首先被丟上海岸的仍然是高麗人。日軍人少，可抵抗得異常頑強，高麗軍郎將康彥、康師子先後陣亡。不過，當更多元軍衝上海灘之後，日軍的抵抗隨即土崩瓦解。
殺紅了眼的元軍早把出征之前忽必烈要求諸軍攻入日本以後切勿“擅殺”的訓誡忘得一幹二淨，逢人便殺，不管男女老幼，一律不留活口。島民紛紛逃入島中深山，藏身於山崖石縫之中。盡管如此，仍難逃被元軍搜山部隊找到之後就地處決的命運。甚至發生了年輕的母親因為害怕懷中嬰兒啼哭引來元軍而將繈褓之中的嬰兒捂死的慘劇。
在又一次掃平了這座小島之後，東路軍決定像上次一樣，向下一個目標壹岐島進軍。
盡管東路軍於五月二十六日在航行途中遭遇了一場暴風雨，損失了若幹船隻，但仍然比原定的會合時間提早半個月登上了壹岐島。日本人在島上的抵抗當然可以忽略不計，但一個現實的問題擺在了東路軍諸將的麵前——是按照預訂計劃就此暫停進攻，靜待江南軍前來會合呢；還是以一軍之力繼續向下一個目標推進？
決策的過程在曆史上並沒有留下詳細的記載，但東路軍用行動告訴了我們決策的結果。東路軍在此分兵兩路，占總兵力三分之二的主力艦隊向預定的攻擊目標博多灣而去，同時派出一支擁有三百艘軍船的偏師北上，襲擊長門國沿海，以牽製本州方麵的日軍，阻止其增援九州戰場。
我有理由相信東路軍之所以不等江南軍前來會合便獨自發起攻擊是基於形勢的變化而作出的判斷。在《元史·世祖本紀》至元十八年六月的記載中，有著這樣一個小插曲——日本行省派信使到大都向忽必烈彙報道：“大軍取道巨濟島，至對馬島，從俘獲的島民口中得知太宰府西麵六十裏的地方原有的日本戍兵全都調動出戰了，此地正好空虛，是否可以乘虛攻擊？”忽必烈作出批示：“軍事方麵你們前線將領可以自行權衡決斷。”
既然獲得了確切的情報，知道某地已經成了不設防區域，又取得了忽必烈的完全授權，那何必還等人多勢眾的江南軍來搶走已經唾手可得的功勞？
北上襲擊長門國的別動隊於六月的八日、九日兩天對長門國的赤馬關發動了進攻。
赤馬關扼守下關海峽，是從西國外海進入瀨戶內海的咽喉。第一次元日戰爭以後，特別是杜世忠使團在長門國上岸之後，幕府擔心將來元軍也在此處登陸。所以，在強化九州防禦的同時，也著力加強與九州地區臨近的中國地區的防禦。先是讓幕府元老二階堂行忠去做長門守護，行忠以長門一國可供戰備的禦家人不足為理由，不願赴任。幕府考慮到他說的也不無道理，便將與長門鄰近的周防、安芸、備後三國也交與他統一指揮。並要求一旦元軍再度來襲，各國禦家人務必共同抗敵。此後，納入這一統一指揮體係的地區逐步增加。次年（1276）的正月，北條時宗任命他的親弟弟北條宗賴擔任了長門國守護，並要求他立即奔赴西國就任。八月，幕府將山陽道、山**、南海道三道共二十二國的武士都納入他的統一指揮之下，各國武士也要像九州各國的武士那樣，輪流到長門等元軍可能來襲的最前線執勤警備和修築石牆。這一役職後來發展成了長門探提。
元軍別動艦隊駐泊於角島（今日本山口縣豐北町）、黑井島（今日本山口縣下關），換乘小船，分別在豐浦郡豐前神玉村的土井濱和黑井村的八之濱登陸。不過上岸之後不久，元軍就發現他們已經沒法再深入了。一條長長的石壘橫在他們麵前，石壘上還站滿了隨時準備和他們拚命的日本人。在此地駐防的不但有備後、安芸、周防、長門四國的禦家人武士，還有從東國前來增援的安達氏、宇都宮氏、安藤氏等武士軍隊。元軍別動隊兵力有限，對麵前日軍的情況也不太清楚，所以不敢貿然行事。試探性地進攻了幾次，發現根本占不到便宜之後，別動隊隻得駕船退走，返回築前去和主力部隊會合。