鏖戰數日，據守誌賀島的東路元軍已經疲憊到了極點——白天整日激戰不說，晚上還得時刻提防精力充沛的日軍發動夜襲。
不過最大的危險還不是日軍沒完沒了的騷擾，而在於東路軍中發生了嚴重的瘟疫。時值初夏，天氣漸漸炎熱，元軍困守孤島，而誌賀島上又沒有淡水，飲水和新鮮食物都無法取得，加之幾天仗打下來，誌賀島周邊陸地與海上屍橫遍野，無法清理掩埋，隻能任其腐爛。以上三個因素集中到了一起，在元軍之中便爆發了嚴重的傳染病，病死者達三千餘人。
繼續進攻卻“累戰不利”，而傷病也帶來了嚴重的非戰鬥減員，東路元軍的士氣遭受了極大的打擊，恰好預先約定與江南軍在壹岐島會合的時限也快到了，與其以一軍之力困守孤島，與日本人這麼沒日沒夜地幹耗下去，還不如暫時先退回壹岐島，等待江南軍前來會合，之後再卷土重來，報今日這一箭之仇。東路軍將領們決定暫時後撤到壹岐島，一邊休整部隊，一邊等待江南軍，對於這一決定，連一向主張進攻進攻再進攻的金方慶也沒有提出異議。
東路軍艦隊撤到壹岐島在日軍眼中是明顯的示弱表現。蒙古人要開溜？現在不趁早痛打落水狗，建功立業的機會可就又要沒啦！
日本人發揚死纏爛打的精神，元軍撤到壹岐，他們就將戰場搬到了壹岐。特別是薩摩、肥後、肥前、築前的禦家人武士們，特別熱衷於此項活動，他們從築前和肥前的海邊出發，劃著小船就敢跑去找元軍的麻煩。
前一次和竹崎季長一起去誌賀島海域劫營未遂的那個島津久長這回可找到事情做了。他帶著他那幫成分複雜的手下也加入到了反攻壹岐的行列之中，和他一塊兒去的有他的親族武士島津式部三郎，有他領地上的禦家人武士比誌島時範，也有他領地上的非禦家人土著武士岩屋四郎久親、本田兼房，還有一個叫田山覺阿彌陀佛的寺院僧兵，由於島津家在關東的信濃國擁有領地，所以他手下也有著一幫以禦家人武士有阪吉長為代表的關東武士。這支武士軍隊可以說是當時參加對元作戰的所有日本軍隊的一個縮影，各種各樣的人，接受幕府之命出戰，他們之間由於血緣、姻緣、地域以及因為雇傭與被雇傭而形成的主從關係結成一張錯綜複雜的關係網。出戰也隻是各自取得功勳的手段而已，並不像後來的日本軍國主義所宣傳的那樣，其實並沒有所謂的民族大義與國家意識，也沒有全體國民上下一體同仇敵愾的情結。
值得一提的是，南九州薩摩國（今日本鹿兒島縣）在日本曆史上從來都是個出猛人的地方。這個島津久長成功地溜到壹岐島上繞了一圈之後竟然全身而退，他後來因功受封薩摩國日置郡伊作莊而成為伊作島津家的開宗之祖。這個家族到了第十五代島津貴久這輩繼承了島津宗家的家業，通過不斷的擴張，終於成為在九州地區首屈一指的戰國大名，要不是後來時運不濟遇到了豐臣秀吉的九州遠征軍，統一九州也隻是時間問題。他的四個兒子島津義久、島津義弘、島津歲久、島津家久全都位列日本戰國名將譜的前幾名，特別是島津義弘，甚至在中國史書上也留下了“鬼石曼子”的諢號。
除了薩摩的猛人之外，在反攻壹岐這件事上近水樓台的築前國的武士們更是蠢蠢欲動。日軍總大將少弍經資時年已經八十四歲的老爹少弍資能和年僅十九歲的長子少弍資時都參加了壹岐島之戰，並全部戰死。
大家還記得這個少弍資能吧？在趙良弼出使日本的時候，身為大宰府地方官員的他先是挖了很多坑想讓趙良弼往裏跳，在千方百計阻止趙良弼東行的同時又千方百計地想要拿到趙良弼手中的國書正本。但在一次次短兵相接的鬥智鬥勇中，他終於被趙良弼的卓越才幹和高尚情操所折服，甚至還派出使者假冒日本國使跟隨趙良弼的副手張鐸前往大都，希望以此平息事端，蒙混過關。文永之役中，日軍在元軍麵前不堪一擊，連繁華的博多街市也在混戰之中化為一片瓦礫，作為日軍總大將的他在戰後飽受指揮作戰不利的非議，迫於輿論的壓力，他不得不將職權交給他的兒子少弍經資，自己退居二線。麵對元軍的再次來襲，身為一個已經八十四歲的老人，在那個時代已經算是少有的長壽之人，他選擇在這樣的時間和這樣的地點戰死，正是為了一洗七年前自己和家族所蒙受的恥辱。
與少弍資能一同戰死在壹岐島的還有他的長孫少弍資時。在七年前的文永之役中，年僅十二歲的少弍資時跟隨他的叔父少弍景資完成了他那次對武士來說就如同女人的初夜般意義重大的初陣，並親眼見證了猶如關公再世的元軍副元帥劉復亨在戰鬥中中箭落馬的一幕。如今，當年那位因為年幼力弱在陣前拉不開弓弦而引起元軍陣內一片哄笑的少年已經長成了一名少年老成的年輕武者。在這次的行動中，身為壹岐守護代，他的任務是從元軍手中奪回壹岐島東部瀨戶地區（今日本壹岐蘆邊町）可以俯瞰整個蘆邊港區的重要據點船匿城。最初的行動進行得很順利，他們很快便趕跑了元軍單薄的守衛，控製了城砦。然而，隨後趕來的大量元軍對他們展開了圍攻，年僅十九歲的少弍資時與他的家臣龍造寺季時都死於亂軍之中。