日本問題，早已成了忽必烈的心病。特麼對於151+看書網我隻有一句話，更新速度領先其他站n倍，廣告少雖然兩次征討日本都以失敗收場，特別是第二次，更落得個損兵折將、血本無歸的結局，但這一切不僅沒有使忽必烈消停下來，反而更為強烈地刺激著忽必烈，不斷地強化著他再次東征的欲望。
第三次征討日本的計劃，可以說其實早在第二次東征的敗兵歸來之時就開始醞釀了。
至元十九年（1282）七月，高麗國王王愖主動請纓，拍著胸脯表示，願意再造戰船一百五十艘助征日本。九月，忽必烈敕命北方的平灤、高麗、耽羅和南方的楊州、隆興、泉州等地官府建造大小船隻三千艘。十一月，中書省有人迎合忽必烈的意思提出了這樣一個建議：“普天之下犯了死罪的重囚，除了五項特別嚴重的重罪之外，其餘全數充軍，發往日本。”這裏所說的五項重罪，是指謀反大逆、謀殺祖父母、謀殺父母、妻子殺夫、奴婢殺主，顯然屬於通常所說的“大赦天下，十惡不赦”的範疇。當然，這個拍馬屁的主意被忽必烈欣然采納。
至元二十年（1283）是元朝新一輪對日戰爭的準備進行得如火如荼的一年。
正月，先前被撤掉的征東行省又設立了起來，敗軍之將阿塔海獲得了戴罪立功一雪前恥的機會，重新被任命為征東行省左丞相；要求高麗趕緊想辦法籌集軍糧二十萬石，以作為將來東征大軍的食糧；調遣精銳部隊五衛軍兩萬人星夜兼程，趕往朝鮮半島東南沿海；又命右丞闍裏帖木兒率萬戶級軍官三十五人，精心挑選蒙古軍中能水戰者兩千人、探馬赤軍萬人一並參加東征；發放鈔幣八千錠給隆興、宣德等處的新附軍駐軍，鼓舞士氣。二月，又賜予受命出征的蒙古軍將領八忽帶及手下軍士銀鈔有差。
在這種形勢下，投機“革命”的也不乏其人。漢軍總管陳義自己掏腰包建造了海船三十艘，主動請纓從征日本，大獲忽必烈嘉許，授予他萬戶爵位，並賜虎符。一查這家夥的底細，才知道他原名陳五虎，海盜出身，正巧忽必烈東征日本急需熟悉航海之人，於是趁機接受了中央政府招安，搖身一變就從朝廷通緝剿殺的海盜頭子變成了吃皇糧的漢軍總管，他兄弟也在朝廷裏當上了堂堂的招討使。
整個朝鮮半島和中國江南的漫長海岸線都變成了一座巨大的造船廠，凡是達到服勞役年齡的男子都被動員起來，或是進山伐木，或是搬運船材，或是打造戰船。許多造船的工匠因為長時間浸泡在齊腰深的海水裏勞作，腰部以下都生蛆腐爛，死在海裏。由於船材砍伐地點距離沿海的造船所路途越來越遙遠，死在路上的民夫男丁更是不計其數。
大規模的軍事動員和訓練也緊鑼密鼓，大量南宋降兵從江南、華南各地被集中到沿海的幾個出發港口。蒙古軍、色目軍也被動員起來，凡是習水戰的都被挑選出來，給予特殊待遇，加緊訓練。江南各處的監獄也全部宣布大赦，特別是本來就善於駕船販私鹽的囚徒們，凡是願意參加東征的即刻免罪，並獲得承諾，如果在日本戰場上立功，同樣可以加官晉爵，等同良民，不加限製和歧視。一些南方少數民族也被動員起來，要求他們出兵助戰。海南島上的黎族由於身居海島，長於舟楫，於是也被征發，朝廷要求黎兵盡快北上趕往集結地點。
進入四月，第三次出征日本的軍事準備達到頂峰。忽必烈不惜血本，甚至命令自己的侍衛親軍兩萬助征日本；高麗國王王愖任征東行省左丞相，與阿塔海共同統領征東行省軍政，協助規劃再征日本事宜；並加派漢人、南人將領中善於駕船的都元帥張林、招討使張珪、總管朱清等從征日本。忽必烈也整日在樞密院就征討日本的相關事宜與眾將進行研討。鑒於前一次東征中暴露出來的賞罰不明的教訓，樞密院大臣程鵬飛提出，此次出征一定要賞罰嚴明，對於立下戰功的人，當即就應當公開發給立功憑據，等班師還朝之後再予以兌現。考慮到日本人修的那一條沿海“長城”實在可恨，這一次忽必烈同意將大都所造的全部回回炮和炮手總管張林等回回炮專家全都交付征東行省調遣。