此後，雖然帝國內部的不穩定因素越來越多，東征準備工作也隨之時緊時鬆，但隻要條件允許，忽必烈念念不忘的仍然是蕩平日本。
至元二十二年（1285）是忽必烈謀劃再征日本的又一個小高潮。
此時，帝國在南方的擴張也遭遇了極大的挫折，征討安南陷入僵局，屢立戰功的前線主將唆都、李恒相繼戰死，南征大軍不得不退回思明州進行休整。而在北方，忽必烈仍然下令女真人、水達達人建造迎風海船兩百艘用於征討日本。
哪怕是東北地區的少數民族，例如骨嵬，也總不消停，隔三差五就搞點事情出來，但情況一有好轉，忽必烈想到的仍是重設征東行省，謀取日本。哪怕是北方糧食再緊張，隻要糧食危機一有緩解，立馬就會下令將山東半島的膠州、萊州等處的漕運船隻和高麗、江南等地所造海船以及江淮民船全部予以征調改造，用於東征。為了招募到足夠的船工水手，還專門下令，沿海人等，無論出身如何，能夠招募到百人的就當百戶，能招募到千人的就當千戶。讓人不禁想起近代軍閥混戰那會兒，抓得到一個連壯丁的就當連長，抓得到一個團壯丁的就當團長。敢情這辦法早在忽必烈那會兒就已經有了啊，真是開了眼界了。
進入年底，出征前的各項準備工作越發緊張。十月，廢廢立立的征東行省再次組建，阿塔海為左丞相，以劉國傑、陳嚴並立左丞，洪茶丘為右丞，牽頭負責東征日本事宜。十一月，遣使通知高麗，朝廷即將再次興兵討伐日本，要求高麗出兵萬人，出動海船六百五十艘，助征日本，如果條件允許，繼續在近海邊多造戰船，以供其他元軍部隊使用。同時，命令江淮行省漕運、海運軍糧百萬石，東京府、高麗各出軍糧十萬石，全部囤積在高麗合浦，以供東征大軍使用。大赦獄中囚徒，並在臉上刺字，以注明這批囚犯是征討日本專用，對於部分過去在宋朝販過私鹽，且會領航、懂開船的“人才”更是當寶貝一樣。十二月，再次大赦天下罪囚，將從南方的占城前線逃回來的忽都虎、劉九、田二等殘兵敗將悉數官複原職，讓他們從征日本，戴罪立功。又給征東行省的阿塔海加派去增援部隊萬人、回回炮手五十。樞密院也出台了配套措施，加強軍籍管理，保證東征兵力的征調，要求前日遣散回家置辦鎧甲軍械的五衛軍兵士務必於正月初一之前趕回京師。江淮行省新造的戰艦千艘也整日在長江水麵寬闊之處練習水戰。征調各路兵馬，務必於三月前陸續出發，於八月前在合浦會合……
不過，在一片喊打聲中，也有很多“不和諧”的聲音，一些大臣清醒地認識到，在此刻百廢待興正需要休養生息的時候大規模出兵海外是非常不明智的舉動。他們以不同的方式對忽必烈的一意孤行進行勸諫或抵製，希望朝廷不要再糾結於日本問題，而將更多精力放在越來越難以解決的眾多內部問題上。
吏部尚書劉宣上書道：“最近討論重新設置征東行省，再興討伐日本之師的事情，我認為如果不停止，恐怕會威脅到社稷的安危。”接著，他分析了當下的時局：“唆都攻打占城，哈雅說要掃平交趾，這麼多年以來，湖廣、江西等南方行省苦於供給船隻、籌措軍需、運送糧草，已經到了所能承受的極限；廣東沿海等地百姓造反可謂此起彼伏，我們派出很多軍隊到那些江海瘴毒之地去討伐，傷亡慘重卻收效甚微。而且交趾是個與我天朝接壤的小國，連親王親自帶兵深入也沒有獲勝，唆都更是反而被占城人給殺掉了，大大丟了咱的臉麵。更何況日本海洋萬裏，疆土闊遠，不是（占城、交趾）兩國可比的。這次如果又讓大軍冒險前去，哪怕不遇到台風，順利登陸日本，麵對那麼廣闊的土地和眾多的敵人，勝負也不好說。萬一交戰不利，想發救兵，還能飛過去？”然後，他又舉了隋唐兩代的曆史典故試圖說服忽必烈：“隋朝討伐高麗，前後三次，全部失敗，喪師百萬；自認為英明神武的唐太宗親征高麗，雖然打下了一些地方，取得了一些勝利，但最後也是徒增懊悔而已。高麗還是在陸地上，和中原隔得還不遠，打起來都這麼麻煩，更何況日本在海上，與中國相隔萬裏！”總之一句話，此時日本是萬萬打不得的。